2014 N1 - Центральная научная библиотека ДВО РАН

Содержание № 1, 2014
Тихоокеанскому институту биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН – 50 лет.
В.А. СТОНИК
Календарь памятных дат ТИБОХ ДВО РАН. И.Н. КРАСИКОВА
Органическая химия
В.Л. НОВИКОВ. Основные направления исследований и достижения в области органического
синтеза природных соединений в ТИБОХ ДВО РАН
Д.В. БЕРДЫШЕВ. Внутримолекулярные механизмы кето-енольной таутомерии в циклических
β,β’-трикетонах
Биоорганическая химия
В.А. РАССКАЗОВ. Ферменты морских организмов и перспективы их использования в
медицине и биотехнологии..
Ш.Ш. АФИЯТУЛЛОВ, О.И. ЖУРАВЛЕВА. Пренилированные индольные алкалоиды
факультативных морских грибов рода Aspergillus
И.М. ЕРМАК, А.О. БЯНКИНА (БАРАБАНОВА), Е.В. СОКОЛОВА. Структурные особенности
и биологическая активность каррагинанов – сульфатированных полисахаридов красных
водорослей дальневосточных морей России
В.И. КАЛИНИН, Н.В. ИВАНЧИНА, Д.Л. АМИНИН, Н.И. КУЛЕШ, С.А. ФЕДОРЕЕВ. Изучение
механизмов и особенностей действия новых лекарственных препаратов из дальневосточных
растений и морских беспозвоночных
М.М. МОНАСТЫРНАЯ, Е.В. ЛЕЙЧЕНКО, И.Н. ГЛАДКИХ, Е.А. ЗЕЛЕПУГА, В.М.
ТАБАКМАХЕР, О.В. СИНЦОВА, Р.С. КАЛИНА, А.Н. КВЕТКИНА, Э.П. КОЗЛОВСКАЯ.
Полипептиды актиний, их взаимодействие с биологическими мишенями
О.Д. НОВИКОВА, В.А. ХОМЕНКО, О.П. ВОСТРИКОВА, О.Ю. ПОРТНЯГИНА, О.В.
СИДОРОВА, Д.К. ЧИСТЮЛИН, Т.Ф. СОЛОВЬЕВА. Порообразующие белки наружной
мембраны некоторых грамотрицательных бактерий. Структура и свойства
Т.Н. МАКАРЬЕВА, А.С. СИЛЬЧЕНКО, А.А. КИЧА, Е.Г. ЛЯХОВА, С.А. КОЛЕСНИКОВА,
Л.К. ШУБИНА, Н.В. ИВАНЧИНА. Поиск и выделение новых природных соединений из
морских беспозвоночных, исследования их структур и биологических активностей
А.М. СТЕНКОВА, Е.П. БЫСТРИЦКАЯ, К.В. ГУЗЕВ, В.А. РАССКАЗОВ, М.П. ИСАЕВА. OmpF
порины бактерий рода Yersinia: молекулярно-генетические аспекты
Морская микробиология
В.В. МИХАЙЛОВ, М.В. ПИВКИН. Изучение морских бактерий и грибов. Некоторые
результаты и перспективы исследования
Научная смена
Кафедра биоорганической химии и биотехнологии Школы естественных наук ДВФУ: прошлое
и настоящее. Н.Е. СПИЧЕНКОВА, В.В. СОВА
Е.П. БЫСТРИЦКАЯ. Исследование регуляции экспрессии OmpF порина – основного белка
наружной мембраны Yersinia pseudotuberculosis
В.А. ГОЛОТИН. Получение химерного белка на основе щелочной фосфатазы из бактерии
Cobetia marina и силикатеиноподобного катепсина из морской губки Latrunculia oparinae
Новые технология
Т.А. РУЦКОВА, А.А. АРТЮКОВ, Е.В. КУПЕРА, Т.Ю. КОЧЕРГИНА, В.В. МАХАНЬКОВ, Э.П.
