Культура воронковидных кубков

ПОЛНОМАСШТАБНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМА
ЧЕЛОВЕКА КАК СРЕДСТВО ДЛЯ УТОЧНЕНИЯ
НЕКОТОРЫХ
АНТРОПОЛОГИЧЕСКИХ И ИСТОРИЧЕСКИХ
ГИПОТЕЗ
НАУЧНАЯ СЕССИЯ ОТДЕЛЕНИЯ НАНОТЕХНОЛОГИЙ
И ИНФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ
РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
НАНОТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЫ
28–29 МАРТА • 2013 •
Е.Б. ПРОХОРЧУК, А.В. НЕДОЛУЖКО, Н.Н. ЧЕКАНОВ, К.Г. СКРЯБИН
НИЦ «КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ»; ЦЕНТР «БИОИНЖЕНЕРИЯ» РАН; ИЦИГ СО РАН; НИИ
МЕДИЦИНСКОЙ ГЕНЕТИКИ СО РАМН; ИНСТИТУТ БИОХИМИИ И ГЕНЕТИКИ УНЦ РАН; ИНСТИТУТ
ИСТОРИИ МАТЕРИАЛЬНОЙ КУЛЬТУРЫ РАН; КАЗАНСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
http://goo.gl/maps/tL9YX
http://goo.gl/maps/tL9YX
QC
Call rate > 95%;
Het X chr:
1.
2.
◦
◦
Male <1%;
Female> 20%;
No family cases (parents/kids)
Genetic distance between each pair of
samples- not closer than cousins.
Totally:
5565 samples:
3536 males, 2029 females; 2737
clinical (controls).
~200 000 SNP have call rates> 99.5%.
3.
4.
PC 1-2: Africa vs. the rest
hg19
Khoisan
Venter
Watson
Far East
PCA on all samples
Oceania
Siberia/America
Central Asia
Africa
Europe
Middle East
-
"Извините, Липпанченко: вы не монгол?
"Почему такой странный вопрос?.."
"Так, мне показалось..."
"Во всех русских ведь течет
монгольская кровь...«
Андрей Белый, «Петербург», 1913 г.
К=5
Genetic territory of East Europe
юг
югю
восток
Данные по северным русским из группы Лимборской
Khrunin et al, 2013, PlosOne, e58552
Пример 1. Казахи. Корреляции генетических и лингвистических расстояний до остальных народов r > 0.7 статистически значима. Точки укладываются н
Пример 1. Казахи. Корреляции генетических и лингвистических
расстояний до остальных народов r > 0.7 статистически значима.
Точки укладываются на прямую. Казахи проживают близко к региону
предположительной прародины тюрков.
Пример 2. Венгры. Корреляция отрицательная. Точки, в основном,
укладываются на два прямые (горизонтальная прямая – европейцы,
вертикальная – урало-алтайцы). Венгры (уральская семья) с
прародины на Урале мигрировали в центр Европы с
индоевропейским населением.
лингвистические – по базе
данных Института языкознания
РАН “Языки мира”. Она
содержит описание грамматики
315 языков Европы, Северной и
Центральной Азии, Северной
Африки и Аляски по 3821
бинарным признакам из всех
разделов грамматики
Пример 3. Чеченцы. Корреляция отрицательна. Точки укладываются на
два прямые (горизонтальная – европейцы, вертикальная –
монгольская семья). Кавказ – исконная (не менее 4-5 тыс. лет) родина
чеченцев, нет никаких миграций чеченцев.
Nasidze et al, 2004
Неожиданная
близость
чеченского
языка
с
монгольскими:
пассивная
форма
глагола,
частичный
сингармонизм гласных и др.
признаки,
отсутствующие
в
кавказских
языках
и
присутствующие в монгольских.
В работе Nasidze et al, 2004
характерная для монгольских
народов
гаплогруппа
С
обнаружена у чеченцев (и
практически
отсутствует
на
Кавказе).
Возможное
объяснение – влияние монголотатарских нашествий.
Распространение индоевропейских языков.
Гипотезы о родине индоевропейцев
1
1
2
2
3
3
HV, U5, V
H, J
H, J, T
Культура воронковидных кубков
Распространение- южная Швеция,
северная Германия
 Характерные мт гаплогруппы- U5, V

Новосвободненская
культураклассифицируется по
керамике как позднее
проявление культуры
воронковидных кубков. Хотя
она сосуществует с
майкопской культурой,
которая имеет свои корни в
Мессопотамии
В этом проекте было получено 10
миллиардов нуклеотидов.
 99,9%- бактериальный геном.
Контаминация.
 Применили технологию вылавливания
митохондриальной ДНК.

Проблемы с древней ДНК:
- Сильно фрагментирована (80 пар
оснований)
- На концах фрагментов заметное
количество транзиций Ц-Т

Современная ДНК
«Плохой» образец из захоронения
Образец зуба из захоронения новосвободненской культуры

Образец из захоронения
новосвободненской культуры имеет
гаплогруппу V7. Что указывает на
ассоциацию с культурой воронковидных
кубков.
Распространение индоевропейских языков.
Гипотезы о родине индоевропейцев
1
1
2
2
3
3
HV, U5, V
H, J
H, J, T
Одомашнивание лошади

«…Считают, что широкая экспансия
индоевропейцев была обусловлена их
воинственностью и одомашниванием
коня — эффективного средства для
передвижений и сражений.»
Большая советская энциклопедия. — М.:
Советская энциклопедия. 1969—1978.
Курган 28
Курган 28
Вычислительные ресурсы наших
лабораторий
24 узла, на каждом 16 ядер/8-16Гб RAM
 3-4 сервера с 256Гб RAM
 200-500 Tb хранилище
 Интернет-канал 1Gb для главного
сервера и 20-30 Мбит для расчётных.

Немецкий раковый проект по секвенированию
рака простаты – 7 Тб в день
Твиттер- 12 Тб в день
Курчатовский институт