Геномный секвенатор GS FLX+ Сочетание непревзойденной длины прочтения и высокой производительности www.roche-applied-science.ru

Геномный секвенатор GS FLX+
Сочетание непревзойденной длины прочтения
и высокой производительности
www.roche-applied-science.ru
Система GS FLX+
Мы увеличили длину прочтения до 1000 п.о.
Узнайте больше об интересующем Вас геноме, транскриптоме или метагеноме с помощью
СУПЕРдлинных прочтений на системе GS FLX+. Нововведения в реагентах, приборе
и в программном обеспечении позволили достигнуть длины прочтений – 1000 п.о.!
■■
■■
■■
Характеристики системы GS FLX+
Супердлинные прочтения: модальная
длина прочтений более 700 п.о.; самые
длинные прочтения превышают 1000 п.о.
Длина прочтений
Упрощенная de novo сборка: длиннее
прочтения – точнее сборка, меньше
брешей, длиннее контиги и лучше анализ
сложных структурных вариантов
Более 700 п.о.
Количество прочтений
1 000 000
Точность консенсусной
последовательности при
сборке
99,997%*
Время запуска
23 часа
*Точность консенсусной последовательности генома E. coli
при 15x покрытии
Обширное покрытие транскриптов:
длинные прочтения покрывают больше
экзонов для лучшей реконструкции
полноразмерных транскриптов
Супердлинные ампликоны:
более гибкий дизайн праймеров на
интересующие области генома за счет
большей длины прочтения и покрытие
более сложных гаплотипов (например,
16S/18S рРНК)
До 1000 п.о.
Модальная длина прочтений
3,5
3,0
Миллионы нуклеотидов
■■
2,5
2,0
1,5
1,0
0,5
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1000
1100
1200
Длина прочтения
МОДАЛЬНАЯ ДЛИНА ПРОЧТЕНИЯ = 951 п.о., N50 = 879 п.о.
ВСЕГО ПРОЧТЕНИЙ = 1.26 МИЛЛИОНА
Секвенирование генома de novo
Длиннее чтения – больше информации о геноме
Увеличенная длина прочтений системы GS FLX+ позволяет получить лучшие результаты
в целом ряде приложений
■■
Секвенирование протяженных повторов
необходимо для сборки сложных геномов
■■
Лучшая сборка с меньшим количеством
брешей (рисунок 2)
■■
Комплексный подход – длинные прочтения
GS FLX+ shotgun библиотек, прочтения
парно-концевых библиотек (3, 8, 20 Кб) и
короткие прочтения для лучшей и доступной
сборки
■■
De novo сборка генома длиннохвостого
попугая
Сборка
GS FLX+
(химия XL+)
GS FLX
(химия XLR70)
3,5x
3,5x
Покрытие:
Shotgun
библиотека
Парно-концевые
библиотеки
(3, 8, 20 Кб)
Сборка генома одним кликом мыши
в мощной программе GS De Novo Assembler
2,5x (химия XLR70)
Общее
6x
Общее число п.о.
Общее число п.о. в
собранных контигах
Длиннохвостый попугай
Количество прочтений
6000
8,02 Гб
993 Мб
969 Мб
С системой GS FLX+ собралось на 24 Мб больше!
5000
4000
180%
3000
Сборка GS FLX
Сборка GS FLX+
160%
2000
140%
1000
120%
0
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1000
Длина прочтения
Рисунок 1: Распределение длин 1 293 269 прочтений, полученных при запуске
системы GS FLX+. Модальная длина прочтений – 793 п.о.
100%
80%
60%
40%
20%
0%
N50 для контигов
Максимальный
размер контига
N50 для
скаффолдов
Максимальный
размер скаффолда
Рисунок 2: Преимущества GS FLX+ при de novo сборке генома длиннохвостого
попугая. При одинаковом количестве более длинные прочтения системы GS FLX+
обеспечивают более качественную сборку с более длинными контигами и скаффолдами,
а также увеличивают информацию в контигах на 24 Мб.