КОЗЛОВСКАЯ. Некоторые аспекты комплексной переработки иглокожих
Экспедиции
45-я комплексная экспедиция на НИС «Академик Опарин» в территориальные воды Вьетнама
(апрель–июнь 2013 г.). Е.А. ЮРЧЕНКО, Д.Л. АМИНИН
Хроника
1-е Международное рабочее совещание по молекулярной визуализации. Д.Л. АМИНИН
Корейско-российский симпозиум KORUS-2013. С.Г. ПОЛОНИК
Юбилеи
К 75-летию академика В.А. Акуличева. Н.И. САВЕЛЬЕВА
Директору Биолого-почвенного института ДВО РАН Ю.Н. Журавлёву – 75 лет. О.Г. КОРЕНЬ,
Я.О. ТИМОФЕЕВА
Академику А.В. Адрианову – 50 лет. Г.Ф. НИЗЯЕВА, А.А. КАЛИНИН
Правила для авторов
Contents № 1, 2014
Semicentenary of G.B. Elyakov Pacifi c Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS. V.A. STONIK
G.B. Elyakov Pacifi c Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS Milestones. I.N. KRASIKOVA
Organic Chemistry
V.L. NOVIKOV. The main lines of research and achievements of the G.B. Elyakov Pacifi c Institute
of Bioorganic
Chemistry, FEB RAS in the fi eld of organic synthesis of natural compounds
D.V. BERDYSHEV. The intramolecular mechanisms of keto-enol tautomeric rearrangements in cyclic
β,β'-triketones
Bioorganic Chemistry
V.A. RASSKAZOV. Enzymes of marine organisms and prospects of their application in medicine and
biotechnology
Sh.Sh. AFIYATULLOV, O.I. ZHURAVLEVA. Prenylated indole alkaloids from facultative marine
fungi Aspergillus
genera.
I.M. YERMAK, A.O. BYANKINA (BARABANOVA), E.V. SOKOLOVA. Structural peculiarities
and biological activity of carrageenans – sulphated polysaccharides from red algae collected from the
Russian Pacifi c coast
V.I. KALININ, N.V. IVANCHINA, D.L. AMININ, N.I. KULESH, S.A. FEDOREYEV. Studies into
mechanisms and peculiarities of action of some new leads from Far Eastern plants and marine
invertebrates
M.M. MONASTYRNAYA, E.V. LEYCHENKO, I.N. GLADKIKH, E.A. ZELEPUGA, V.M.
TABAKMAKHER, O.V. SINTSOVA, P.S. KALINA, A.N. KVETKINA, E.P. KOZLOVSKAYA.
Sea anemone polypeptides, interaction with biological targets
O.D. NOVIKOVA, V.A. KHOMENKO, O.P. VOSTRIKOVA, O.Yu. PORTNYAGINA, O.V.
SIDOROVA, D.K. CHISTYULIN, T.F. SOLOVYEVA. Outer membrane pore-forming proteins of
some Gram-negative bacteria. Structure and function
T.N. MAKARIEVA, A.S. SILCHENKO, A.A. KICHA, E.G. LYAKHOVA, S.A. KOLESNIKOVA,
L.K. SHUBINA, N.V. IVANCHINA. Search and isolation of new natural compounds from marine
invertebrates, investigation of their structure and biological potency
A.M. STENKOVA, E.P. BYSTRITSKAYA, K.V. GUZEV, V.A. RASSKAZOV, M.P. ISAEVA.
Yersinia OmpF porins: molecular and genetics aspects
Marine Microbiology
V.V. MIKHAILOV, M.V. PIVKIN. Study of marine bacteria and fungi. Some results and prospects
The Rising Generation of Researchers
Bioorganic Chemistry and Biotechnology Department, School of Natural Science, FEFU: its Past and
Present. N.E. SPICHENKOVA, V.V. SOVA
E.P. BYSTRITSKAYA. Study into regulation of expression of OmpF porin, the main outer membrane
protein of Yersinia pseudotuberculosis
V.A. GOLOTIN. Production of the chimeric protein on the basis of the alkaline phosphatase from
bacteria Cobetia marina and silicatein-like cathepsin from the sea sponge Latrunculia oparinae
New Technologies
T.A. RUTSKOVA, A.A. ARTYUKOV, E.V. KUPERA, T.Yu. KOCHERGINA, V.V.
