The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Константа скорости SNP мутаций Y-хромосомы по данным полного секвенирования RJGG Дмитрий Адамов Владимир Гурьянов Сергей Каржавин Владимир Таганкин Вадим Урасин Абстракт Накопление данных тестирования BigY, FGC, с одной стороны, публикация сиквенсов Y-хромосомы древних образцов Anzick-1, Ust-Ishim, K14, с другой, дает возможность оценить среднюю скорость однонуклеотидных (SNP) мутаций. Авторы разработали собственный метод отбора истинных мутаций в современных и древних образцах и несколькими способами определили с высокой точностью константу скорости SNP мутаций - 0.82 ∙ 10 в год на п.н.о. (95% CI: (0.70 − 0.94) ∙ 10 ). Введение Однонуклеотидная мутация или однонуклеотидный полиморфизм (ОНП) – отличие последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) в геноме (или в другой сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосом. Здесь и далее по тексту статьи авторы используют как синонимы термины «однонуклеотидная мутация», «однонуклеотидный полиморфизм», SNP и снип. = ) ! , где – вероятность обнаружить k мутаций за T поколений на одном и том же сайте (участке) хромосомы, – константа скорости однонуклеотидных мутаций. На практике одновременно измеряется последовательность, состоящая из B пар нуклеотидных оснований. Среднее число однонуклеотидных мутаций определяется соотношением: Замена нуклеотида одного вида на другой (субституция) в процессе хромосомного мейоза, происходит, по имеющейся совокупности генетических данных, достаточно случайным образом. Вероятность SNP мутации очень мала, порядка одной замены на сто миллионов пар нуклеотидных оснований (сайтов) за один мейоз. То есть поток мутаций редкий (свойство ординарности) и факт появления очередной мутации не зависит от факта появления предыдущих мутаций (свойство отсутствия последействия). Эти свойства определяют поток мутаций как пуассоновский. Вероятность мутаций в последовательности мейозов за T поколений распределена по закону Пуассона: = , (1) где ≡ – константа скорости однонуклеотидных мутаций, которую в дальнейшем для краткости будем называть «скорость SNP мутаций (SNP mutation rate)» или «скорость мутаций». Возможность измерять число мутаций для генеалогических целей появилась несколько лет назад после появления высокопроизводительных машин NGS (Next Generation Sequencing), позволяющих делать массовое параллельное чтение геномов по разумной стоимости. ________________________________________________________ Принята 25 февраля 2015 года; опубликована 27 февраля 2015 года. Связаться с авторами по email: nimissin@mail.ru, gurianov.vm@gmail.com, karzhavin@inbox.ru, SemarglV@gmail.com, wert22@mail.ru ( 46 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Коммерческое тестирование образцов интересующей нас Y-хромосомы началось с 2013 года. В Таблице 1 приведена сводка RJGG данных о степени охвата последовательностей Y-хромосомы коммерческими и научными лабораториями по технологии NGS. Таблица 1. Общий размер и качество чтения участков Y-хромосомы Исследование (тест) Область маппирования, Mbp Покрытие, Х раз FTDNA Big Y до 11.38 60 FGC Elite ̴ 23 60 1000 Genomes Project ̴ 23 2-4 Personal Genome Project ̴ 23 нет данных Poznik et al. (2013) 9.99 3.1 Wei et al. (2013) 8.97 28.4 Francalacci et al. (2013) 8.97 2.16 Yan et al. (2014) 3.90 10 Hallast et al. (2015) 3.72 51 Маппируемые последовательности Yхромосомы, прочитанные по технологии NGS, составляют в целом около 23 Mbp. tosomal, heterochromatic, X-transposed, and ampliconic segments. (Мы установили уникальные участки в специфической части референсной последовательности Y-хромосомы, … для которых ожидали, что мы обойдем сложности при маппировании