МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
по применению набора реагентов
для типирования (идентификации субтипов H1N1 и H3N2)
вирусов гриппа А (Influenza virus A) методом полимеразной
цепной реакции (ПЦР) с гибридизационнофлуоресцентной детекцией
«АмплиСенс® Influenza virus A-тип-FL»
Вариант FEP
ОГЛАВЛЕНИЕ
НАЗНАЧЕНИЕ. ....................................................................................................................... 3
ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ НА ПРИБОРАХ РАЗЛИЧНЫХ ПРОИЗВОДИТЕЛЕЙ ... 4
ПОРЯДОК ПРОВЕДЕНИЯ ДЕТЕКЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ С ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА АLА-1/4 (BioSan, Латвия) С ВЕРСИЕЙ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 4.10.............................................................................. 5
ПОРЯДОК ПРОВЕДЕНИЯ ДЕТЕКЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ С ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА АLА-1/4 (BioSan, Латвия) С ВЕРСИЕЙ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 5.1.0 И ВЫШЕ ............................................................. 8
ПОРЯДОК ПРОВЕДЕНИЯ ДЕТЕКЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ С ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА «Джин» («ДНК-Технология», Россия) ............ 12
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 2 из 15
НАЗНАЧЕНИЕ
Методические рекомендации описывают порядок действий при использовании
набора реагентов для типирования (идентификации субтипов H1N1 и H3N2) вирусов
гриппа А (Influenza virus A) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией «АмплиСенс® Influenza virus A-типFL» вариант FEP совместно с трехканальными и четырехканальными детекторами
конечной флуоресценции ALA-1/4 при использовании программного обеспечения
версии 4.х и 5.х и четырехканальным детектором конечной флуоресценции «Джин».
Перед проведением детекции необходимо провести этапы пробоподготовки,
приготовления реакционных смесей и реакции амплификации согласно инструкции к
набору реагентов. Детекция проводится с помощью флуоресцентного ПЦРдетектора (согласно инструкции к используемому прибору) путем измерения
интенсивности флуоресцентного сигнала по каналам указанным в табл. 1.
Таблица 1
Соответствие наименования ПЦР-смесь-1-FEP/FRT и каналов и порогов
детекции
Пороговые значения по каналу; привязка канала
ПЦР-смесь-1
ПЦР-смесь-1FEP/FRT Influenza
virus A H1N1
ПЦР-смесь-1FEP/FRT Influenza
virus A H3N2
Название
теста
FAM
Детекция
ВКО
HEX
Детекция
возбудителя
«п-» - «п+»
ROX
Детекция
возбудителя
«п-» - «п+»
«ГРИПП AH1N1»
2,5
2,0-2,5 (H1)
1,8-2,0 (N1)
«ГРИПП AH3N2»
2,5
2,0-2,5 (H3)
1,8-2,0 (N2)
Соответствие названий флуорофоров и каналов детекции
Название канала детекции для
Канал для флуорофора
разных моделей приборов1
канал для флуорофора FAM
FAM/Специфика
канал для флуорофора JOE
HEX/ВК
канал для флуорофора ROX
ROX
Название каналов детекции для соответствующего детектора см. в соответствующем разделе
методических рекомендаций к набору реагентов.
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
1
VER 16.07.13 / стр. 3 из 15
ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ НА ПРИБОРАХ РАЗЛИЧНЫХ
ПРОИЗВОДИТЕЛЕЙ
Амплификаторы с активным регулированием (по раствору в пробирке):
Таблица 2а
Программы амплификации для приборов «Терцик», опция точного
регулирования температуры (precise) («ДНК-Технология»)
цикл
0
1
2
3
4
температура, °С
95
95
95
54
72
72
10
время
циклов
пауза
5 мин
1
10 с
20 с
42
10 с
1 мин
1
Хранение
Таблица 2б
Программы амплификации для приборов GeneAmp PCR System 2700 (Applied
Biosystems), MaxyGene (Axygen Scientific), Gradient Palm Cycler (Corbett
Research), MyCycler (Bio-Rad)
цикл
0
1
2
3
4
температура, °С
95
95
95
54
72
72
10
время
циклов
пауза
5 мин
1
10 с
25 с
42
25 с
1 мин
1
Хранение
Амплификаторы с матричным регулированием температуры:
Таблица 2в
Программа амплификации для прибора Uno-2 (Biometra)
цикл
0
1
2
3
4
температура, °С
95
95
95
54
72
72
10
время
циклов
пауза
5 мин
1
25 с
40 с
42
25 с
1 мин
1
Хранение
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 4 из 15
ПОРЯДОК
ПРОВЕДЕНИЯ
ДЕТЕКЦИИ
РЕЗУЛЬТАТОВ
С
ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА АLА-1/4 (BioSan, Латвия) С ВЕРСИЕЙ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 4.10
Настройка теста
Для детекции и учета результатов используются следующие настройки тестов
(таблица 1):
Настройки теста можно просмотреть и изменить, выбрав опцию Список тестов в
главном меню Настройки. После ввода указанных значений, следует нажать кнопку
Сохранить.