MAKHANKOV, E.P. KOZLOVSKAYA. Some aspects of complex processing of echinoderms
Expeditions
Integrated expedition No. 45 aboard the research vessel “Akademik Oparin” in the territorial waters of
the Socialist Republic of Vietnam (April-June 2013). E.A. YURCHENKO, D.L. AMININ
Current events
1st International Workshop on Molecular Imaging. D.L. AMININ
Korea–Russia Symposium KORUS-2013. S.G. POLONIK
Jubilees
Toward 75th anniversary of academician V.A. Akulichev. N.I. SAVELYEVA
Director of Institute of Biology and Soil Science, FEB RAS Yu.N. Zhuravlev is 75 years old. O.G.
KOREN, Ya.O. TIMOFEYEVA
Academician A.V. Adrianov is 50 years old. G.F. NIZYAEVA, A.A. KALININ
Rules for the authors
РЕФЕРАТЫ
В.Л. НОВИКОВ
Основные направления исследований и достижения
в области органического синтеза природных соединений
в ТИБОХ ДВО РАН
Обсуждены основные направления исследований и научные результаты, полученные за 40
лет деятельности лаборатории органического синтеза природных соединений ТИБОХ ДВО
РАН, в области синтеза гликозидов женьшеня (гинзенозидов), циклопентановых β,β΄трикетонов, полигидрокси-1,4-нафтохинонов, морских алкалоидов и родственных им
соединений.
Ключевые слова: даммарановые тритерпеноиды, гликозиды женьшеня (гинзенозиды),
циклопентановые β,β΄-трикетоны, корусканоны А и В, полигидрокси-1,4-нафтохиноны,
эхинохром А, шиконин, морские алкалоиды, поликарпин, фаскаплизины, глабрухиноны А и В.
The main lines of investigations and achievements of the G.B. Elyakov PIBOC FEB
RAS in the field of organic synthesis of natural compounds. V.L. NOVIKOV (G.B. Elyakov
Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The main lines of investigations and achievements of the Laboratory of organic synthesis of
natural compounds of the G.B. Elyakov PIBOC FEB RAS in the field of the synthesis of Panax ginseng
glycosides (ginsenosides), cyclopentanoid β,β΄-triketones, polyhydroxy-1,4-naphthoquinones, marine
alkaloids, and related compounds obtained over the last forty years are discussed.
Key words: dammarane triterpenoids, Panax ginseng glycosides (ginsenosides),
cyclopentanoid β,β΄-triketones, coruscanones A and B, polyhydroxy-1,4-naphthoquinones,
echinochrome A, shikonin, marine alkaloids, polycarpine, fascaplysin, glabruquinones A and B.
УДК 547:544.42
Д.В. БЕРДЫШЕВ
Внутримолекулярные механизмы кето-енольной таутомерии в циклических ,трикетонах
Методами B3LYP и MP2 с применением различных базисов атомных орбиталей
исследована топография поверхностей потенциальной энергии насыщенных и ненасыщенных
циклических ,-трикетонов. Построена единая схема внутримолекулярных механизмов
таутомерных переходов для соединений данного типа.
Ключевые слова: водородная связь, таутомерия, ,-трикетоны, поверхность
потенциальной энергии.
The intramolecular mechanisms of keto-enol tautomeric rearrangements in cyclic ,triketones. D.V. BERDYSHEV (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS,
Vladivostok).
The topography of the potential energy surfaces of saturated and unsaturated cyclic,triketones was investigated by the B3LYP and MP2 methods using various atomic orbital basis sets. A
global scheme of intramolecular mechanism for tautomeric rearrangement of this type of compounds
was proposed.
Key words: hydrogen bond, tautomeric rearrangement, ,-triketones, the potential energy
surface.