ридов и обнаружении вариантов, связанные с повторяющимися цепочками. Это было достигнуто путем исключения псевдоаутосомных, гетерохроматических, X-transposed и ampliconic сегментов). Еще в первых работах (Skaletsky et al., 2003) отмечалось, что структура Yхромосомы неоднородна. Эухроматин Yхромосомы состоит из нуклеотидных последовательностей следующих видов: 1) X-transposed, имеющие совпадающие на 99% аналоги в Х-хромосоме, общая длина около 3.7 Mbp, В статье Poznik D. et al. (2013) были выделены участки эухроматина, наиболее подходящие для маппирования коротких ридов (порядка 100 bp), общей длиной 9.99 Mbp. Эти участки, в основном, представляют области X-degenerate и, в меньшей степени, ampliconic. Палиндромные участки были исключены. 2) X-degenerate, - уникальные, легко маппируемые последовательности, общая длина около 8.6 Mbp, 3) ampliconic, - участки, обнаруживающие сходство (на 99.9%) с последовательностями, расположенными в других участках Yхромосомы, общая длина около 10.2 Mbp, в том числе 8 палиндромных участков (5.7 Mbp). Для оценки возраста мужской генеалогической линии по числу обнаруженных производных SNP вариантов соотношение (1) используется следующим образом: В научных работах исследования ограничиваются, как правило, областью Xdegenerate. Исследователи стремятся избегать последовательности X-transposed и ampliconic. Вот что пишут авторы работы Wei et al. (2013): = (2) Размер маппированной области B вычисляется по BED файлу. Средняя скорость мутаций вычисляется с помощью различных методов калибровки (Wang, Gilbert, Jin, Li, 2014). We identified unique regions within the male-specific part of the Y chromosome reference sequence … where we expected read mapping and variant detection to escape complications introduced by repeated sequences. This was achieved by excluding the pseudoau- 1. Авторы работы Kuroki et al. (2006) сравнили Y-хромосомы человека и шимпанзе. В предположении о разделении видов 6 млн. 47 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены лет назад была получена оценка средней скорости мутаций 1.5 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.767 − 2.10) ∙ 10 . RJGG альным мутациям. Доля ложных вариантов невысока для X-degenerate участков (примерно 15 – 25% от общего числа). В ampliconic областях ложных вариантов может быть гораздо больше числа реальных мутаций. 2. Одна из наиболее известных работ Xue et al. (2009) использовала для калибровки мутаций образцы с известной генеалогией. По четырем мутациям, образовавшимся за 13 поколений в участках с общей протяженностью 10.15 Mbp, была получена оценка 1.0 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.3 − 2.5) ∙ 10 . Метод отбора реальных мутаций, разработанный в настоящем исследовании, позволяет полностью устранить из анализа ложные варианты. Описание метода содержится в разделе «Материалы и методы». Метод основан на отборе X-degenerate последовательностей. Для этого авторами был применен критерий отбора однонуклеотидных полиморфизмов combBED, созданный на основе координат (в системе hg19) начала и конца участков Yхромосомы, внутрь которых должны попадать отбираемые производные варианты. В Таблице 1 Приложения к настоящей статье указано расположение 857 «хороших» участков Yхромосомы общей длиной 8 473 821 bp. 3. Расчет по данным о скорости мутаций в аутосомных хромосомах Mendez et al. (2013) привел к более низкой скорости 0.617 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.439 − 0.707) ∙ 10 . 4. Исходя из времени заселения Америки человеком 15 тысяч лет назад авторы работы Poznik et al. (2013) получили оценку средней скорости мутаций 0.82 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.72 − 0.92) ∙ 10 . Калибровка скорости SNP мутаций была проведена для этих участков, совокупность которых в дальнейшем будет именоваться «областью combBED». 