Федеральная целевая программа

14.607.21.0098
<Номер постера>
Федеральная целевая программа
«Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического
комплекса России на 2014—2020 годы»
Науки о жизни
Тема: Разработка тест-системы неинвазивной диагностики для планирования терапии рака
легкого на основе высокопроизводительного секвенирования циркулирующей опухолевой ДНК.
Соглашение 14.607.21.0098
на период 2014 - 2016 гг.
Руководитель проекта: с.н.с. Рыкова Елена Юрьевна
Получатель субсидии: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и
фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук
Цели и задачи проекта
Получение значимых научных результатов и экспериментальных образцов тест-систем, позволяющих перейти к созданию новых видов
диагностической продукции и предоставлению медицинским и научно-исследовательским организациям новых и эффективных средств неинвазивной
онкодиагностики и молекулярно-генетического типирования опухолей.
Ожидаемые результаты проекта
— Коллекция биологических образцов и база данных, обеспечивающая учет коллекции и анализ ассоциий между клиническими параметрами и
биомаркерами;
— экспериментальный образец набора для выделения циркулирующей ДНК из плазмы и фракции циркулирующей ДНК, сорбированной на поверхности
клеток крови, для дальнейшего использования в составе тест-систем;
— панель биомаркеров чувствительности и приобретенной резистентности к терапии ингибиторами тирозин-киназы, как основа для разработки
диагностических тест-систем для планирования таргетной терапии;
— алгоритм принятия решения о назначении терапии ингибиторами тирозин-киназы на основании анализа разработанных панелей биомаркеров;
— экспериментальные образцы тест-системы для неинвазивного (по анализу крови) определения чувствительности и приобретенной резистентности к
таргетной терапии ингибиторами тирозин-киназы EGFR;
— программное обеспечение для анализа данных таргетного секвенирования и интерпретации результата.
Перспективы практического использования
1) диагностика пациентов с немелкоклеточным раком легкого для определения чувствительности к терапии препаратами ингибиторами тирозин-киназы
рецептора эпидермального фактора роста.
Проведение тестирования ограничено низкой доступностью опухолевого материала – до 50% больных не могут быть протестированы по этой причине.
Таким образом, появление неинвазивного теста существенно увеличит объем рынка таргетной терапии ингибиторами тирозинкиназ.
2) мониторинг приобретенной резистентности к терапии препаратами эрлотиниб и гефитиниб.
Несмотря на все преимущества таргетной терапии, ее принципиальным ограничением является развитие приобретенной резистентности, которая
неизбежно развивается у большинства пациентов. Важной задачей является выявление резистентности еще до проявления клинических признаков
прогрессии опухоли (радиологических и др.). Решение этой проблемы с помощью разрабатываемой тест-системы позволит оптимизировать терапию и
повысить эффективность лечения, в чем также заинтересованы производители препаратов ингибиторов тирозинкиназ.
3) стратификация пациентов в рамках клинических испытаний и научные исследования.
Около 10 ингибиторов тирозин-киназы EGFRнаходятся на разных фазах клинических испытаний, - соответствующие испытания в России потребуют
использования так называемого сопутствующего биомаркера (companion biomarker) для демонстрации достаточной эффективности и выхода на рынок.
Таким образом, результаты реализации проекта могут быть вовлечены в проведение клинических испытаний и сопровождать новые препараты на
рынке.
Результаты исследовательской работы, полученные в 2015 г.
1. Были разработаны методики выделения ДНК из плазмы крови, бронхо-альвеолярных смывов, пунктатов асцитной жидкости, биоптатов тканей
легкого и цитологического материала. Разработанные методики обеспечивают выделение ДНК с выходом более 80% и сравнимы по эффективности
выделения с наборами, представленными на рынке.
2. Создана база данных, обеспечивающая не только учет коллекции биологических образцов, но и способность проводить последующий анализ
ассоциаций между клиническими параметрами и биомаркерами.
3. Проведено таргетное секвенирование ДНК-библиотек, полученных из образцов опухолевой ткани от пациентов с диагнозом немелкоклеточный рак
легкого на приборе MiSeq (Illumina).
Обнаруженные клинически-значимые
соматические мутации
мутации EGFR
делеция в 19 экзоне
вставка в 19 экзоне
вставка в 20 экзоне
L858R
T790M
амплификация гена
11 (44%)
4 (16%)
1 (4%)
1 (4%)
3 (12%)
1 (4%)
2 (8%)
G12X
A146X
5 (20%)
1 (4%)
E545K
1 (4%)
мутации KRAS
мутации PIK3CA
У 5-го образца была обнаружена вставка 18 нуклеотидов в 19 экзоне гена
EGFR, ранее не описанная в публично доступных базах данных (COSMIC).
Ранее было показано (He et al. 2011), что аналогичная вставка 6 аминокислот в
19 экзоне приводит к увеличению активности EGFR in vitro и связана с ответом
на терапию ингибиторами ТК EGFR у больных НМРЛ.
Партнеры проекта
Индустриальный партнер: Общество с ограниченной ответственностью "Атлас”
Соисполнитель: ООО “Рид-Сенс”
14.607.21.0098
<Номер постера>