УДК 577.115:528.281
Ш.Ш. АФИЯТУЛЛОВ, О.И. ЖУРАВЛЕВА
Пренилированные индольные алкалоиды факультативных морских грибов рода
Aspergillus
В обзоре систематизированы данные по химической структуре, разнообразию и
биологической активности пренилированных индольных алкалоидов факультативных морских
грибов рода Aspergillus, полученные в ряде лабораторий разных стран, в том числе в
лаборатории химии микробных метаболитов ТИБОХ ДВО РАН. Обсуждаются некоторые
структурные особенности алкалоидов, являющихся производными циклического дипептида
бревианамида F, образованного при конденсации L-триптофана и L-пролина. Высказывается
предположение, что биосинтез новых хемотипов биоактивных соединений в морских грибахмикромицетах является одним из проявлений химической адаптации микроорганизмов к
условиям обитания в морской среде. Подчеркивается важность химического изучения
вторичных метаболитов морских мицелиальных грибов и исследования их биологической
активности.
Ключевые слова: морские грибы, род Aspergillus, вторичные метаболиты,
пренилированные индольные алкалоиды, цитотоксическая активность.
Prenylated indole alkaloids from facultative marine fungi Aspergillus genera.
Sh.Sh. AFIYATULLOV, O.I. ZHURAVLEVA (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic
Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The review presents data on the chemical structure, diversity, and biological activity of
prenylated indole alkaloids of facultative marine fungi of the Aspergillus genera. These data were
obtained at many laboratories in different countries, including the laboratory of microbial metabolites
chemistry of the G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS. Herein, we discuss
some structural features of the alkaloids, derivatives of the cyclic dipeptide brevianamide F. It has
been proposed that the biosynthesis of new chemotypes of bioactive compounds in marine micromycete
fungi is one way of chemical adaptation of microorganisms to environmental conditions at sea. The
importance of chemical studying secondary metabolites from the marine mycelial fungi and
investigation of their biological activity is underlined.
Key words: marine fungi, Aspergillus genera, secondary metabolites, prenylated indole
alkaloids, cytotoxic activity.
УДК 577.114.083
И.М. ЕРМАК, А.О. БЯНКИНА (БАРАБАНОВА), Е.В. СОКОЛОВА
Структурные особенности и биологическая активность каррагинанов –
сульфатированных полисахаридов красных водорослей
дальневосточных морей России
Приводятся данные о влиянии эндогенных и экзогенных факторов на структуры и
свойства каррагинанов – сульфатированных полисахаридов красных водорослей
дальневосточных морей. Рассматриваются макромолекулярная организация и разносторонняя
биологическая активность каррагинанов и созданной на их основе биологически активной
добавки.
Ключевые слова: каррагинаны, стадия развития водорослей, первичная и надмолекулярная
структура, иммуномодулирующая и антикоагулирующая активность, терапевтическое
действие.
Structural peculiarities and biological activity of carrageenans – sulphated polysaccharides
from red algae collected from the Russian Pacific coast. I.M. YERMAK, A.O. BYANKINA
(BARABANOVA), E.V. SOKOLOVA (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB
RAS, Vladivostok).
The data on the influence of endogenic and exogenous factors on the structures and properties of
carrageenans – sulphated polysaccharides of red algae from the Far-Eastern seas are presented in
this paper. Macromolecular organization and diverse biological potency of carrageenans as well as
biologically active additives created on their bases are considered.
Key words: carrageenans, life stages of algae, basic and supra-molecular structure,
immunomodulatory and anticoagulant potency, therapeutic effect.
