Document 219880

1.
1. Ковалентные модификации гистонов и их значение, методы изучения распределения
модифицированных гистонов вдоль молекулы ДНК (ChIP))
2. Домены с размытыми границами и домены, содержащие перекрывающиеся гены.
Особенности регуляторных систем доменов с размытыми границами.
2
1. Расположение нуклеосом вдоль молекулы ДНК (файзинг и гиперчувствительные
сайты) комплексы ремоделирования хроматина, значение регулярного расположения
нуклеосомю. Позиционирование нуклеосом в окрестностях промоторов
2. Современные методы картирования участков начала репликации (полногеномные
подходы и molecular combing). особенности эукариотических участков начала
репликации ДНК.
3
1. Транскрипционно-активный хроматин (методы изучения, основные отличия на
уровне индивидуальных нуклеосом и на уровне упаковки в структуры высшего порядка,
предпочтительная чувтсвительность к ДНКазе активных генов, домены хроматина,
отличающиеся повышенной чувствительностью к ДНКазе). Типичные для активного
хроматина модификации гистонов.
2. Эксперименты, демонстрирующие существование закрепленных на ядерном матриксе
петель ДНК. Специфичность организации ДНК в петли. MAR и SAR элементы; белки,
связывающиеся с MAR элементами.
4.
1. Вариантные формы гистонов. Особенности нуклеосом, содержащих вариантные
формы гистонов. Механизмы включения вариантных форм гистонов в нуклеосомы
2. Гипотеза доменной организации генома. Реконфигурации хроматиновых доменов при
активации транскрипции (переходы нить нуклеосом – 30 нм фибрилла).
5
1. Транскрипция ДНК, организованной в нуклеосомы.
2. Инсуляторы (идентификация инсуляторов, энхансер-блокирующие элементы и
пограничные элементы, методы изучения инсуляторов, CTCF и другие белки,
участвующие в работе инсуляторов)
6
1. Особенности эукариотических промоторов. Промоторы тканеспецифичных генов и
генов «домашнего хозяйства».
2 Механизмы дозовой компенсации уровней экспрессии генов в половых хромосомах
7
1. Метилирование ДНК, изменения в характере метилирования в ходе клеточного
цикла, ДНК метилазы, CpG островки, импринтинг, механизмы подавления
транскрипции посредством метилирования ДНК; белки, связывающиеся с
метилированной ДНК
2. Энхансеры и сайленсеры. Модели, объясняющие возможный механизм действия
энхансеров.
8
1. Сайт-специфичное метилирование гистонов; белки гетерохроматина и общие
принципы
организации
гетерохроматиновых
доменов,
взаимосвязь
между
метилированием ДНК и метилированием гистонов.
2. Активаторные хроматиновые блоки. Метод изучения пространственной
конфигурации геномных доменов (Chromosome Conformation Capture, 3C).
9
Взаимное влияние различных модификаций гистонов. Эффекты in situ, in cis и in trans
2. Белки группы Polycomb и их роль в инактивации генов
.
10
1. Структура нуклеосомы. Динамика нуклеосомной глобулы
2. Зависящее от транскрипции метилирование гистона H3. Регуляторная роль
фосфорилирования CTD PHK-полимеразы II по различным позициям
11
1. Компартментализация клеточного ядра. Структура ядрышка. Компартменты,
выявляемые с помощью иммуноокрашивания. Изучение скорости обмена белков между
компартментами и нуклеоплазмой
2. Различные механизмы инактивации генов. Создание неактивных хроматиновых
доменов.
12
1. 30 нм хроматиновая фибрилла. Роль гистона H1 и межнуклеосомных
взаимодействий. Модификации гистонов, препятствующие упаковке в 30 нм фибриллу.
2. Суперспирализация ДНК, основные характеристики суперсирализованной ДНК.
Связанные на нуклеосомах супервитки.
13
1. Хромосомные территории и модели упаковки хромосом в ядре
2. Репликоны в геноме эукариотической клетки, пространственная организация
репликонов, тайминг репликации ДНК.
14
1. Ацетилирование гистонов и его роль в контроле способа упаковки ДНК в хроматине.
ферменты, осуществляющие ацетилирование и деацетилирование гистонов,
прогрессивное ацетилирование гистонов в транскрипционно-активных геномных
доменах, гипотеза Траверса
2. Импринтинг, роль инсуляторов в установлении импринтинга
15
1. Механизмы поддержания активного и неактивного статуса генов в ходе клеточной
дифференцировки (механизмы клеточной памяти. Белки Polycomb и Tritorax.
2. Коммпартментализация функциональных процессов в клеточном ядре.
Репликационные и транскрипционные фабрики. Механизмы образования ядерных
компартментов
16
1. Пространственная организация хроматиновых доменов в интерфазной хромосоме.
Контакты удаленных элементов генома. Роль инсуляторов в поддержании архитектуры
интерфазных хромосом.
2. Деметилирование ДНК при образовании гамет и метилирование de novo по ходу
развития эмбриона. Инактивация генов, ответственных за плюрипотентность