Выделение ДНК из клинического материала

¥¬¦„º¾¶¹ÃÄÇȾÀ¶¾ÃÊ»À̾¿Å»Æ»º¶¸¶»ÂÑË
ÅÄÁĸÑÂÅÉÈ»Â
›Ô½¾Ä¾ÆÁ¾¦£
ÁÀÃÄÁÆÁоÊÃǼÇŹ˾ÉÁ¹Ä¹
Обработка клинического материала и выделение нуклеиновых кислот – первый и важнейший этап
молекулярно-биологического исследования. Основной задачей данного этапа является получение очищенного препарата ДНК для последующей реакции амплификации.
Клинический материал, используемый для исследования на возбудители ИППП, сложная многокомпонентная
система, которая содержит большое количество веществ – ингибиторов, подавляющих реакцию амплификации. От того насколько эффективно они будут удалены и/или инактивированы, зависит в конечном счете
чувствительность всего теста.
Методы выделения ДНК из биологического
материала
Методы обработки клинического материала можно разделить на
две группы:
Методы с высокой эффективностью экстракции. Как правило, такие
методы включают серию этапов, в процессе которых происходит: растворение клинического материала с помощью хаотропных агентов или
органических растворителей, инактивация и удаление ингибиторов
ПЦР с последующей водно-спиртовой отмывкой нуклеиновых кислот.
Данные методы используются в тех случаях, когда требуется достичь
высокой стандартизации в процедуре экстракции и получить высокоочищенные препараты нуклеиновых кислот из разных типов клинического материала.
Методы быстрой обработки клинического материала (экспрессметоды). Такие методы в большинстве основаны на термической обработке клинического материала. Их безусловным достоинством является простота и минимальное количество манипуляций. Это может давать преимущество при тестировании большого количества образцов,
например при скрининговых исследованиях. Однако применение данных методов ограничено из-за более низкой и не стандартизованной
эффективности экстракции нуклеиновых кислот.
Наборы серии «ДНК-сорб» на основе метода BOOM® позволяют
решать все основные задачи в
области экстракции нуклеиновых
кислот из различных типов клинического материала для последующих ПЦР-исследований:
«ДНК-сорб-АМ» – экстракция ДНК
из соскобов и мазков слизистых
оболочек урогенитального тракта, прямой кишки, ротовой полости, образцов мочи, секрета
предстательной железы;
На сегодняшний день одной из наиболее эффективных методик
очистки нуклеиновых кислот из различных типов биологического материала является метод, предложенный R.Boom. В настоящее время
современные автоматизированные станции экстракции нуклеиновых
кислот используют именно метод BOOM® в различных модификациях.
Принцип метода BOOM®
заключается в обработке биологического материла хаотропными агентами - высококонцентрированными растворами в присутствии суспензии
силики (двуокись кремния).
Хаотропный агент растворяет клетки и вирусные частицы, приводя к
высвобождению нуклеиновых кислот в раствор, которые под действием того же хаотропного агента избирательно сорбируются на поверхности силики.
«ДНК-сорб-В» – экстракция ДНК
из цельной крови, плазмы, фекалий, секрета предстательной
железы, эякулята;
Ингибиторы и другие компоненты клинического материала остаются
в растворе.
«ДНК-сорб-С» – экстракция ДНК
из образцов тканей
Серия последующих отмывок обеспечивает получение высоко очищенного препарата ДНК, который растворяют в специальном буферном
растворе и в дальнейшем используют в ПЦР.
С помощью центрифугирования силика с ДНК осаждаются, а супернатант с ингибиторами ПЦР удаляется.
«ДНК-сорб-АМ»
КОМПЛЕКТ РЕАГЕНТОВ
для высокоэффективной экстракции ДНК из соскобов и отделяемого слизистых оболочек для ПЦР-диагностики урогенитальных
инфекций
Назначение
Получение препарата ДНК из клинических образцов, свободного от
ингибиторов для последующего проведения ПЦР.
Принцип метода
Кат. №
Набор реагентов «ДНК-сорб-АМ» — одна из модификаций метода
BOOM максимально адаптированная к выделению ДНК из различных
типов клинического материала для диагностики урогенитальных инфекций.