УДК 547.918:593.96:615.275.4+547.99:615.244:615.28:616.36+547.99:593.95:615.254.1
В.И. КАЛИНИН, Н.В. ИВАНЧИНА, Д.Л. АМИНИН, Н.И. КУЛЕШ, С.А. ФЕДОРЕЕВ
Изучение механизмов и особенностей действия новых лекарственных препаратов из
дальневосточных растений и морских беспозвоночных
Кукумариозид А2-2 в субтоксических концентрациях активирует резкий и обратимый
вход ионов кальция в клетки, что может служить сигнальным механизмом в инициации
иммунного ответа макрофагов. Его фармакокинетическое поведение, изученное с помощью
3
Н-меченого производногo в гомогенате селезенки мышей, совпадает с таковым, изученным с
помощью МАЛДИ ВП масс-спектрометрии. С помощью МАЛДИ имиджинга изучено
пространственное распределение кукумариозида A2-2 в криогенных срезах селезенок мышей. В
очень низких концентрациях кукумариозид А2-2, его аналог фрондозид А, а также их комплексы
с холестерином ингибируют множественную лекарственную устойчивость опухолевых
клеток. Идентифицированы индивидуальные полифенольные метаболиты из растения Maackia
amurensis. Найдены противоопухолевые свойства in vitro для гепатопротекторного препарата
Максар®. Изучено влияние гентиобиозидов изофлавонов и птерокарпанов из корней маакии
амурской на параметры свободно-радикального окисления. При окислительном стрессе
предварительная обработка животных этими изофлавоноидами в большей степени
ингибирует прооксидантную активность, чем в случае препарата Максар®. Угнетение
микросомального окисления ослабляет диуретический эффект препарата Гистохром® у крыс.
Мочегонный эффект препарата обусловлен не нативным соединением (эхинохром А), а
продуктами его метаболизма.
Ключевые слова: Кумазид, Максар®, Гистохром®, кукумариозид А2-2, изофлавоноиды,
иммуномодулирующая активность, антиоксидантная активность, ингибирование роста
колоний опухолевых клеток.
Studies of mechanisms and peculiarities of action of some new leads from Far Eastern
plants and marine invertebrates. V.I. KALININ, N.V. IVANCHINA, D.L. AMININ, N.I. KULESH,
C.A. FEDOREYEV (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS,
Vladivostok).
Cucumarioside А2-2 activates dramatic and reversible input of calcium ions into cells in subtoxic concentrations, that may serve as signal mechanism in initiation of immune response of
macrophages. Pharmacokinetic behavior of 3Н-cucumarioside А2-2 in mouse spleen homogenate is
concurred with such studied by MALDI TOF mass-spectrometry. Space distribution of cucumarioside
A2-2 in cryogenic cross-sects of mouse spleens has been studied using MALDI imaging. In very low
concentrations, сucumarioside A2-2, its analog frondoside A and their complexes with cholesterol
inhibit multi drug resistance of tumor cells. Individual polyphenolic metabolites have been identified in
the plant Maackia amurensis. Antitumor properties (in vitro) of hepatoprotector drug Maxsar® have
been found. Influence of gentiobiosides of isoflavones and pterocarpans from the roots of M.
amurensis on parameters of free radical oxidation has been studied. At oxidative stress, the
preliminary treatment of animals with these flavonoids stronger inhibits pro-oxidant activity than with
drug preparation Maxsar®. Suppression of microsomal oxidation decreases diuretic effect of
preparation Hystochrome® for rats. Diuretic effect of the preparation is caused by products of
metabolism of its native substance (echinochrom A) but not the preparation.
Key words: Cumaside, Maxsar® , Hystochrome®, cucumarioside А2-2, isoflavonoids,
immunomodulatory activity, antioxidant activity, inhibition of tumor cells colony growth.
УДК 577.112+577.122
М.М. МОНАСТЫРНАЯ, Е.В. ЛЕЙЧЕНКО, И.Н. ГЛАДКИХ, Е.А. ЗЕЛЕПУГА, В.М.
ТАБАКМАХЕР, О.В. СИНЦОВА, Р.С. КАЛИНА, А.Н. КВЕТКИНА, Э.П. КОЗЛОВСКАЯ
Полипептиды актиний, их взаимодействие с биологическими мишенями
Приводятся краткие сведения о результатах изучения биологически активных
полипептидов, продуцируемых ядовитыми морскими кишечнополостными актиниями:
анемонотоксинов, пептидных APETx2-подобных и пороформирующих токсинов, полипептидов
Кунитц-типа. Описывается их взаимодействие с биологическими мишенями.
