prosite - Kodomo

Выбран фрагмент множественного выравнивания длиною 30 аминокислотных остатков:
LAGMIGSFIA
LVGMIGSFIA
FVGMIATFIY
FLGMIVSFVV
FLGMIVSFVV
FLGMIVSFVV
LVGIVVTCIQ
FLVVIISLIF
FLAIIISLFI
FFGIIITWIA
RSFDDDIDYW
RTFDDDIDYW
RTFDQDVDYW
RSYDRDVDYY
RSYDRDVDYY
RSYDRDVDYY
HSYNDDVDYY
KSIDENTEYT
NSLNEDTEYT
RSFNTNTEYY
VPAEEVKRIE
VPADEVERIE
VPAAEVERIE
VPAKEVEEIE
VPAKEVEEIE
VPAKEVEEIE
VEVEEIKAIE
VSVKEIESIE
ISAEEIKKIE
ITPKEIKEIE
По множественному выравниванию составлен паттерн:
[LF]-{PYCMRHW}-[GVA]-[MIV]-[IV]-X-[ST]-X-[IVF]-X(2)-[ST]-X-[DN]-X-[DN]-[IVT][DE]-Y-[WYT]-[VI]-X-[AVP]-X-E-[VI]-[EK]-X-I-E
В двух последовательностях (CYOB_BUCAI и CYOB_BUCAP) найден мотив,
удовлетворяющий данному паттерну. Что удивительно, но не одна последовательность из
выравнивания не найдена. Но зато найдены последовательности с похожим на
CYOB_ECOLI названием. Возможно это связано с тем, что PROSITE ищет их только в
Swiss-Protе, тогда как я искал ортологи по nr.
Известные сайты и мотивы в белке CYOB_ECOLI
Идентификатор Идентификатор
документа
документа
PROSITE
с описанием
(AC)
мотива
PS50855
PDOC00074
PS00077
PDOC00074
PS00008
PDOC00008
PS00006
PDOC00006
PS00001
PS00005
PDOC00001
PDOC00005
Название мотива
Профиль
Цитохром
оксидаза
субъединица 1
Подпись Геммедная оксидаза
каталитическая
субъединица,
медь Б
связывающий
регион
Сайт Nмиристилировани
я
Сайт Казеин
киназа II
фосфорилировани
я
Сайт Nгликолизации
Сайт Протеин
киназа Ц
фосфорилировани
Тип
подписи
(паттерн,
профиль)
Паттерн
(регулярное
выражение)
Насколько
подпись
специфична
?
Сколько
мотивов
нашлось
в белке?
профиль
нет
не написано
1
паттерн
[YWG] [LIVFYWTA](2)
- [VGS] - H [LNP] - x - V x(44,47) - H - H
специфична
1
паттерн
Gнеспецифич 12
{EDRKHPFYW} на
-x(2)-[STAGCN]{P}
[ST]-x(2)-[DE]
неспецифич 5
паттерн
на
паттерн
N-{P}-[ST]-{P}
неспецифич 3
на
паттерн
[ST]-x-[RK]
неспецифич 3
на
PS00009
PDOC00009
я
Сайт амидации
паттерн
x-G-[RK]-[RK]
неспецифич 1
на
PS00004
PS00007
PS00003
PDOC00004
PDOC00007
PDOC00003
Сайт cAMP- и
cGMP-зависимых
протеин киназ
фосфорилировани
я
Сайт Тирозин
киназа
фосфорилировани
я
Сайт Тирозин
сульфатирования
паттерн
[RK](2)-x-[ST]
неспецифич 1
на
паттерн
правило
[RK]-x(2,3)[DE]-x(2,3)-Y
неспецифич 1
нет
неспецифич 2
на
на