5. Последние успехи, достигнутые в секвенировании древних человеческих костных останков, позволяют провести прямую калибровку средней скорости мутаций по числу накопленных производных аллелей со времени жизни древнего человека. В работе Fu et al. (2014) опубликованы данные по полному геному древнего Усть-Ишимского человека, жившего около 45 тыс. лет назад в Западной Сибири. Проанализировав область Yхромосомы протяженностью 1.86 Mbp, авторы получили оценку скорости SNP мутаций 0.76 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.67 − 0.86) ∙ 10 . Калибровка по древнему образцу Anzick-1 Отбор производных аллелей Образец Anzick-1 был отобран из костных останков мальчика, жившего около 12.6 тыс. лет назад на территории современного штата Монтана, США (Rasmussen et al., 2014). Образец прекрасно сохранился, что позволило авторам работы Rasmussen et al. (2014) получить высококачественный сиквенс генома мальчика. Мутации Y-хромосомы мальчика Anzick-1 соответствуют гаплогруппе Q-L54. Возраст останков был определен с очень высокой точностью радиоуглеродным методом. По утверждению авторов, он составляет 12707-12556 календарных лет. В среднем, это 12632 года назад. Варианты производных аллелей, отличающиеся от референсной последовательности, содержатся в VCF файлах. Не все они отражают реальные мутации. В силу особенностей технологии NGS, несовершенства методов маппирования, наличия повторяющихся цепочек нуклеотидных последовательностей в Y-хромосоме, совпадения последовательностей с аналогами в других хромосомах, часть выявленных вариантов не соответствует ре- В базе данных проекта YFull накоплена уникальная совокупность образцов Q-L54, по которым авторами построено подробное генеалогическое дерево. Оно изображено на рис. 1. На дереве видно относительное расположение образца Anzick-1. На той же ветви Z780 располагается современный образец US1. 12.6 тыс. лет назад его предок был родственником мальчика Anzick-1, имея одни и те же мутации уровня Z780. Результаты 48 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Эти особенности дерева Q-L54 определили замысел калибровки скорости мутаций в два этапа. На предварительном этапе оценивалась продолжительность относительно небольшого отрезка времени, прошедшего с момента разделения ветвей L330 и М1107 до времени жизни мальчика Anzick-1. Основная калибровка средней скорости SNP мутаций проводилась по полученному времени разде- RJGG ления ветвей L330 и М1107 гаплогруппы QL54. Время разделения этих ветвей близко ко времени заселения Америки АСЧ (анатомически современным человеком, homo sapiens sapiens) около 15 тыс. лет назад. В обоих ветвях есть образцы с результатами BigY и FGC в количестве, достаточном для достижения высокой точности калибровки. Рисунок 1. Генеалогическое дерево гаплогруппы Q-L54, построенное по однонуклеотидным мутациям 12 частных образцов и древнего образца Anzick-1. 49 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Для предварительной калибровки, помимо Anzick-1, использовались данные образца US1. Донор образца US1 и мальчик Anzick-1 имели общих предков с мутациями уровня Z780. Позже произошло разделение их линий, так как более поздние мутации, отобранные в области combBED, уже не совпадают. К настоящему времени в мужской линии US1 накопилось 78 мутаций. В образце Anzick-1 зафиксирована всего одна мутация позже уровня Z780. Иcходя из радиоуглеродной датировки образца Anzick-1 средняя скорость однонуклеотидных мутаций оценивается как 0.831 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.66 − 1.04) ∙ 10 . RJGG этот интервал времени