Поддержка избыточного кодирования в проекте Cirrostratus

Курсовая работа студента 445 группы А. В. Алеева
Научный руководитель: ассистент кафедры информатики Н. И. Вяххи
2011


За последние годы биология начала
превращаться в науку, «богатую данными».
Существует множество приложений,
обеспечивающих доступ к геномной
информации и работе с ней, но зачастую
они недостаточно удобны, либо
предоставляют недостаточно широкую
функциональность.


Одной из основных областей
биоинформатики является аннотация
геномов.
Примеры задач:
◦ Исследователя может интересовать, какие гены
находятся в хромосоме или ее части.
◦ Потеря части данных о нуклеотидной цепочке
при установке кариотипа пациента.


Обзор существующих решений задачи о
получении информации о
последовательности нуклеотидов по ее
местоположению в геноме человека
Добавлении данной функциональности в
рамках проекта Genome Query

Преимущества:
◦ Наглядное представление результатов работы
сервиса.

Недостатки:
◦ Отсутствие информации об экзонах и интронах.

Преимущества:
◦ Огромное количество геномной информации.
◦ Текстовый вид результатов работы позволяет
легче использовать их для дальнейших
исследований, есть возможность записи в файл.

Недостатки:
◦ Создание запроса является трудоемким.
◦ Результат работы сложно разобрать без
дополнительной обработки.

Преимущества:
◦ Возможность масштабирования картинки

Недостатки:
◦ Отсутствие информации об экзонах и интронах
Все сервисы имеют свои преимущества, но
и недостатки.
 Отсутствие возможности автоматизировать
создание запросов сужает круг решаемых
задач, либо затрудняет их.
 Принято решение добавить в проект
Genome Query возможность получения
информации о последовательности
нуклеотидов по ее местоположению в
геноме человека.

o
o
Требуется обеспечить по заданной позиции
быстрый доступ к геномной информации,
относящейся к этой позиции.
Создание структуры:


Сделан обзор существующих решений
описанной задачи.
Реализовано собственное решение.
В дальнейшем планируется добавление
визуализации результатов для более
наглядного представления, тщательное
тестирование.