Ключевые слова: актиния, анемонотоксины, актинопорины, APETx2-подобные токсины,
ингибиторы Кунитц-типа, ионные каналы, цитоплазматические мембраны, сериновые
протеиназы.
Sea anemone polypeptides, interaction with biological targets. M.M. MONASTYRNAYA,
E.V. LEYCHENKO, I.N. GLADKIKH, E.A. ZELEPUGA, V.M. TABAKMAKHER, O.V.
SINTSOVA, P.S. KALINA, A.N. KVETKINA, E.P. KOZLOVSKAYA (G.B. Elyakov Pacific
Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The results of the study of biologically active polypeptides produced by certain poisonous
marine cnidarians, sea anemones: anemonotoxins, APETx2-like peptide toxins, pore-forming toxins,
Kunitz-type polypeptides, as well as of their interaction with biological targets are presented in this
paper.
Key words: sea anemone, anemonotoxins, actinoporns, APETx2-like toxins, Kunitz-type
inhibitors, ion channels, cytoplasmic membranes, serine proteinases.
УДК 577.012.5’083.3
О.Д. НОВИКОВА, В.А. ХОМЕНКО, О.П. ВОСТРИКОВА, О.Ю. ПОРТНЯГИНА, О.В.
СИДОРОВА, Д.К. ЧИСТЮЛИН, Т.Ф. СОЛОВЬЕВА
Порообразующие белки наружной мембраны
некоторых грамотрицательных бактерий. Структура и свойства
В обзоре представлены направления и результаты проводимых в лаборатории
молекулярных основ антибактериального иммунитета ТИБОХ ДВО РАН за последние 10
лет исследований структуры, функциональных свойств и иммунобиологической активности
поринов психротолерантных наземных (рода Yersinia) и морских (рода Pseudoalteromonas)
грамотрицательных бактерий.
Ключевые слова: грамотрицательные бактерии, порoобразующие белки,
пространственная структура, иммунобиологические свойства.
Outer membrane pore-forming proteins of some Gram-negative bacteria. Structure and
function. O.D. NOVIKOVA, V.A. KHOMENKO, O.P. VOSTRIKOVA, O.Yu. PORTNYAGINA,
O.V. SIDOROVA, D.K. CHISTYULIN, T.F. SOLOV’EVA (G.B. Elyakov Pacific Institute of
Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The directions and results of research of the structures, functional properties, and
immunobiological activity of porins from psychrotolerant terrestrial (Yersinia genus) and marine
(Pseudoalteromonas genus) Gram-negative bacteria carried out at the laboratory of the molecular
basis of antibacterial immunity of the PIBOC FEB RAS in the last 10 years have been reviewed.
Key words: Gram-negative bacteria, pore-forming proteins, spatial structure,
immunobiological properties.
УДК 577.115:593.4+547.996:593.96+547.925:593.793:593.93+547.94:593.4
Т.Н. МАКАРЬЕВА, А.С. СИЛЬЧЕНКО, А.А. КИЧА, Е.Г. ЛЯХОВА, С.А.
КОЛЕСНИКОВА, Л.К. ШУБИНА, Н.В. ИВАНЧИНА
Поиск и выделение новых природных соединений из морских беспозвоночных,
исследования их структур и биологических активностей
Обсуждены некоторые результаты поиска и выделения новых морских природных
соединений, проведенных в ТИБОХ ДВО РАН в 2012–2014 гг., установления их строения и
изучения их биологических активностей. Главными биологическими источниками таких
веществ были морские беспозвоночные. По своей химической природе выделенные
биологически активные вещества принадлежат к различным классам соединений:
алкалоидам, стероидам, терпеноидам и др.
Ключевые слова: вторичные метаболиты, гликозиды, алкалоиды, морские губки,
голотурии, морские звезды, биологическая активность, биосинтез.
