БЕЛОРУССКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ Кафедра молекулярной биологии

БЕЛОРУССКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ
Кафедра молекулярной биологии
Аннотация к дипломной работе
Казей
Павел Юрьевич
ДИАГНОСТИКА БАКТЕРИЙ BACILLUS PUMILUS МЕТОДОМ ПЦР
Научный руководитель:
кандидат биологических наук,
доцент Лагоненко А.Л.
Минск,2014
РЕФЕРАТ
Дипломная работа 34 с., 6 рис., 1 табл., 15 источников.
ДИАГНОСТИКА БАКТЕРИЙ BACILLUS PUMILUS МЕТОДОМ ПЦР
Объект исследования: 25 штаммов бактерий, относящихся к видам Bacillus
pumilus, Erwinia chrysantemi, Pseudomonas corrugata, Erwinia carotovora, Pantoea
agglomerans, Clavibacter michiganensis, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia
amylovora, Pseudomonas syringae, Pseudomonas fluorescens.
Цель: выделение и характеристика фитопатогенных бактерий - возбудителей
болезней сосны обыкновенной, а также определение чувствительности и
специфичности
метода
ПЦР
диагностики
бактерий
Bacillus
pumilus
с
использованием праймеров к гену целлюлазы.
Методы
исследования:
микробиологические
(культивирование
микроорганизмов, окрашивание бактерий, тест на продукцию леванов, тест на
разжижение желатина и др.), и молекулярно-генетические методы (выделение
ДНК, полимеразная цепная реакция, рестрикционный анализ).
В результате проведенного исследования было установлено, что бактерии
Р1, Р2, Р10, Р26, выделенные из пораженных тканей сосны обыкновенной могут
быть отнесены к роду Bacillus, а
Р57 - к роду Pseudomonas. ПЦР со
специфическими праймерами к ДНК Bacillus pumilus позволила отнести к этому
виду изолят Р10 еще 11 изолятов, сходных с ним по физиолого-биохимическим
критериям.
Для
проанализированной
выборки
штаммов
микроорганизмов,
достоверность, специфичность метода ПЦР диагностики бактерий Bacillus pumilus
с праймерами к хромосомному гену целлюлазы составляет 100%. Аналитическая
чувствительность изучаемого метода диагностики - приблизительно 1 нг ДНК
Bacillus pumilus на ПЦР реакцию.
Ключевые
диагностика.
слова:
Bacillus
pumilus,
фитопатогенные
бактерии,
ПЦР
РЭФЕРАТ
Дыпломная праца 34 с., 6 мал., 1 табл., 15 крыніц.
ДЫЯГНОСТЫКА БАКТЭРЫЙ BACILLUS PUMILUS МЕТАДАМ ПЛР
Аб'ект даследавання: 25 штаммаў бактэрый, якія адносяцца да відаў Bacillus
pumilus, Erwinia chrysantemi, Pseudomonas corrugata, Erwinia carotovora, Pantoea
agglomerans, Clavibacter michiganensis, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia
amylovora, Pseudomonas syringae, Pseudomonas fluorescens..
Мэта: вылучэнне і характарыстыка фітапатагенных - узбуджальнікаў хвароб
хвоі звычайнай, а таксама вызначэнне адчувальнасці і спецыфічнасці метаду ПЛР
дыягностыкі бактэрый Bacillus pumilus з выкарыстаннем праймераў да гену
целлюлазы.
Метады даследавання: мікрабіялагічныя (культываванне мікраарганізмаў,
афарбоўванне бактэрый, тэст на прадукцыю леванаў, тэст на разрэджванне
жэлаціну і інш. ), і малекулярна - генетычныя метады (вылучэнне ДНК,
палімеразная ланцуговая рэакцыя, рэстрыкцыйны аналіз).
У выніку праведзенага даследавання было ўстаноўлена, што бактэрыі Р1, Р2,
Р10, Р26, выдзеленыя з здзіўленых тканін хвоі звычайнай могуць быць аднесены да
роду Bacillus , а Р57 - да роду Pseudomonas . ПЛР са спецыфічнымі праймерамі да
ДНК Bacillus pumilus дазволіла аднесці да гэтага віду ізалят Р10 яшчэ 11 ізалятаў ,
падобных з ім па фізіёлага- біяхімічным крытэрам. Для прааналізаванай выбаркі
штамаў мікраарганізмаў , дакладнасць , спецыфічнасць метаду ПЛР дыягностыкі
бактэрый Bacillus pumilus з праймерамі да храмасомных генаў целлюлазы складае
100%. Аналітычная адчувальнасць вывучаемага метаду дыягностыкі - прыблізна 1
нг ДНК Bacillus pumilus на ПЛР рэакцыю.
Ключавыя словы: Bacillus pumilus,
дыягностыка.
фітапатагенныя бактэрыі, ПЛР
ABSTRACT
Diploma thesis 34 p. 66 Fig., 1 Table, 15 references.
DIAGNOSING OF BACTERIA BACILLUS PUMILUS BY PCR METHOD
Object of study: 25 strains of bacteria, belonging to the species Bacillus pumilus,
Erwinia
chrysantemi,
Pseudomonas
corrugata,
Erwinia
carotovora,
Pantoea
agglomerans, Clavibacter michiganensis, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia
amylovora, Pseudomonas syringae, Pseudomonas fluorescens.
Objective of the study was isolation and characterization of the plant pathogenic
bacteria - pathogens of Scots pine and to determine the sensitivity and specificity of PCR
diagnosis of bacteria Bacillus pumilus using primers to the cellulose gene.
Methods: microbiological (cultivation of microorganisms, bacteria staining,levans
product test, gelatin liquefaction test, etc.) and molecular genetic methods (DNA
extraction , polymerase chain reaction, restriction analysis).
The study found that bacteria P1 , P2, P10, P26 , derived from the affected tissues
of Scots pine may be assigned to the genus Bacillus, and R57 - to the genus
Pseudomonas. PCR with specific primers for DNA Bacillus pumilus allowed to attribute
to this type isolate P10 and another 11 isolates similar to it on the physiological and
biochemical criteria. Sample analyzed for microbial strains , accuracy , specificity of
PCR diagnosis of bacteria Bacillus pumilus with primers to chromosomal gene cellulase
is 100%. Analytical sensitivity of the studied method of diagnosis - approximately 1 ng
of DNA Bacillus pumilus PCR reaction.
Keywords : Bacillus pumilus , plant pathogenic bacteria, PCR diagnosis .