составляет 2989 лет, 95% CI: 1814 − 4751лет. Общий возраст разделения ветвей L330 и М1107 - 15621 год назад, 95% CI: 14446 − 17383года. Полученная датировка является модельно независимой, так как опирается на данные радиоуглеродной датировки образца Anzick-1 и на данные «молекулярных часов» в образцах US1 и Anzick-1. В нашем распоряжении имелось 12 гаплотипов BigY (11) и FGC (1), предоставленных частными лицами. Образцы группируются в четыре ветви, маркируемые мутациями Z780, L330, Y772, L804. С большой степенью точности их можно считать независимыми (см. рис. 1). Это позволяет нам уменьшить относительную погрешность. Результаты обработки приведены в Таблице 2. Эту оценку мы использовали только для расчета интервала времени между моментом разделения ветвей L330 и М1107 и временем жизни мальчика Anzick-1. По числу мутаций, обнаруженных в образцах US1 и Anzick-1, Таблица 2. Число фактических мутаций в 12 образцах, отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций по времени разделения ветвей L330 и М1107 Размер области отбора мутаций, Mbp Средний размер области отбора, Mbp Среднее число мутаций на ветвь Нижний 95% доверит. интервал Верхний 95% доверит. интервал Ветвь Образец Число мутаций позже L54 Z780 US1 92 7.335 7.335 92.00 74.19 112.83 L330 US7 102 7.527 7.639 104.50 85.46 126.56 L330 RUS1 107 7.751 Y772 US2 93 8.129 7.741 88.00 70.60 108.42 Y772 US3 90 7.856 Y772 US4 85 7.365 Y772 US5 88 7.693 Y772 US6 84 7.660 L804 US8 105 7.895 7.937 107.50 88.17 129.85 L804 SCO1 100 7.900 L804 SWE2 115 8.072 NOR1 110 7.882 30.65 392.00 354.26 432.83 L804 ИТОГО: Исходя из среднего числа мутаций 392 на 30.65 млн. п.н.о., возраста разделения ветвей L330 и М1107 15621 год, получаем окончательную калибровку скорости SNP мутаций мужского поколения (Fenner, 2005): 0.819 ∙ 10 равным ∙ 31.5 = 2.58 ∙ 10 31.5 лет на поколение на п.н.о. . ∙ ∙ = 0.819 ∙ 10 в год на п.н.о. 95% CI: (0.704 − 0.935) ∙ 10 Калибровка по современным генеалогиям . Для пересчета средней скорости на одно поколение примем средний интервал одного Часть образцов в базе данных YFull связаны между собой близким родством по муж50 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены ской линии и имеют документальные сведения о ближайшем общем предке. Это 41 образец, представляющих 14 генеалогий. Число поколений до ближайшего общего предка варьируется от 1 до 23. Мы воспользовались тем, что сумма случайных чисел, распределенных по Пуассону, сама является случайным числом, распределенным по Пуассону. В нашем случае это сумма накопленных мутаций. Калибровка по образцу Усть-Ишимского человека Усть-Ишимский (далее сокращенно УИЧ) человек жил около 45 тыс. лет назад по радиоуглеродной датировке (Fu et al., 2014). На генеалогическом дереве он расположился в начале ветви K-M2335, см. рис. 2. Авторы работы Fu et al. (2014) провели исследование полного генома древнего образца и по наличию мутации М526 установили нахождение Yхромосомы УИЧ в начале гаплогруппы K(xLT). При подробном рассмотрении производных вариантов обнаруживается более поздняя мутация M2308/Z4842. От этой мутации отходит отдельная ветвь, сформированная из неизвестных в настоящее время SNP мутаций образца УИЧ. В результате просмотра ВАМ файла авторами выявлено 11 мутаций (включая M2308), возникших позже мутации M526 в области combBED, общей длиной 8.463 Mbp. Их число было использовано для расчетов скорости мутаций. Преимуществом этой калибровки является знание точного числа поколений, за которое произошли приватные мутации. Результат калибровки по современным генеалогиям: 2.56 ∙ 10 на поколение на п.н.