Вопросы для подготовки к экзамену Методы структ. биологии

Вопросы к экзамену по дисциплине
"Методы структурной биологии в изучении функции белков"
для студентов Международного государственного
экологического университета им А. Д. Сахарова.
1. Общие сведения об аминокислотах. Номенклатура и строение природных α-аминокислот. Классификация аминокислот. Неполярные, полярные незаряженные, полярные
заряженные, отрицательно заряженные, положительно заряженные, алифатические и
ароматические аминокислоты.
2. Оптические свойства аминокислот. Физико-химические свойства аминокислот.
3. Изоэлектрическая точка аминокислот. Растворимость и амфотерность аминокислот.
4. Характерные реакции аминокислот по карбоксильным группам. Образование солей,
сложных эфиров, реакции восстановления и декарбоксилирования.
5. Характерные реакции аминокислот по аминогруппам. Реакция с азотистой кислотой.
Реакции ацилирования и алкилирования. Реакции образования основании Шиффа и
дикетопиперазинов.
6. Строение и свойства пептидов. Пептидная связь и её структурные особенности.
7. Биологически активные пептиды. Нейропептиды, пептидные гормоны, пептидные
токсины, пептидные антибиотики, пептиды-иммунорегуляторы.
8. Синтез пептидов. Общий принцип химического синтеза пептидов. Твёрдофазный метод
синтеза пептидов.
9. Белки, их классификация и биологические функции. Каталитические, защитные и
структурные функции белков.
10. Сократительные, транспортные, резервные и гормональные функции белков.
11. Распространение белков в органах и тканях. Кодирование белков и вырождённость
генетического кода.
12. Методы выделения и очистки белковых фракций. Гомогенизация белок содержащего
материала. Экстракция и осаждение белка. Фракционирование белка.
13. Хроматографические методы выделения белка в индивидуальном состоянии. Типы
хроматографий.
14. Адсорбционная, ионообменная, аффинная и гель-хроматография.
15. Высокоразрешающая хроматография на обратимой фазе.
16. Химическая природа сорбентов, используемых при различных видах хроматографии.
17. Электрофоретические методы выделения белка в индивидуальном состоянии. Метод
капиллярного электрофореза. Метод изоэлектрического фокусирования.
18. Отделение белка от низкомолекулярных примесей методами гель-фильтрации,
ультрафильтрации, диализа и кристаллизации. Определение гомогенности белка.
19. Амфотерность и гидрофильность белков. Молекулярная масса белка и методы её
определения методом гель-хроматографии и ультрацентрифугирования.
20. Формы белковых молекул. Глобулярные и фибриллярные белки.
21. Олигомерные белки. Денатурация и ренатурация белка.
22. Изоэлектрическая и изоионная точки белка.
23. Первичная структура белка и методы её определения. Стратегия проведения работ по
определению первичной структуры белка.
24. Определение N-концевых аминокислот методом Сенгера.
25. Определение N-концевых аминокислот методом Эдмана.
26. Определение N-концевых аминокислот аминопептидазным и дансильным методами.
27. Методы определение С-концевых аминокислот.
28. Вторичная структура белка. Типы вторичной структуры белка. -Спирали и складчатая структуры. β-Поворот, структурные мотивы. Эффект суперспирализации и
образования доменов.
29. Типы химического взаимодействия, стабилизирующие вторичную структуру
белковых молекул. Водородные связи, гидрофобные и электростатические
взаимодействия.
30. Третичная структура белка. Нативная конформация белка.
31. Четвертичная структура белка. Белковые субъединицы и принцип самосборки.
32. Расчётные методы определения строения пептидов и белков.
33. Дисперсия оптического вращения и круговой дихроизм белков.
34. Метод рентгеноструктурного анализа в определении строения молекул белка.
Адекватность структуры молекулы белка в кристаллическом состоянии и в растворе.
35. Спектральные методы в изучении строения белковых молекул. Явление
гипохромизма. Переходы спираль-клубок в белковых молекулах.
Литература
1. Преображенский Н.А., Евстигнеева Р.П. Химия биологически активных природных
соединений. М.: "Химия", 1970.
2. Несмеянов А.Н., Несмеянов Н.А. Начала органической химии, в 2-томах. М.: “Химия”,
1969.
3. Березов Т.Т., Коровкин Б.Ф. Биологическая химия. М.: "Медицина", 1990.
4. Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. М.: "Просвещение", 1987.
5. Ленинджер А. Биохимия. М.: “Мир”, 1976.
6. Снатцке Г. Дисперсия оптического вращения и круговой дихроизм. М.: "Мир", 1976.
7. Квасюк Е.И., Бокуть С.Б. Методы структурной биологии в изучении функции белков.
Практикум. Изд. МГЭУ им. А.Д. Сахарова, 2009.
8. Фрайфельдер Д. Физическая биохимия. М.: "Мир", 1980.