Search and isolation of new natural products from marine invertebrates, studies of their
structures and biological activities. T.N. MAKARIEVA, A.S. SILCHENKO, A.A. KICHA, E.G.
LYAKHOVA, S.A. KOLESNIKOVA, L.K. SHUBINA, N.V. IVANCHINA (G.B. Elyakov Pacific
Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
Some results of the search and isolation of new natural products, studies of their structures
and biological activities obtained in PIBOC FEB RAS during 2012–2014 are discussed. It was
shown that main biological sources of these compounds were proved to be marine invertebrates.
The isolated biologically active compounds belong to different chemical classes, including
alkaloids, steroids, terpenoids etc.
Key words: secondary metabolites, glycosides, alkaloids, marine sponges, sea cucumbers,
starfish, biological activity, biosynthesis.
А.М. СТЕНКОВА, Е.П. БЫСТРИЦКАЯ, К.В. ГУЗЕВ, В.А. РАССКАЗОВ, М.П. ИСАЕВА
OmpF порины бактерий рода Yersinia: молекулярно-генетические аспекты
В обзоре систематизирована информация о генах и кодируемых ими белках OmpF
поринах иерсиний, относящихся к классу неспецифических порообразующих белков наружной
мембраны грамотрицательных бактерий. Эти белки обеспечивают транспорт
низкомолекулярных соединений и отвечают за адаптацию бактерий к условиям
окружающей среды, становясь доминантными при определенных условиях. Рассмотрены
данные, касающиеся структуры OmpF поринов иерсиний, их филогенетических связей и
молекулярной эволюции, а также генетического полиморфизма ompF генов.
Ключевые слова: OmpF порины, филогения, молекулярная эволюция, полиморфизм.
Yersinia OmpF porins: molecular and genetics aspects. A.M. STENKOVA, E.P.
BYSTRITSKAYA, K.V. GUZEV, V.A. RASSKAZOV, M.P. ISAEVA (G.B. Elyakov Pacific
Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
We systematized information about genes and proteins of Yersinia, namely OmpF porins,
belonging to the class of non-specific pore-forming proteins of the outer membrane from gramnegative bacteria. These proteins provide the transport of low molecular weight compounds and are
responsible for the environment adaptation of bacteria being dominant ones under certain
conditions. The paper covers data on the structure of Yersinia OmpF porins, their phylogenetic
relationships and molecular evolution, and genetic polymorphism of ompF genes.
Key words: OmpF porins, phylogeny, molecular evolution, polymorphism.
УДК 579.6
В.В. МИХАЙЛОВ, М.В. ПИВКИН
Изучение морских бактерий и грибов.
Некоторые результаты и перспективы исследования
Описаны некоторые достижения сотрудников лаборатории микробиологии ТИБОХ
ДВО РАН в области систематики морских микроорганизмов и в поиске продуцентов
биологически активных веществ из бактерий и грибов. Эти исследования сделали
Владивосток и Приморский край заметной величиной на мировой «карте» микробиологии.
Ключевые слова: морские бактерии и микроскопические грибы, систематика,
экология, биотехнология.
Study of marine bacteria and fungi. Some results and prospects. V.V. MIKHAILOV,
M.V. PIVKIN (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The paper reviews some achievements of the Microbiology Laboratory staff of Pacific
Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS in systemizing marine microorganisms and exploring
for bacterial and fungal producers of bio-effective agents. These investigations have highlighted
Vladivostok and Primorsky Krai on the world-wide “map” of microbiology.
Key words: marine bacteria and microscopic fungi, systematics, ecology, biotechnology.
УДК 577.218
Е.П. БЫСТРИЦКАЯ
Исследование регуляции экспрессии OmpF порина – основного белка наружной
мембраны Yersinia pseudotuberculosis
Исследовано влияние температуры культивирования, осмолярности среды, доступности
кислорода и воздействие антибиотика на экспрессию гена ОmpF Yersinia pseudotuberculosis с
помощью метода ПЦР в режиме реального времени. Установлено, что температура является
главным фактором, определяющим транскрипцию ompF. Уровень экспрессии ompF
возрастает в холодовых условиях и снижается при температуре теплокровного организма (37
о
С). Ограничение доступа кислорода, изменение концентрации NaCl и воздействие
хлорамфеникола значительного влияния на уровень экспрессии ompF не оказывают.