Проведение детекции
1. Включить прибор и запустить на компьютере, присоединенном к прибору,
программное обеспечение ALA-1 (версия 4.1).
2. Выбрать в меню Протокол опцию Создать новый. Выбрать тип ротора (36 х
0,5
или
48
х
0,2).
Выбрать
в
меню
используемый
тест.
Ввести
последовательность исследуемых образцов и контрольных фоновых образцов в
колонке Образец (для обозначения фоновых пробирок в графе Образец
используется сочетание клавиш Ctrl + F). Закрыть окно редактирования
протокола детекции.
3. Поставить пробирки в ячейки предварительно снятого ротора прибора АLА-1/4
согласно заданной последовательности, установить ротор в модуль прибора,
закрепить его фиксатором и закрыть крышку. Запустить измерение, нажав на
значок детекции
Детекция.
По
(вверху экрана) или выбрав в меню Протокол опцию
окончании
детекции
на
экран
будет
выведена
таблица
результатов.
Примечание. Если в одном протоколе проводится детекция более 36 образцов, то
после окончания детекции партии из 36 (48) образцов необходимо извлечь ротор,
поместить в него следующую группу образцов, поставить ротор в прибор и для
продолжения детекции нажать кнопку Продолжить в окне программы.
Учет результатов
1. Полученные данные интерпретируются автоматически с помощью программы
ALA_1.
Результаты
в
таблице
представляются
с
помощью
следующих
обозначений:
«обнаружено» – положительный результат;
«не обнаружено» – отрицательный результат;
«сомнительно» – результат, который нельзя однозначно интерпретировать
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 5 из 15
(сигнал по каналу, отведенному для детекции специфической НК, превышает
пороговое значение, допустимое для отрицательных образцов, но не превышает
пороговое значение для положительных образцов (сигнал в так называемой
«серой зоне»);
«нд» – недостоверный результат (в образце не детектируется (не превышает
заданного порогового значения) ни специфический сигнал, ни сигнал ВКО).
2. Результат считается достоверным только в случае получения правильных
результатов
исследования
отрицательного
и
положительного
контролей
амплификации и экстракции НК (см. табл. 3).
Таблица 3
Оценка результатов анализа контрольных образцов
Результат автоматической интерпретации
Контроль
Контролируемый
этап ПЦРисследования
К-
ПЦР
ВКО –
ОК
Экстракция НК
ВКО +
ВК+
ПЦР
ВКО +
FAM
HEX
Детекция
Детекция
гена-мишени
ВКО
(Н1/Н3)
Для всех ПЦР-смесей-1-FEP/FRT
ROX
Детекция
гена-мишени
(N1/N2)
«нд»
«нд»
«не
обнаружено»
«не
обнаружено»
«не
обнаружено»
«не
обнаружено»
Для соответствующей ПЦР-смеси-1-FEP/FRT
K+ H1N1
ПЦР
ВКО –
K+ H3N2
ПЦР
ВКО –
«H1 обнаружено»
«H3 обнаружено»
«N1обнаружено»
«N2 обнаружено»
ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ ОБРАЗЦОВ
В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А субтип H1 (или А/H3),
если уровень флуоресценции по каналу HEX выше порогового значения («H1 обнаружено» или «H3 -обнаружено»).
В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А/N1 (или А/N2), если
уровень флуоресценции по каналу по каналу ROX выше порогового значения («N1 обнаружено» или «N2 -обнаружено»).