о., 95% CI: (2.03 − 3.16) ∙ 10 . Полученная скорость хорошо согласуется с калибровкой по датировке Anzick-1, рассчитанной для среднего интервала одного поколения 31.5 лет. Средний интервал одного поколения по использованной выборке современных генеалогий сложился равным 32.1 года. Поэтому абсолютная калибровка на один год соответствует 0.798 ∙ 10 RJGG в год на п.н.о. 51 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Рисунок 2. Генеалогическое дерево гаплогруппы K(xLT), построенное по однонуклеотидным мутациям 38 частных образцов и древнего образца Усть-Ишимского человека (UIM) 52 RJGG The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Для калибровки подходят сиквенсы гаплогрупп N, O, Q, R. RJGG ошибок к минимуму. К ним добавили три образца из гаплогруппы О, не являющихся близкими родственниками (из-за отсутствия пар). Всего выборка составила 38 образцов (см. рис. 2). В Таблице 3 приведены данные о числе выявленных в этих образцах мутаций ниже уровня K(xLT). Из базы данных YFull были отобраны 35 образцов, которые имели как минимум одного, достаточно близкого, родственника. Это позволяло надеяться на сведение возможных Область измерений, bp Число мутаций моложе K(xLT) N-Y7310 7452832 260 S02 N-Y7310 7415734 252 3 S03 N-Y5743 7480204 253 4 S04 N-Y5743 7517710 253 5 S05 N-Y4374 7500387 258 6 S06 N-Y4374 7769783 265 7 US2 Q-Y6131 8129326 293 8 US4 Q-Y6131 7364970 258 9 US5 Q-Y6131 7693497 269 10 US6 Q-Y6131 7659810 264 11 S32 Q-Y6131 7650626 267 12 AJ2 Q-Y2780 8455137 324 13 AJ5 Q-Y2780 8230718 315 14 S07 Q-Y4929 8419169 311 15 S08 Q-Y4929 7649280 279 16 S09 Q-Y4929 7461979 270 17 S10 Q-Y4929 7510483 268 18 S11 R1a-YP430 7232725 276 19 S12 R1a-YP430 7418179 283 20 S13 R1a-YP615 7181725 282 21 S14 R1a-YP615 7632739 299 22 S15 R1a-YP1041 6795545 242 23 S16 R1a-YP1041 7902430 294 24 S17 R1b-Y5626 7650748 270 25 S18 R1b-Y5626 7235989 243 26 S19 R1b-Y7729 7515672 265 27 S20 R1b-Y7729 7446027 257 28 S21 R1b-Y7369 7855639 287 29 S22 R1b-Y7369 7462871 268 30 S23 R-L1069 7412514 290 31 S24 R-L1069 7640179 298 32 S25 R-L1069 7777760 302 33 S26 R-L1069 7826576 304 34 S27 R-L1069 7476862 287 35 S28 R-L1069 8070902 321 36 S29 O-F270 7527844 37 S30 O-Y7114 7157490 38 S31 O-Y8387 7658568 среднее Оценка скорости мутаций для гаплогруппы, х10^9 Ветвь S01 2 Среднее число мутаций на 1 Mbp, для гаплогруппы ID 1 Среднее число мутаций на 1 Mbp, для ветви № Таблица 3. Число фактических мутаций в 38 образцах, отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций по времени жизни Усть-Ишимского человека 34.44 34.14 0.732 36.58 0.786 37.95 0.816 35.19 0.755 39.00 39.00 0.840 271 36.00 35.31 0.758 237 33.11 282 36.82 36.36 0.781 7611596 33.74 34.25 35.09 38.30 36.34 38.15 39.22 36.47 34.46 34.89 36.23 36.03 53 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены Среднее число мутаций моложе уровня K(xLT) составляет 36.36 мут./Mbp. RJGG родного анализа, хуже, чем образца УстьИшимского человека и, тем более, образца Anzick-1. Поправка на мутации УИЧ составляет: По опубликованным данным сиквенса возможно только оценить верхний предел скорости мутаций. В образце К14 уверенно читаются два производных аллеля в локализациях снипов K29 и CTS6773 в области протяженностью 1.381 Mbp. Это – начало гаплогруппы С1 по номенклатуре YFull. К сожалению, 15 других выявленных в образце кандидатур имеют слабое покрытие, в основном 3Х-5Х. Их нельзя использовать для калибровки. По подтвержденным снипам можно рассчитать только верхний предел для скорости мутаций. = 1.30 мут./Mbp. . Оценка скорости мутаций выглядит следующим образом: . . = 0.781 ∙ 10 ∙ в год на п.н.