Типы клинического материала
соскобное отделяемое уретры, цервикального канала, влагалища, прямой кишки; секрет предстательной железы; первая порция мочи; отделяемое конъюнктивы; отделяемое слизистой ротовой полости, прямой
кишки, эрозивно-язвенных.
Компоненты набора «ДНК-сорб-АМ»
Кол-во образцов
К1-11-50
50
К1-11-100
100
Состав набора
«ДНК-сорб-АМ»
на 100 образцов
Лизирующий раствор .................... 30 мл
Отмывочный раствор ................. 100 мл
Универсальный сорбент ........... 2 х 1 мл
ТЕ-буфер для элюции .............. 2 х 5 мл
ВКО комплексный .......................... 1 мл
ОКО .................................................. 1 мл
ВКО-FL ............................................. 1 мл
Лизирующий раствор
Буферный раствор хаотропного агента. Обеспечивает лизис клинического материала, растворение клеточных и вирусных частиц
и высвобождение ДНК.
Универсальный сорбент
Суспензия силики с разрыхлителем в буферном растворе. Силика обеспечивает сорбцию ДНК, растворенной в
хаотропном агенте лизирующего раствора. Разрыхлитель
препятствует склеиванию силики в присутствии избытка
геномной ДНК и слизи клинического материала.
Отмывочный раствор
Водно-спиртовой раствор. Удаляет остатки Лизирующего раствора с
растворенными ингибиторами ПЦР и другими компонентами клинического материала.
ВКО комплексный
ТЕ-буфер
для элюции
Буферный раствор.
После добавления к
подсушенной силики
растворяет сорбированную на ней ДНК.
Универсальный ВКО. Суспензия рекомбинантного фага λ с клонированным фрагментом неконкурентного ВКО со стандартизованной концентрацией.
ОКО
Отрицательный контроль. Буферный раствор. Используется как контроль контаминации при экстракции ДНК из клинического
материала.
ДНК-сорб-АМ – максимально
упрощенный вариант метода
BOOM®, совмещающий высокую эффективность и стандартизацию экстракции ДНК и
минимальное количество манипуляций.
Схема применения набора «ДНК-сорб АМ»
Обработка
24 клинических
образцов занимает
40-50 минут
Дополнительные расходные материалы,
необходимые для использования набора реагентов “ДНК-сорб-АМ”:
Микроцентрифужные полипропиленовые пробирки 1.5 мл
Наконечники с фильтром до 1000 мкл
Наконечники с фильтром до 200 мкл
Наконечники без фильтра до 200 мкл
Способ применения набора «ДНК-сорб АМ»
Клинический материал, исследуемый на урогенитальные инфекции, забирается одноразовыми зондами (тампонами) в пробирку,
содержащую один из вариантов транспортных сред «Амплисенс»
(«Транспортная среда для мазков», транспортная среда ТМС, транспортная среда ЭДЭМ) и доставляется в лабораторию.
В лаборатории из пробирки с клиническим образцом отбирается
аликвота и переносится в пробирку, в которую предварительно добавлены лизирующий раствор, универсальный сорбент и ВКО.
После тщательного перемешивания и инкубации суспензию центрифугируют, осаждая сорбент с ДНК на дно, а супернатант удаляют с помощью вакуумного отсасывателя.
Транспортные среды для транспортировки и хранения клинического
материала:
транспортная
среда с муколитиком ТСМ
(кат.№ 953, 952)
транспортная
среда для
мазков
(кат.№ 987, 956)
К осажденному сорбенту добавляют отмывочный раствор и повторно осаждают сорбент.
Остатки отмывочного раствора выпаривают нагреванием пробирок с
открытыми крышками.
К осадку добавляют стерильный буферный раствор, в котором растворяется ДНК, а от сорбента освобождаются центрифугированием.
В результате получается очищенный препарат ДНК, который используется в реакции амплификации.
Особенности
Высокая степень очистки ДНК из различных типов клинического
материала – до 98%
Стандартизованная эффективность экстракции и минимальные
вариации между индивидуальными пробами
Инструмент для взятия материала:
Цитощетка
с насечкой
«Юнона».