Если в исследуемом образце уровень флуоресценции по обоим или одному из
каналов (HEX и ROX) ниже порогового значения отрицательного результата («H1 –
не обнаружено» и/или «N1 – не обнаружено»; «H3 – не обнаружено» и/или «N2 –не
обнаружено»), а уровень сигнала по ВКО (канал FAM) выше порогового значения
(ВКО+), следует считать, что в этом образце данный субтип А/H1N1 (или А/H3N2)
эпидемического вируса гриппа не идентифицирован (не обнаружен).
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 6 из 15
Образцы, для которых получен результат «нд» (кроме «К-»), требуют повторного
проведения анализа, начиная с этапа выделения НК из исследуемого материала. В
случае повторения аналогичного результата рекомендовать повторный сбор
материала для анализа. Для образца «K-» результат «нд» является нормой.
Образцы, для которых получен результат «сомнительно», требуют повторного
проведения анализа, начиная с этапа выделения НК из исследуемого материала. В
случае повторения аналогичного результата образцы считать положительными. При
получении отрицательного результата при повторной постановке образец считать
сомнительным и рекомендовать повторный сбор материала для анализа.
Если для положительного контроля ПЦР (К+) сигнал флуоресценции по
соответствующему каналу ниже порогового значения положительного результата,
необходимо повторить амплификацию для всех отрицательных клинических
образцов.
Если
для
отрицательного
контроля
экстракции
РНК/ДНК
(ОК)
и/или
отрицательного контроля ПЦР (К-) сигнал детекции возбудителя выше порогового
значения положительного результата необходимо повторить исследование для всех
образцов, в которых обнаружен данный ген-мишень, начиная с этапа экстракции,
чтобы исключить следствие возможной контаминации, а также предпринять меры по
выявлению источника контаминации.
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 7 из 15
ПОРЯДОК
ПРОВЕДЕНИЯ
ДЕТЕКЦИИ
РЕЗУЛЬТАТОВ
С
ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА АLА-1/4 (BioSan, Латвия) С ВЕРСИЕЙ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 5.1.0 И ВЫШЕ
1. Включить прибор и запустить программу ALA_1 на компьютере, присоединенном к
прибору.
2. Создать новый протокол, нажав кнопку
«Новый протокол» на панели задач.
В Окне настройки протокола выбрать тип ротора, который будет использоваться.
Из списка доступных тестов выбрать нужный тест, нажать стрелку
Добавить тест. Если тест не был предустановлен в программе АLА-1, то для
проведения детекции и учета результатов необходимо создать новый тест или
импортировать его через архивный файл в список тестов, используемых на
программе ALA_1.
ВНИМАНИЕ! Импорт или создание новых тестов в программе ALA_1 возможно
только для пользователей с правами администратора.
Вариант 1. Импортировать новый тест. Импорт новых тестов в программе ALA_1
осуществляется через выбор основного меню Настройки → Импорт тестов.
Далее выбрать архивный файл в формате *.zip и импортировать его в программу.
Вариант 2. Создать новый тест.
 Выбрать в основном меню программы Настройки → Настройка тестов. В
появившемся окне Окно настройки тестов добавить название нового теста
кнопкой
Добавить в таблице Список тестов.
 В поле Каналы для данной реакционной смеси и их обозначения задать
каналы детекции. Для этого в таблице Список каналов выбрать канал детекции
и нажать стрелку
Добавить. Выбранный канал появится в таблице
Каналы и обозначения, под таблицей в поле Обозначения задать обозначения
по этому каналу, в поле пороги для + и – задать пороги (см. таблицу 1). Далее в
таблице Список каналов выбрать канал FAM и обозначить с помощью галочки,
что по этому каналу будет детектироваться ВК (внутренний контрольный
образец),
задать
для
ВК
пороговое
значение
2.5.
Далее
в
поле
Введите/измените тип теста выбрать тип теста Генотипирующий.
 Отметить
контроли,
подлежащие
интерпретации
по
умолчанию:
ОК
–
отрицательный контроль выделения НК (В-) (все отрицательные, ВК-любой); K- отрицательный контроль аплификации (все отрицательные).
 В поле «Таблица интерпретации результатов» нажать кнопку
Создать.
