Федеральное государственное автономное учреждение Высшее профессиональное образование Сибирский Федеральный Университет

Федеральное государственное автономное учреждение
Высшее профессиональное образование
Сибирский Федеральный Университет
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Клатрин
Карпенок Полина Александровна
Студент 4 курса ИФБиБТ СФУ
Красноярск 2015
Клатрин (1bpo)
 Клатрин – покрытый пузырек
имеющий трехслойную структуру,
внешний слой которого образован
клатрином;
 Внутренний слой – это липидная
мембрана с белковыми включениями, а
между ними находятся адаптерные
белки;
 Адаптерные белковые комплексы
взаимодействуют с липидным бислоем, а
клатрин, в свою очередь, связывается с
адаптерами.
Клатрин (1bpo)
 Клатрином - основной белок клатрин-
покрытых пузырьков, поскольку он
обладает способностью формировать
структуры с упорядоченной сеткой или
«клатратами»
 Молекула клатрина напоминает
трискелион (обр.от греч.– трехногий –,
представляющего собой три бегущие
ноги, выходящие из одной точки), она
состоит из трех тяжелых и трех легких
цепей.
Клатрин (1bpo)
 Тяжелая цепь клатрина, выделенного
из головного мозга крысы, состоит из
1675 аминокислотных остатков и имеет
молекулярную массу чуть более 191 кДа;
Каждая тяжелая цепь клатрина
находится в комплексе с одной из легких
цепей;
Легкая цепь состоит из 230–250
аминокислотных остатков, и имеет
молекулярную массу приблизительно
30–40 кДа;
Структурно-функциональная организация фермента.
Кристаллическая структура 1bpo
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1bpo
Повороты 1bpo
Молекула 1bpo
Молекула после Render in solid 3D (Display)+Use Open GL
Rendering
Распознавание аминокислот (PRO22, ILE25, GLY26) в субъединице А функции labl
и их окрашивание с помощью функции col (Control Panel)
Окрашивание скелета и боковых цепей субъединицы А с помощью
функции col (Control Panel)
Van der Waals surface с помощью функции
:: (Control Panel)
Раскрашивание аминокислот в зависимости от доступности
растворителю с помощью функции by Accessibility (Color)
темно-синий-недоступные, полностью заглубленные (менее голубые, зеленые и
далее по градиенту, красный-доступность 75%).
Вычисление молекулярной поверхности всей молекулы (Atom
type) с помощью функции Compute Molecular surface (Tools)
Раскрашивание аминокислот в зависимости от энергии скручивания с
помощью функции by Threading Energy (Color)
темно-синий-энергия мала (АК-остаток с хорошей геометрией), больше энергия голубые, зеленые и далее по градиенту, красный-энергия большая).
Вычисление псевдо энергии (силовой потенциал) всей
молекулы с помощью функции Compute Energy
(Threading):(Tools)
Вычисление энергии (силовое поле): длина связей+скручивания+валентных углов
и пр. вместе и длина связей+валентные углы вместе с помощью функции
Compute Energy (Force Field):(Tools)
Построение Ribbon-диаграммы всей молекулы с помощью функции Ribn
(Control Panel)
Вычисление Н-связей всей молекулы с помощью функции
Compute H-bonds (Tools)
Вычисление электростатического потенциала с помощью функции
Compute Electrostatic Potential (Tools)
Раскрашивание молекулы по типу АК с помощью функции
by Type (Colour)
полярные «+» заряженные-синий, полярные «-» заряженные-красный, полярные
незаряженные-желтый, неполярные-серый
Раскрашивание аминокислот молекулы в зависимости от
подвижности в красталлической структуре аминокислот с
помощью функции by В-Factor (Color)
темно-синий-неподвижные (менее голубые, зеленые и далее по градиенту, красныйподвижные).
Вычисление Cavity-полости и молекулярной поверхности молекулы с
помощью функции Surface and Cavities (Window), уровень качества 6
(расстояние 0,47 ангстрем)
Вычисление Cavity-полости молекулы с помощью функции Surface and
Cavities (Window) уровень качества 6 (расстояние 0,47 ангстрем)
Карта Ramachandran Plot
Список использованных источников
1. EC-PDB - http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/enzymes/GetPage.pl?ec_number=1.15.1.1;
2. Protein Data Bank - http://www.rcsb.org;
3. UniProt - http://www.uniprot.org/uniprot/P00441
4. Н. В. Попова, И. Е. Деев, А. Г. Петренко. «Клатринзависимый эндоцитоз и белки-адаптеры»