Кат. № ЦЩ
Зонд для взятия
биологического
материала
кат. № ЗГУ–«ЦМ»
и ЗГУ–ЦМ2
Зонд-тампон
ПС+виск,
кат. № 300202;
зонд-тампон
ПС+виск в
пробирке,
стерильный
кат. № 300252
Возможность использования при количественном ПЦР-исследовании
Максимально упрощенная процедура обработки
Полный контроль всей процедуры исследования каждого клинического образца с помощью внутреннего контрольного образца (ВКО)
Высокий стандарт очистки ДНК для различных клинических и
эпидемиологических задач
Диагностические задачи выполняемые
с набором «ДНК-Сорб-АМ»
Комплексное ПЦР-обследование на урогенитальные инфекции
Дифференциальная диагностика уретрита, цервицита, вагинита
и других клинических синдромов
Количественные ПЦР-исследования
Контроль лечения
«ЭДЭМ»
КОМПЛЕКТ РЕАГЕНТОВ
для экстракции ДНК экспресс-методом
для ПЦР-диагностики урогенитальных инфекций
ЭДЭМ (Экстракция ДНК Экспресс-Методом) совмещает высокое качество и эффективность обработки клинического материала с простотой и
минимальным количеством стадий.
Принцип метода
Кат. №
К2-17-100
Кол-во образцов
100
Инструмент для взятия материала
Для взятия материала рекомендуется
использовать:
Зонд для взятия
биологического
материала
кат. № ЗГУ–«ЦМ»
и ЗГУ–ЦМ2
Зонд-тампон
ПС+виск,
кат. № 300202;
зонд-тампон
ПС+виск в пробирке, стерильный
кат. № 300252
Методика «ЭДЭМ» основана на термической обработке клинического материала, сопровождающейся лизисом клеточных и вирусных
элементов с высвобождением ДНК и частичной инактивацией ингибиторов, с последующим осаждением нерастворимых компонентов центрифугированием.
Типы клинического материала
соскобное отделяемое уретры, цервикального канала, влагалища, отделяемое слизистой ротовой полости, эрозивно-язвенных поражений
слизистой и кожи; моча
(ЭДЭМ – единственный из экспресс-методов эффективный для
обработки мочи)
Состав комплекта «ЭДЭМ»
Транспортная среда ТС-ЭДЭМ ..............................................100 х 0,5 мл
ВКО-дилюент...........................................................................100 х 0,3 мл
ПЦР-буфер-фон ..........................................................................2 х 0,5 мл
Компоненты комплекта «ЭДЭМ»
Транспортная Среда ЭДЭМ
100 пробирок объемом 2 мл, содержащих по 0.5 мл реагента
для транспортировки и хранения
клинического материала
Для транспортировки
и хранения клинического материала
рекомендуется использовать только
пробирки с транспортной средой
ТС-ЭДЭМ
ВКО-дилюент
100 пробирок объемом 1.5 мл с
замком на крышке, содержащих по
0.3 мл реагента. Содержит ВКО
и реагенты для нейтрализации
ингибиторов
ПЦР-буфер-Фон
2 пробирки, содержещих
по 0.5 мл ПЦР-буфера
без Taq-полимеразы
Схема применения набора «ЭДЭМ»
Клинический материал, исследуемый на урогенитальные инфекции, забирается одноразовыми зондами (тампонами) в пробирку с транспортной средой ЭДЭМ и доставляется в лабораторию.
В лаборатории аликвота клинического образца переносится в пробирку с «ВКО-дилюентом», перемешивается и
помещается в термостат, нагретый до 95ОС.
После инкубации проводится центрифугирование и осветленный лизат используется в ПЦР.
Обработка
24 клинических
образцов занимает
менее 15 минут
Особенности и преимущества
перед другими экспресс-методами
Более стандартизованное и эффективное растворение клинического материала в транспортной среде в
результате оставления зонда с клиническим материалом
Контроль качества экстракции ДНК каждого клинического образца за счет обработки клинического материала
в присутствии внутреннего контрольного образца (ВКО)
Возможность архивирования нативного (необработанного) клинического материала для дополнительных
или повторных исследований.
Диагностические задачи выполняемые с набором «ЭДЭМ»
Скрининговые ПЦР-исследования на ИППП
Экспресс-ПЦР исследования на ИППП при острых формах урогенитальной инфекции
Эксклюзивный дистрибьютор наборов реагентов
производства ФГУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия, 119021, г. Москва, Олсуфьевский пер, д. 8, стр. 1
Тел.: +7 (495) 664 2884, факс: +7 (495) 664 2889
www.interlabservice.ru