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 8 из 15
Программой ALA_1 будет автоматически создана таблица возможных вариантов
сочетаний результатов детекции для всех каналов и итоговый результат для
каждого из этих вариантов. Продолжением этой таблицы являются возможные
варианты сочетаний результатов контролей. Результаты детекции клинических
образцов и контролей будут выдаваться после измерения в соответствии с этой
таблицей. Сохранение теста и закрытие окна осуществляется кнопкой
ОК.

Создать протокол измерения.

В основном окне программы нажать кнопку
Новый протокол. В
появившемся окне Окно настройки протокола выбрать тест из списка
доступных тестов и нажать стрелку
Добавить. Выбранный тест появится
в списке Тесты протокола.

В поле Количество образцов задать количество исследуемых образцов без
фоновых пробирок и контрольных образцов, нажать кнопку
Добавить. В поле
Количество фоновых пробирок выбрать необходимое количество фона
(рекомендуется постановка двух фоновых пробирок).

В Таблице имён образцов, фоновых пробирок и контролей задать имена
образцов и необходимое количество контролей. В поле Тип ротора выбрать
ротор, который будет использоваться в данном протоколе. Сохранение
протокола и закрытие окна осуществляется кнопкой

ОК.
Поставить пробирки в ячейки модуля прибора АLА-1/4 в соответствии с заданной
последовательностью. Запустить измерение, нажав на кнопку
Измерить в
панели активных кнопок (вверху экрана).
Учет результатов
1. Результат
измерения
выдаётся
программой
после
завершения
измерения
протокола в окне Окно результатов. Полученные данные интерпретируются
программой
автоматически
в
соответствии
с
Таблицей
интерпретации
результатов. При необходимости просмотра исходных данных со значениями
флуоресценции
необходимо
закрыть
Окно
Результатов,
нажав
Закрыть внизу окна. Повторно открыть окно результатов - нажать кнопку
кнопку
.
2. Для образцов, в которых обнаружен ген-мишень указывается «ОБНАРУЖЕНО». Для
образцов, в которых не обнаружен ген-мишень указывается «НЕ ОБНАРУЖЕНО».
При
получении
результата
детекции,
который
нельзя
однозначно
интерпретировать (сигнал по каналу, отведенному для детекции специфической
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 9 из 15
НК, превышает пороговое значение, допустимое для отрицательных образцов, но
не превышает пороговое значение для положительных образцов, сигнал в так
называемой «серой зоне»), образец указывается как «СОМНИТЕЛЬНЫЙ». Для
таких образцов требуется повторное проведение анализа, начиная с этапа
выделения НК из исследуемого материала. В случае повторения аналогичного
результата образцы считаются положительными. При получении отрицательного
результата при повторной постановке образец считать сомнительным и
рекомендовать повторный сбор материала для анализа.
3. Результаты исследования считаются достоверными только в случае получения
правильных
результатов
исследования
отрицательного
и
положительного
контролей амплификации и экстракции НК. При автоматической интерпретации
для контролей К-, ОК (В-), прибор выдает результат ОК - в случае корректного
прохождения контролей. Для оценки результатов положительных контролей ВК+
и соответствующего К+ необходимо обратиться к таблице 4.
Таблица 4
Оценка результатов анализа контрольных образцов
Результат автоматической интерпретации
Контроль
Контролируемый
этап ПЦРисследования
К-
ПЦР
- (ОК)
- (ОК)
- (ОК)
ОК
Экстракция НК
+ (ОК)
- (ОК)
- (ОК)
ВК+
ПЦР
+
- (не
обнаружено)
- (не
обнаружено)
FAM
HEX
Детекция
Детекция
Гена-мишени
ВКО
(Н1/Н3)
Для всех ПЦР-смесей-1-FEP/FRT
ROX
Детекция
Гена-мишени
(N1/N2)
Для соответствующей ПЦР-смеси-1-FEP/FRT
K+ H1N1
ПЦР
–
K+ H3N2
ПЦР
–
«H1 обнаружено»
«H3 обнаружено»
«N1обнаружено»
«N2 обнаружено»
ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ ОБРАЗЦОВ
В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А субтип H1 (или А/H3),
если уровень флуоресценции по каналу HEX выше порогового значения («H1 обнаружено» или «H3 -обнаружено»).