о. 95% CI:(0.709 − 0.853) ∙ 10 . Калибровка по образцу К14 В базе данных YFull четыре образца из ветви С1-K29, сведения о них приведены в Таблице 4. Сохранность генетического образца К14 из Костенок (Seguin-Orlando A. et al., 2014), возрастом 37 тыс. лет по данным радиоугле- Таблица 4. Число фактических мутаций в 4 образцах, отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций по времени жизни человека из Костенок (образец K14). Образец Число мутаций позже уровня С1-K29 Размер области отбора мутаций, Mbp Среднее число мутаций на 1 Mbp S33 326 8.042 40.5 S34 303 7.866 38.5 S35 329 8.022 41.0 S36 339 8.244 41.1 Итого: 1297 32.174 среднее 40.3 Верхний предел скорости SNP мутаций оценивается как: . ∙ ∙ = 1.08 ∙ 10 Важно, чтобы исследователь знал размер области измерений B интересующих его мутаций. Для BigY средняя величина области измерений, рассчитанная по данным индивидуальных BED файлов, составляет 10.31 Mbp (Big Y White Paper, 2014), для FGC Elite – 23 Mbp. Расчет по средней скорости мутаций 0.82 ∙ 10 дает 118 лет для BigY и 53 года для FGC. в год на п.н.о. Результат находится в согласии с другими калибровками, но какой-либо практической ценности не имеет. Если размер фактически измеренной области отличается от приведенного, то следует пересчитать коэффициент. Например, измеренная BigY область составляет не 10.31 Mbp, а 11.0 Mbp. Тогда коэффициент будет равен Коэффициенты для пересчета числа мутаций в возраст Для практических целей удобно пользоваться коэффициентами, с помощью которых число фактических мутаций пересчитывается в соответствующую оценку возраста. Из соотношения (2) легко вывести формулу для расчета таких коэффициентов: = = 118 ∙ . = 111 лет. Для более эффективного отбора реальных мутаций авторы настоящей работы рекомендуют ограничиваться областью исследований, располагающейся в пределах границ области (3) 54 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены combBED. Размер прочитанной области combBED в индивидуальных образцах BigY варьируется и, в среднем, составляет 7.6 Mbp. Соответствующий коэффициент пересчета равен 160 лет на одну мутацию. Авторы работы Kong et al. (2012) на основании анализа полных геномов трио «родители-потомство» обнародовали данные о достоверном росте числа мутаций на один мейоз с возрастом отца. Для целей настоящей работы рост числа однонуклеотидных мутаций в гаметах отца с его возрастом t представим в виде степенной зависимости Обсуждение ~ . Результаты по калибровке средней скорости SNP мутаций, полученные в настоящей работе четырьмя методами, в пределах погрешности согласуются друг с другом. По пяти опубликованным трио родителипотомство (Kong et al., 2012) ≈ 1.02. Величины констант скоростей, полученные по датировке древнего образца Anzick-1 и современным генеалогиям, находятся в прекрасном согласии. Это – наиболее точные калибровки. Если принять, что число мутаций в Yхромосоме сына растет пропорционально возрасту отца ( = 1), то средняя скорость SNP мутаций в расчете на один календарный год не будет зависеть от среднего интервала одного мужского поколения. Различие между результатами калибровок по данным Anzick-1 и УИЧ составляет всего 5%. Вместе с тем необходимо отметить два обстоятельства для калибровки по сиквенсу УИЧ: В общем случае скорость мутаций в расчете на один год будет описываться пропорцией ~ ̅ 1) Датировка 45 тыс. лет УИЧ располагается близко к пределу применимости радиоуглеродного метода (50 тыс. лет). (4) Из общих соображений можно заключить, что 12.6 - 45 тысяч лет назад (верхний палеолит) средний интервал одного мужского поколения был меньше 31 - 32 лет. Калибровки средней скорости мутаций по датировкам Anzick-1 и Усть-Ишимского человека не обнаруживают какого-то достоверного различия. Это, скорее, указывает на линейный рост константы скорости мутаций на одно поколение c возрастом отца. Во всяком случае, скорость мутаций на один календарный год слабо зависит от размера интервала одного мужского поколения. 