Секвенирование транскриптома de novo
Полная реконструкция генов и выявление новых сплайс-вариантов
транскриптов
■■
Картирование и сборка de novo кДНК
транскриптома дрозофилы
Покрытие большего количества экзонов,
сплайс-соединений и даже нетранслируемых
участков одним прочтением
Сборка
■■
Лучшее покрытие длинных транскриптов для
точной реконструкции гена
GS FLX+
Общее количество
прочтений
GS FLX
Улучшение
2 439 901
Картирование на геном
■■
Программа GS Reference Mapper
позволяет выравнивать прочтения как на
транскриптомный, так и на геномный референс,
а также выявлять отличия от референса
■■
Программа GS De Novo Assembler позволяет
точно реконструировать транскриптом и
выявить новые гены, изоформы и слитые
транскрипты
Количество прочтений
99,3
99,3
=
% покрытия генома
19,5
17,7
11%
% покрытия экзома
38,4
31,2
23%
Известные
сплайс-варианты
3237
3016
7,3%
Альтернативные
сплайс-варианты
1406
1306
7,7%
Новые изоформы
2500
2156
16%
Сборка de novo
Дрозофила
3500
% картированных
прочтений
3000
Сборка TepII транскриптов
2500
2000
1500
Референс
1000
500
0
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1000
GS FLX+
Длина прочтений
Рисунок 3: Распределение длин 1 017 391 прочтения, полученных при запуске
системы GS FLX+. Модальная длина прочтений – 551 п.о. Длина прочтения лимитирована
короткой длиной фрагментов образца.
GS FLX
Рисунок 4: Сравнение сборки транскриптов TepII дрозофилы (длиной 4535 п.о.).
Сборка супердлинных прочтений GS FLX + позволяет провести полноразмерную
реконструкцию трех из пяти изоформ (красным), при этом сборка прочтений GS FLX
реконструирует одну изоформу (темно-синий).
Метагеномика, направленный отбор генов
и многое другое!
Метагеномика (Shotgun)
Направленный отбор генов
■■
Точное определение генов/организмов в сложных
образцах
■■
■■
Супердлинные прочтения увеличивают
чувствительность и специфичность определения
таксона с точностью до штамма
Супердлинные прочтения увеличивают покрытие
целевых участков генома (например, экзома),
отобранных методом Sequence Capture, и позволяют
захватить интроны и межгенные участки для
выявления неизвестных полиморфизмов и
структурных вариантов
■■
Способствуют разрешению гомологов и паралогов
в полиплоидных геномах, например, растений
Кукуруза
Микробиом кишечника
4000
Количество прочтений
Количество прочтений
3000
2500
2000
1500
1000
500
3500
3000
2500
2000
1500
1000
500
0
0
100
200
300
400
500
600
Длина прочтений
Рисунок 5: Микробиом кишечника.
Модальная длина прочтений – 768 п.о.
700
800
900
1000
0
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1000
Длина прочтений
Рисунок 6: Секвенирование экзома кукурузы, обогащенного чипами NimbleGen
Sequence Capture. Модальная длина прочтений – 794 п.о.
Подробная информация на сайте www.454.com
ОГРАНИЧЕНИЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ: Покупатель авторизован использовать приборы систем для
секвенирования 454 только с пластинами PicoTiterPlate, поставляемыми 454 Life Sciences Corporation
в соответствии с процедурами, описанными в инструкциях и руководствах пользователя системы
секвенирования 454.
Информация о лицензионном соглашении может меняться и уточняться.
Новейшую информацию о лицензионном использовании конкретной продукции
можно найти по адресу (https://www.roche-applied-science.com/new/legal/index.jsp?id=legal_000000).
454, 454 LIFE SCIENCES, 454 SEQUENCING, GS JUNIOR, EMPCR, PICOTITERPLATE, а также GS FLX
являются торговыми марками Roche. Все прочие названия продуктов и торговые марки являются
собственностью соответствующих владельцев.
Опубликовано
©2013 Roche
ООО «Рош Диагностика Рус»
115114, Россия, Москва,
ул. Летниковская, дом 2, стр. 2,
Бизнес-Центр «Вивальди Плаза».
Тел.: +7 (495) 229-69-99
Факс: +7 (495) 229-62-64
www.roche-applied-science.ru