В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А/N1 (или А/N2), если
уровень флуоресценции по каналу по каналу ROX выше порогового значения («N1 обнаружено» или «N2 -обнаружено»).
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 10 из 15
Если в исследуемом образце уровень флуоресценции по обоим или одному из
каналов (HEX и ROX) ниже порогового значения отрицательного результата («H1 –
не обнаружено» и/или «N1 – не обнаружено»; «H3 – не обнаружено» и/или «N2 –не
обнаружено»), а уровень сигнала по ВКО (канал FAM) выше порогового значения
(ВКО+), следует считать, что в этом образце данный субтип А/H1N1 (или А/H3N2)
эпидемического вируса гриппа не идентифицирован (не обнаружен).
Если в образце не детектируется (не превышает заданного порогового значения)
ни специфический сигнал, ни сигнал ВКО, то такой образец указывается как
«НЕВАЛИДНЫЙ» и требует повторного проведения анализа, начиная с этапа
выделения НК из исследуемого материала. В случае повторения аналогичного
результата рекомендовать повторный сбор материала для анализа.
Образцы, для которых ВК положительный, а значения специфического сигнала
лежат в диапазоне значений выше отрицательного порога, но не превышают
положительного порога для данного канала, требуют повторного проведения ПЦР и
детекции.
В
случае
повторения
аналогичного
результата
образцы
считать
положительными. При получении при повторной постановке отрицательного
результата образец считать сомнительным и рекомендовать повторный сбор
материала для анализа.
Если для положительного контроля ПЦР (К+) сигнал флуоресценции по
соответствующему каналу ниже порогового значения положительного результата,
необходимо повторить амплификацию для всех отрицательных клинических
образцов.
Если
для
отрицательного
контроля
экстракции
РНК/ДНК
(ОК)
и/или
отрицательного контроля ПЦР (К-) сигнал детекции возбудителя выше порогового
значения положительного результата необходимо повторить исследование для всех
образцов, в которых обнаружен данный ген-мишень, начиная с этапа экстракции,
чтобы исключить следствие возможной контаминации, а также предпринять меры по
выявлению источника контаминации.
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 11 из 15
ПОРЯДОК ПРОВЕДЕНИЯ ДЕТЕКЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ С ПОМОЩЬЮ
ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО ПЦР ДЕТЕКТОРА «Джин» («ДНК-Технология», Россия)
Настройка теста
Для детекции и учета результатов используются следующие настройки тестов
(таблица 1). Настройки теста можно просмотреть и изменить, выбрав опцию Список
тестов в главном меню Настройки. После ввода указанных значений, следует
нажать кнопку Сохранить.
Проведение детекции
1. Включить прибор и запустить программу Gene на компьютере, присоединенном к
прибору.
2. Задать протокол измерения. Ввести количество измеряемых образцов и
количество фоновых пробирок (2), выбрать соответствующий тест в графе Тест,
нажать кнопку OK (кнопкой мыши) и ввести последовательность детектируемых
образцов (в колонке Образец).
3. В качестве образцов, обозначенных «ФОН» использовать пробирки с образцами
«ФОН».
4. Поставить пробирки в ячейки модуля прибора «Джин» в соответствии с заданной
последовательностью и запустить детекцию, нажав кнопку, обозначенную значком
цветной призмы, в панели активных кнопок (вверху экрана). По окончании
детекции первой группы, вынуть пробирки и заменить следующей группой
пробирок и продолжить измерения, нажав кнопку OK. По окончании детекции
вынуть пробирки и нажать кнопку OK.
Обозначения ПЦР-детектора при автоматической интерпретации результатов
«+» – положительный результат;
«–» – отрицательный результат;
«?» – результат, который нельзя однозначно интерпретировать (сигнал по
каналу, отведенному для детекции специфической ДНК, превышает пороговое
значение, допустимое для отрицательных образцов, но не превышает пороговое
значение для положительных образцов (сигнал в так называемой «серой зоне»);
«нд» – недостоверный результат (в образце не детектируется (не превышает
заданного порогового значения) ни специфический сигнал, ни сигнал ВКО).
Учет результатов
1. Результаты исследования считаются достоверными только в случае получения
правильных
контролей
результатов
амплификации
исследования
и
отрицательного
экстракции
НК.
