Практикум №4 Упражнения

Практикум №4
Упражнения
Перед началом выполнения упражнений заведите директорию Practice4, в ней файл Protocol.txt. В этот файл
пишите протокол — дату, краткую информацию о том, что сделано по каждому заданию. Протокол должен
быть понятен «постороннему» — человеку, не видевшему сами задания.
1. Вычисление молекулярной массы белка по его аминокислотному составу
Откройте файл AA.xls, добавьте новый лист и назовите его MW (от английского "molecular weight").
Скопируйте на него таблицу с названиями и молекулярными массами аминокислот. Оставьте только
однобуквенные обозначения и массы, отсортируйте таблицу по алфавиту. Рядом разместите копию таблицы с
аминокислотным составом Вашего белка (внимание: возможно Вам потребуется «специальная вставка»!).
Если в ней другой порядок аминокислот, отсортируйте и эту таблицу. Соедините таблицы в одну, оставив
только однобуквенные обозначения и необходимые Вам данные. Используя формулы и их копирование,
вычислите молекулярную массу белка. Кратко опишите в протоколе алгоритм вычисления молекулярной
массы и результат.
Помните, что молекула белка — это не куча отдельных аминокислот!
2. Сравнение разных шкал гидрофобности. Особенности аминокислотного состава мембранных
белков.
2.1. Разные методы оценки гидрофобности боковых групп приводят к разным шкалам гидрофобности.
Возьмем 3 разные шкалы и выберем аминокислоты, чьи боковые группы гидрофобны (или гидрофильны) во
всех 3-х шкалах .
Создайте новую страницу книги и назовите ее HPhob.
Скопируйте на него 3 разные популярные шкалы гидрофобности (файлы AA_Eisenberg.txt, AA_K&D.txt,
AA_Hexp на диске Р).
Каждую шкалу отсортируйте по количественной оценке гидрофобности.
В каждой из них выберите значение, наиболее близкое к 0 и закрасьте ячейку серым цветом.
Все ячейки с большими числами закрасьте красным, а с меньшими, — зеленым.
Отсортируйте все 3 шкалы по названиям аминокислотных остатков и соедините в одну таблицу.
Добавьте столбец, показывающий гидрофобность/гидрофильность каждого аминокислотного остатка,
например, остатки, гидрофобные по всем 3-м шкалам, обозначьте единицей, гидрофильные по 3-м шкалам—
числом "–1", а все остальные — 0.
В протокол запишите списки гидрофобных и гидрофильных аминокислот согласно 3-м предложенным Вам
шкалам.
2.2 На этом же листе ниже создайте таблицу вида:
Среднее содержание в
Содержание в белке …..
(краткое название Вашего
протеоме E.coli
бактериальных транспортерах
белка)
класса TC.2A
А
0,12
…
…
Таблицу со средним аминокислотным составом мембранных белков класса TC.2A Вы найдете в файле
AA_F.tm на диске Р. Вычислите для всех 3-х случаев отношение количества гидрофобных к количеству
гидрофильных аминокислот (понимая под гидрофобностью/гидрофильностью согласованное «мнение» 3-х
шкал гидрофобности). В протоколе приведите результаты и опишите Ваши выводы и наблюдения.
Аминокислота
3. Диаграмма, иллюстрирующая аминокислотный состав Вашего белка в сравнении со средним
аминокислотным составом протеома E.coli
Создайте новый лист в книге и назовите его Comparison. На нем нужно создать таблицу вида
Аминокислота
Частота в (имя
белка)
Средняя частота
в протеоме E.coli
А
С
0,045
0,051
Добавьте к таблице справа четвертый столбец, в котором против каждой аминокислоты будет стоять число
0,05. Что значит это число, нетрудно догадаться… Столбец нужно озаглавить.
Выделите таблицу и вызовите мастера диаграмм. Среди типов нестандартных диаграмм выберите смешанную
диаграмму — гистограмму ("столбики") и график, построенные на одной оси. На каждом шаге используйте
возможности мастера диаграмм для создания понятного рисунка. Диаграмма должна иметь общее
название, разумную легенду, понятные подписи осей.
Создайте документ Word с названием compare.doc. Скопируйте в него диаграмму. Ниже опишите самые
существенные, на Ваш взгляд, отличия:
а) среднего аминокислотного состава протеома кишечной палочки от равномерного распределения
аминокислотных остатков;
б) аминокислотного состава Вашего белка от среднего.
4*. Проведите сравнение результатов, полученных Вами в упр.2.1 с данными таблицы «Общественное мнение
о свойствах боковых групп». Если увидите расхождение, попробуйте объяснить, почему так получилось.