Ключевые слова: ompF, экспрессия гена, количественная ПЦР.
Study into regulation of expression of OmpF porin, the main outer membrane protein of
Yersinia pseudotuberculosis. E.P. BYSTRITSKAYA (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic
Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
The impact of cultivation temperature, medium osmolarity, the availability of oxygen and the
effect of an antibiotic on Yersinia pseudotuberculosis ompF gene expression were studied using
Quantitative real time PCR. We found out the cultivation temperature to be the primary factor
determining ompF gene transcription, as ompF expression level was increasing under cold conditions,
while decreasing at the temperature of a warm-blooded organism (37 оС). Oxygen limitation, NaCl
concentration change and chloramphenicol addition did not have any significantly impact on ompF
transcription.
Key words: ompF, gene expression, QPCR.
УДК 577.2
В.А. ГОЛОТИН
Получение химерного белка на основе щелочной фосфатазы из бактерии Cobetia marina и
силикатеиноподобного катепсина из морской губки Latrunculia oparinae
Методами генной инженерии построена оптимальная химерная плазмида, несущая
структурные гены легко детектируемой щелочной фосфатазы из морской бактерии Cobetia
marina и силикатеиноподобного катепсина из морской губки Latrunculia oparinae, для
получения химерного белка CmAP/LoC в клетках Escherichia coli с высоким уровнем экспрессии.
Методами белковой хроматографии из химерного белка с высоким выходом выделен
силикатеиноподобный катепсин для дальнейшего исследования его свойств.
Ключевые слова: гибридный рекомбинантный белок, генная инженерия, щелочная
фосфатаза, силикатеиноподобный катепсин.
Production of the chimeric protein on the basis of the alkaline phosphatase from bacteria
Cobetia marina and silicatein-like cathepsin from the sea sponge Latrunculia oparinae. V.A.
GOLOTIN (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS, Vladivostok).
Using genetic engineering methods, an optimal recombinant plasmid carrying the structural
genes of easy-detectable alkaline phosphatase from the marine bacterium Cobetia marina and
silikatein-like cathepsin from the sea sponge Latrunculia oparinae has been constructed for the
synthesis of chimeric protein CmAP/LoC in the Escherichia coli cells with the high level of expression.
Using protein chromatographic methods, the silikatein-like cathepsin has been excreted with high
yield for further study of its properties.
Key words: hybrid recombinant protein, genetic engineering, alkaline phosphatase, silicateinlike cathepsin.
УДК 577.11:615.324
Т.А. РУЦКОВА, А.А. АРТЮКОВ, Е.В. КУПЕРА, Т.Ю. КОЧЕРГИНА, В.В. МАХАНЬКОВ,
Э.П. КОЗЛОВСКАЯ
Некоторые аспекты комплексной переработки морских гидробионтов семейства
Echinodermata
Приведены сведения о наиболее важных исследованиях лаборатории биотехнологии
Тихоокеанского института биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН.
Ключевые слова: морские гидробионты, иглокожие, спинохромы, эхинохром А,
пурпурогаллин, астаксантин, биологически активные пептиды.
Some aspects of complex processing marine hydrobionts of family Echinodermata. T.A.
RUTCKOVA, A.A. ARTYUKOV, E.V. CUPERA, T.Yu. KOCHERGINA, V.V. MAKHANKOV,
E.P. KOZLOVSKAYA (G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS,
Vladivostok).
Short review on the most important investigations of the G.B. Elyakov Pacific Institute of
Bioorganic Chemistry biotechnology laboratory is given.
Key words: marine aquatic animals, echinoderms; spinochromes, echinochrome A
purpurogallin, astaxanthin, biologically active peptides.