Для
и
положительного
оценки
результатов
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 12 из 15
положительных контролей ВК+ и соответствующего К+ необходимо обратиться к
таблице 5.
Таблица 5
Оценка результатов анализа контрольных образцов
Результат автоматической интерпретации
Контроль
Контролируемый
этап ПЦРисследования
К-
ПЦР
-
«нд»
«нд»
ОК
Экстракция НК
+
-
-
ВК+
ПЦР
+
-
-
Fam
Hex
Детекция
Детекция
Гена-мишени
ВКО
(Н1/Н3)
Для всех ПЦР-смесей-1-FEP/FRT
Rox
Детекция
Гена-мишени
(N1/N2)
Для соответствующей ПЦР-смеси-1-FEP/FRT
ПЦР
ПЦР
K+ H1N1
K+ H3N2
–
–
+
+
+
+
ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ ОБРАЗЦОВ
В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А субтип H1 (или А/H3),
если уровень флуоресценции по каналу Hex выше порогового значения («H1 +» или
«H3 +»). В исследуемом образце идентифицирован вирус гриппа А/N1 (или А/N2),
если уровень флуоресценции по каналу по каналу Rox выше порогового значения
(«N1 +» или «N2 +»).
Если в исследуемом образце уровень флуоресценции по обоим или одному из
каналов (Hex и Rox) ниже порогового значения отрицательного результата («H1 –»
и/или «N1 –»; «H3 –» и/или «N2 –»), а уровень сигнала по ВКО (канал Fam) выше
порогового значения (ВКО+), следует считать, что в этом образце данный субтип
А/H1N1 (или А/H3N2) эпидемического вируса гриппа не идентифицирован (не
обнаружен).
Образцы, для которых получен отрицательный результат по всем каналам (кроме
К-), требуют повторного проведения ПЦР и детекции. В случае если данный
результат получен повторно, требуется повторить анализ образца, начиная с этапа
выделения НК из исследуемого материала. При получении отрицательного
результата при повторной постановке рекомендовать повторный сбор материала
для анализа. Для образца K- отрицательный результат по всем каналам является
нормой.
Образцы, для которых ВК положительный, а значения специфического сигнала
лежат в диапазоне значений выше отрицательного порога, но не превышают
положительного порога для данного канала, требуют повторного проведения ПЦР и
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 13 из 15
детекции.
В
случае
повторения
аналогичного
результата
образцы
считать
положительными. При получении при повторной постановке отрицательного
результата образец считать сомнительным и рекомендовать повторный сбор
материала для анализа.
Если для положительного контроля ПЦР (К+) сигнал флуоресценции по
соответствующему каналу ниже порогового значения положительного результата,
необходимо повторить амплификацию для всех отрицательных клинических
образцов.
Если
для
отрицательного
контроля
экстракции
РНК/ДНК
(ОК)
и/или
отрицательного контроля ПЦР (К-) сигнал детекции возбудителя выше порогового
значения положительного результата необходимо повторить исследование для всех
образцов, в которых обнаружен данный ген-мишень, начиная с этапа экстракции,
чтобы исключить следствие возможной контаминации, а также предпринять меры по
выявлению источника контаминации.
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 14 из 15
Лист вносимых изменений
Редакция
10.11.10
12.11.10
11.01.12
VV
16.02.12
LA
14.08.12
IvI
16.07.13
РЕ
Место внесения
Суть вносимых изменений
изменений
Нижний колонтитул Добавлен каталожный номер R-V54(iQ,Dt).
Удалены каталожные номера, соответствующие
Нижний колонтитул
варианту FRT
Титульная
Добавлены подпись и печать директора ФБУН ЦНИИ
страница
Эпидемиологии В.И. Покровского
Нижний
«Кат. №» и «дата изменения» заменены на
колонтитул
соответствующие символы
Титульная
Добавлены новые подпись и печать директора ФБУН
страница
ЦНИИ Эпидемиологии В.И. Покровского
Добавлена таблица «Соответствие названий
Назначение
флуорофоров и каналов детекции»
Исправлены названия каналов в соответствии с
По тексту
протоколом № 20 от 26.02.13
Вариант FEP Форма 1: REF V54-50-R0,5-FEP; Форма 2: REF V54-50-R0,2-FEP /
VER 16.07.13 / стр. 15 из 15