команды RasMol

RasMol
ПРИНЦИП: любая команда относится только к множеству выделенных
атомов!
Табл.1. Основные команды
Команда
А. Выделение
select
<множество>
restrict <множество>
Б. Рисование
backbone <число>
Эффект
Графическое окно
Комментарии
Память
компьютера
цвет выделение
рисует
стирает
цвет
–
–
+
+
–
–
–
+
–
–
–
–
+
–
–
wireframe
<число>
–
–
+
–
–
cpk
<число>
–
–
+
–
–
spacefill
–
–
+
–
–
В. Ластики
backbone
off
wireframe off
cpk
off
–
–
–
–
–
–
–
–
–
+
+
+
–
–
–
Г. Изменение цвета
color
<цвет>
color
<цвет по RGB>
+
+
–
–
–
–
–
–
+
+
"+" - изменение;
Примеры.
А. restrict
select
select
select
select
select
restrict
Б.
backbone
backbone
wireframe
cpk
"–" - нет изменения
none
protein
protein and oxygen
protein or oxygen
protein, oxygen
within(3.5, protein) and water
within(3.5, protein) and water
100
10
70
300
остовная
модель
проволочная
модель
шариковая
модель
натуральная
модель
стирает и
spacefill
Важные команды, не вошедшие в таблицу
define
<имя>
<множество> –– определяет имя множества
Пример.
define importantAAs
select importantAA
wireframe 120
124:A, 178:A,
235:A, 240:A
save pdb <имя файла> –– сохраняет список выделенных атомов в формате PDB
Пример.
select within(3.5, 124:A) and water
save
pdb
waters_hbonded_to_aa_124A.pdb
script <имя файла>
–– исполняются команды, написанные в указанном текстовом файле
Множества
Пример имени (ID) одного атома:
ser219:P.ca
–– Cα атом серина 219 из цепочки P
*P
:P
ser*
*.ca
*P.c??
––
––
––
––
––
все атомы цепочки P
все атомы цепочки P
все атомы всех серинов всех белков
все Cα атомы из всех остатков всех белков
все углероды (атомы с именами, начинающимися с "C": C, Cα,Cβ и др.) цепочки P
Предопределенные множества
none, all, selected
protein, dna, rna, backbone
oxygen, nitrogen, carbon, iron, ....
Операции над множествами
AND, OR, NOT, WITHIN(...)
Операция OR может быть записана ","
Пример.
select protein or dna
select protein, dna
select within(3.5, protein)
select within(3.5, protein) and water
select not (protein, water)