Отчет о вторичной структуре треониновой тРНК

Название: Структура Треонин-тРНК Esherichia coli.
Автор: Шпильман А.А. 202 ФББ МГУ
Аннотация: изучение вторичной и третичной структуры транспортной
РНК (тРНК) различными методами биоинформатики
Ключевые слова: тРНК, 1qf6.
Введение:
Основной задачей тРНК является доставка к рибосоме активных остатков аминокислот и
обеспечивать их включение в синтезирующуюся белковую цепь.
Вторичная структура любой тРНК напоминает клеверный лист, а в пространстве молекула
тРНК похожа на букву L .
Целью настоящей работы стало изучение взаимодействий за счет которых образуются
вторичная и третичная структуры треонин-тРНК кишечной палочки.
Результаты:
Схема вторичной структуры:
A
C
C
A
G–C
C–G
C-G
G-C
A-U
U-A
A-U
DhuGACUCGAU
UAUCCUCAG
Dhu
| | | |
| | | | |
C
GGDhuAGAGCA-AG
CGUAGG5muPsu
G-A G7mU
C-G
G-C
C-G
A-U
U A
U Aet
CGU
Обеспечивание третичной структуры в основном водородными связями:
8(U)-14(A), 15(G)-48(С) ,56(С)-19(G), (отмечено зеленым, синим и розовым)
Схема Вторичной структуры тРНК, полученная при помощи алгоритма Зукера.
Обсуждение:
1)Пространственная форма тРНК образуется за счет взаимодействий между T- и Dпетлями, которые сближаются и скрепляются между собой посредством образования
дополнительных, часто необычных пар оснований.
2)Отличия в прдесказаниях состоят в том, что mfold не провел связь между
нестандартными с не каноническим взаимодеиствием, поскольку алгоритм Зукера
стремится свести к минимуму кол-во неканонических пар.
3)тРНК выполняет две основных функции: акцепторную – способность ковалентно
связываться с аминоацильным остатком, превращаясь в аминоацил-тРНК, и адапторную –
способность узнавать триплет генетического кода, соответствующий транспортируемой
аминокислоте, и обеспечивать поступление аминокислоты на законное место в растущей
цепи белка. Но реакция должна быть катализирована специальным ферментом аминоацилтРНК-синтетазой, которая узнает «свою» тРНК в основном за счет структурного
взаимодействия. Таким образом, структура тРНК крайне важна для ее функционирования.
Сопроводительные материалы:
В файле 1qf6.spt содержится скрипт для Rasmol, позволяющий визуализировать основные
элементы структуры тРНК.
Материалы и методы:
3D структура тРНК получена в Protein Data Bank(1). ID: 1QF6
Комплементарность пар определена программой find_pair пакета 3DNA.
Результаты обработаны с помощью Word и RasMol.
Литература:
1) Protein Data Bank
(http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pid=60551096549937&pdbId=1IL2