Уточнение разупорядочения. Использование ограничений. Методы кристаллоструктурных исследований

Методы кристаллоструктурных исследований
Уточнение разупорядочения.
Использование ограничений.
Виды разупорядочения
Беспорядок замещения (одна и та же позиция в нескольких элементарных
ячейках занята разными типами атомов).
Позиционное разупорядочение (один атом занимает несколько положений
в элементарной ячейке, бывает статическим и динамическим).
Mess (беспорядок, путаница, каша) (например, молекулы растворителя в
полостях в жидком или аморфном состоянии).
Как распознать разупорядочение?
Довольно высокие значения параметров Uij
после анизотропного уточнения.
Запись в .lst – файле:
Как обнаружить другие возможные
ориентации молекулярных фрагментов или
целых молекул?
- Из остаточной электронной плотности.
- Из .lst-файла.
- Уточнить факторы заселенности позиций для основного варианта.
После этого обнаружение других возможных позиций будет более легким.
Ограничения на геометрию
Расстояния между атомами
Углы между атомами
DFIX s d atomnames
DANG s d atomnames
DFIX 0.02 1.54 C1 C2
DANG 0.02 1.54 C1 C2
DFIX 1.54 C1 C2
DFIX 1.54 C1 C2
s = 0.02 Å по умолчанию
s = 0.04 Å по умолчанию
Ограничения на геометрию
Выравнивает расстояния в парах атомов
SADI s atomnames
SADI C1 C2 C7 C8
s = 0.02 Å по умолчанию
Располагает атомы в плоскости
FLAT s atomnames
FLAT C1 C2 C3 C4 C5 C6
FLAT C1 > C6
s = 0.1 Å3 по умолчанию
Ограничения на геометрию
Команда SAME создает ограничения SADI для того, чтобы выровнять
фрагменты молекулы.
SAME C3 C4 C5 C6 C7 C2
C3 > C7 C2
C2 ….
C3 ….
C4 ….
C5 ….
C6 ….
C7 ….
s = 0.02 Å для по умолчанию для расстояний 1-2
s = 0.04 Å для по умолчанию для расстояний 1-3 (углы)
Ограничения на тепловые параметры
DELU
SIMU
ISOR
Ограничения на тепловые параметры
DELU s1 s2 atomnames
s1 = s2 = 0.01 Å2 по умолчанию
SIMU s st dmax atomnames
s = 0.04 Å2
st = 0.08 Å2
dmax = 1.7 Å по умолчанию
ISOR s st dmax atomnames
Как уточнять разупорядоченные молекулы?
Разупорядочение относительно общей позиции.
Новое значение FVAR!
Рекомендованные ограничения:
SIMU, DELU, EADP
SADI или SAME
Разупорядочение циклопентадиенильного
кольца относительно общей позиции
Разупорядочение ДМСО
относительно трех положений