Bacterial luciferase SpdbV

Bacterial luciferase
Vibrio harveyi
Выполнила: Авсиевич Т. И.
В рамках курса:
Информационнокоммуникационные технологии
в естественнонаучных
исследованиях
1LUC
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1LUC
Данные о белковой
структуре и
последовательности с
Protein data bank
Свойства:
• Гетеродимер, 80 кДа
• Субстраты: RCHО и FMNН2
• Катализирует биолюминесцентную
реакцию свечения бактерий
Работа со слоями
• Активный (т.е. доступным для манипуляций) или
же неактивный.
• Видимый (т.е., отображенным в графическом окне)
или невидимый.
• Подвижный или же неподвижный. Когда Вы
вращаете или перемещаете изображение в
графическом окне, ваши действия влияют лишь на
подвижные слои.
Иконки для измерения расстояний и
углов между атомами
• Иконка со знаком вопроса и надписью LEU 41 – позволяет
"идентифицировать" атом (определить название цепи,
название остатка, название атома, его номер) и поставить метку
у данного остатка или атома.
• Иконка с глазом, кругом и надписью 1А – позволяет
показать/скрыть атомы, которые находятся на определенном
расстоянии от выбранного атома.
• Иконка с глазом и стрелками сходящимися в одну точку –
центрирование молекулы по определенному атому.
• Иконка с точками красного и зеленого цвета и стрелкой –
установка одной молекулы на другой (возможно только, если
загружено более одной молекулы).
• Mutation – замена остатков на другие
• Torsion – изменение торсионных углов при моделировании
Управление отельными аминокислотными
остатками
• Control Panel
• В столбцах – разные параметры
визуализации
• Галочками активизируются нужные
параметры
Заголовки столбцов:
• Group - группами здесь называются
цепи,а/к остатки,атомы воды,металлов, и
т.д.
• Show – видим/невидим данный остаток
• Side - показывать боковые цепи
• Labl – показывать ярлык остатка
• :: - показывать Ван-дер-Ваальсовы сферы
• Col - окраска
• BS – окраска чего (BS=backbone+side,
B=backbone, S=sidechain, R=ribbon, L=label,
U=surface)
• Цис-пептидная связь между Ala74 и Ala75 на альфасубъединице формирует предполагаемый активный центр
Функция Slab
(Сечение)
Данный участок принадлежит
β-листу (Ala74,75 принадлежит β тяжу)
Выделение цепи – щелчок мышкой по букве
обозначающей цепь
Участок, образуемый этими аминокислотами равен 4 Å
Электростатический потенциал
1LUC белка (ε=4) в воде (ε=80)
Предполагаемый активный центр
Молекулярная поверхность
Поверхности и полости
Площадь (Å2)
Объем (Å3)
.
Электростатический потенциал
http://www.chembase.com/mol_1369.htm
Люцифераза и 1,8-ANS
1,8-ANS
(электростатический потенциал)
3fgc
(http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3FGC)
Сайт связывания FMN (2009)
Предполагаемый сайт
связывания (1996)
Анализ активного сайта люциферазы
• " Compute H-bonds" вкладка "Tools”
• В Control panel выбрать лиганд
• "Display Menu " => "Show Only H-bonds
from selection"
• "Show only groups with visible H-bond"
Водородные связи между аминокислотами
активного центра и FMN
Активный центр является самой большой из
полостей
Bacterial luciferase
Photobacterium leiognathi
• Загрузка файл в формате
FASTA с Uniprot
http://www.uniprot.org/unipr
ot/P09140
• Открываем его как
текстовый файл
Загрузка моделируемой последовательности
(мишень)
Поиск гомологичной последовательности (шаблона)
Кликните на файл
для загрузки
• Выделяем все
молекулы
мишени
• Edit>BLAST
Selection vs.
ExPDB
(связывается с
сервером и
подбирает
гомологи)
3fgc A – шаблон
Photobacterium leiognathi (LUXA) –
моделируемая последовательность
Fit>Fit Raw Sequence
модель субъедницы А (Photobacterium leiognathi)
Участки требующие дополнительной
корректировки