Отчет - Kodomo

I.
1. Описание функций белка PHOT_BACSU с помощью аннотации Gene Ontology:
Онтология GO
(название
словаря)
Количество
разных
ассоциированных
терминов GO
Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту
определения термина(ов) GO
Где?
Process
9
Function
4
Зачем, для
чего?
Молекулярный
механизм?
1) двукомпонентная система трансдукции
сигнала (фосфорилирующая) –
Консервативный ряд молекулярных
сигналов прокариот и эукариот; включает в
себя аутофосфорилирование гистидин
киназы и трансфер фосфатной группы на
аспартат, который затем служит фосфодонором в ответе регуляторным белкам.
2) транскрипция, ДНК-зависимая – Клеточный
синтез РНК по шаблону ДНК.
3) регуляция транскрипции, ДНК-зависимая Любой процесс, который регулирует частоту,
скорость или степень клеточной ДНКзависимой транскрипции.
4) трансдукция сигнала – Клеточный процесс,
где сигнал передается с тем, чтобы
инициировать изменения в активности или
состоянии клетки. Трансдукция сигнала
начинается с приема сигнала (например,
лиганд связывается с рецептором, или
лиганд активируется стимулом, таким, как
свет), и заканчивается регуляцией каскада
клеточных процессов (например,
регуляцией транскрипции, или регуляцией
метаболических процессов). Трансдукция
сигналов охватывает сигналы от рецепторов,
расположенных на поверхности клетки и
сигналы от молекул, расположенных внутри
клетки. Касаемо передачи сигнала между
клетками, трансдукция сигнала ограниченна
событиями на поверхности и внутри клеткиадресата.
5) связь белок-хромофор – Ковалентное или не
ковалентное прикрепеление хромофора к
белку.
6) ответ на стимул - Любой процесс, в ходе
которого происходят изменения в состоянии
или активности клетки или организма - как
результат стимула. Процесс начинается с
восприятия стимула, и заканчивается
изменениями в состоянии или активности
клетки или организма.
1) двукомпонентная сенсорная активность –
Катализ фосфорилирования гистидинового
а.о. в ответ на обнаружения внешнего
сигнала, такого как лиганд или изменение
окружающей среды, с тем, чтобы
инициировать изменения в состоянии или
активности клетки.
2) сигнал-трансдуцирующая активность –
Передача сигнала через клетку с тем, чтобы
инициировать изменения в
функционировании или состоянии клетки.
Сигнал – это физическая сущность или
изменение в состоянии, которое
используется для передачи информации, с
тем, чтобы инициировать ответ.
3) рецепторная активность – Взаимодействие с
внеклеточными и внутриклеточными
мессенджерами, ведущее к изменению
активности клетки.
4) фоторецепторная активность – Функция
поглощения и реагирования на случайное
электромагнитное излучение, особенно на
видимый свет. Ответ может включать в себя
изменение конформации.
Специфичность?
2. Описание терминов GO, ассоциированных с белком PHOT_BACSU:
GO ID выбранного
термина
Список синонимов
GO:0018298
protein-chromophore
linkage (онтология
Process)
Список ближайших
родительских
терминов GO с
указанием типа связи
Список ближайших
дочерних терминов
GO с указанием типа
связи
Для всех терминов связь:
protein-chromophore
linkage is_a
родительский термин.
Для всех терминов связь:
дочерний термин is_a
protein-chromophore
linkage.
biological_process
(GO:0008150)
peptide cross-linking via 2imino-glutamic acid 5imidazolinone glycine
(GO:0051358)
cellular process
(GO:0009987)
cellular metabolic process
(GO:0044237)
-
metabolic process
(GO:0008152)
primary metabolic
process (GO:0044238)
cellular macromolecule
metabolic process
(GO:0044260)
macromolecule metabolic
process (GO:0043170)
protein metabolic process
peptide cross-linking via 2imino-glutaminyl-5imidazolinone glycine
(GO:0019729)
peptide cross-linking via 2imino-methionine 5imidazolinone glycine
(GO:0051359)
peptide cross-linking via 2tetrahydropyridinyl-5imidazolinone glycine
(GO:0051362)
peptide cross-linking via 3(2-methylthio)ethyl-6-(4hydroxybenzylidene)-5-
(GO:0019538)
cellular protein metabolic
process (GO:0044267)
macromolecule
modification
(GO:0043412)
protein modification
process (GO:0006464)
iminopiperazin-2-one
(GO:0051357)
peptide cross-linking via Lasparagine 5imidazolinone glycine
(GO:0051360)
peptide cross-linking via Llysine 5-imidazolinone
glycine (GO:0051361)
peptide cross-linking via Lseryl-5-imidazolinone
glycine (GO:0018252)
protein-chromophore
linkage via peptidylcysteine (GO:0019922)
protein-chromophore
linkage via peptidyl-N6-3dehydroretinal-L-lysine
(GO:0019931)
protein-chromophore
linkage via peptidyl-N6retinal-L-lysine
(GO:0018273)
protein-chromophore
linkage via peptidyl-S-4hydroxycinnamyl-Lcysteine (GO:0018097)
GO:0009881
blue-sensitive opsin
photoreceptor activity
(онтология Function)
green-sensitive opsin
long-wave-sensitive opsin
opsin
red-sensitive opsin
short-wave-sensitive opsin
UV-sensitive opsin
Для всех терминов связь:
photoreceptor activity
is_a родительский
термин.
molecular_function
(GO:0003674)
molecular transducer
activity (GO:0060089)
signal transducer activity
(GO:0004871)
violet-sensitive opsin
receptor activity
(GO:0004872)
Для всех терминов связь:
дочерний термин is_a
photoreceptor activity.
blue light photoreceptor
activity (GO:0009882)
G-protein coupled
photoreceptor activity
(GO:0008020)
red or far-red light
photoreceptor activity
(GO:0009883)
Изображение графа родительских и дочерних терминов для термина protein-chromophore
linkage.
Изображение графа родительских и дочерних терминов для термина photoreceptor activity.
II.




русское название таксона: Морская свинка
английское название таксона: Domestic guinea pig
латинское название таксона: Cavia porcellus
ранг: вид

Taxonomy ID: 10141
Поле ProteinExistence БД UniProt может принимать следующие значения:
1: - evidence at protein level
2: - evidence at transcript level
3: - inferred from homology
4: - predicted
5: - uncertain
Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Cavia porcellus.
Количество в UniProt
Количество в UniRef100
Существование белка
доказано экспериментально
95
279
Известны только
соответствующие транскрипты
573
763
Гипотетический белок,
предсказан по гомологии
111
110
Иные предсказанные
гипотетические белки
75
75
III.
1.
Выбранная бактерия - Magnetospirillum magneticum AMB-1.

число белков протеома: 4559 (запрос к БД Uniprot по имени организма – 4516 белков)


число белков, для которых нашлась хотя бы одна запись GO: 2845 (62,4%)

Наиболее часто встречающиеся термины:
1. в словаре Cellular component (C): integral to membrane (GO:0016021)
cytoplasm (GO:0005737)
membrane (GO:0016020)
2.
3.
в словаре Molecular function (F): ATP binding (GO:0005524)
DNA binding (GO:0003677)
metal ion binding (GO:0046872)
catalytic activity (GO:0003824)
в словаре Biological process (P): regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355)
oxidation-reduction process (GO:0055114)
2.






название функции: репликация ДНК
перевод названия на английский: DNA replication
выбранный GO ID: GO:0006260
словарь, к которому относится выбранный GO ID: Biological process (P)
запрос к SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId: 10141*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprotDBxref:GO:0006260*]))
количество находок: 0