2) Нет ясности в оценке среднего интервала одного поколения для мужчин, живших десятки тысяч лет назад. Константа скорости SNP мутаций в расчете на один календарный год ( ) связана с константой скорости в расчете на одно поколение ( ) соотношением: ̅ . Соотношение (4) полезно для понимания зависимости между изменением среднего возраста отца и соответствующим изменением скорости мутаций на один год. Предположим, мы наблюдаем уменьшение константы скорости мутаций на один календарный год при переходе от одной калибровке к другой. При > 1 это снижение соответствует уменьшению среднего возраста отца. Если < 1, то снижение скорости мутаций указывает, наоборот, на увеличение интервала одного поколения. Применение скорости 0.819 ∙ 10 (калибровка по образцу Anzick-1) дает возраст УстьИшимского человека 42800 лет (95% CI: 49800-37500). В работе Fu et al. (2014) возраст УИЧ ограничен 95.4% доверительным интервалом 46880–43210 календарных лет. Хотя среднее значение оценки 42800 лет выпадает за пределы радиоуглеродной калибровки, в пределах погрешности датировки согласуются друг с другом. = RJGG , где ̅ – средний интервал одного поколения (средний возраст отца). 55 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены В целом наши результаты не противоречат имеющимся современным данным, в том числе Poznik et al. (2013) 0.82 ∙ 10 , Fu et al. (2014) 0.76 ∙ 10 . Но наши скорости определены с лучшей точностью. RJGG ветвей L330 и М1107 15.6 тыс. лет назад. Это время можно оценить по структуре ветви М1107. В настоящее время известны две ветви, отходящие от M1107 – ветви Z780 и M930. Ветвь Z780 представлена исключительно мужскими линиями коренных американцев (индейцев). А подветви M930 имеют разное происхождение. Подветвь L804 состоит из европейских линий, в то время как подветвь Y772 – из потомков коренных американцев, в том числе с мутацией M3 (см. рис.1). Предки носителей мутации L804 остались в Евразии, тогда как предки линии М3 ушли в Америку. Мутаций одного уровня с М930 в области combBED всего четыре. По пяти образцам подветви Y772 и четырем образцам подветви L804, возраст разделения ветви M930 оценивается около 14800 лет назад. Эта датировка, на наш взгляд, наиболее близка ко времени заселения Америки. Полученная оценка 14.8 тыс. лет назад не противоречит результатам совокупности работ по заселению Америки, которые говорят о том, что человек появился в Америке не позднее 14 тыс. лет назад (Barnosky et al., 2014). Отдельно отметим, что первые мужчины-переселенцы в Америку не относились только к одной гаплогруппе М930. Мы видим, что были и носители мутации Z780, к которым относились и предки мальчика Anzick-1. Скорость Poznik et al. (2013) модельно зависима от параметра возраста разделения линий образцов майя HGDP00856 и HGDP00877. Авторы приравняли этот возраст времени заселения Америки человеком 15000 лет назад. В нашей работе этот возраст не является произвольным параметром, он вычислен по датировке образца Anzick-1 и составляет около 15600 лет. Замена параметра снижает оценку скорости мутаций Poznik et al. (2013) до значения 0.79 ∙ 10 . База расчета скорости мутаций в работе Fu et al. (2014): 45000 ∙ 1.86 = 83700 Mbp∙year. Наша база расчета по датировке Anzick-1 в полтора раза больше: 15621 ∙ 7.7 = 120000 Mbp∙year. Область измерений 7.7 Mbp получена усреднением по BED файлам 12 современных образцов, использованных для калибровки (см. Таблицу 2). Качество данных образца Anzick-1 гораздо выше качества сиквенса более древнего УстьИшимского человека. Оценка скорости мутаций по времени разделения предков человека и шимпанзе Kuroki et al. (2006) 1.5 ∙ 10 на 80% превышает наши данные. О времени заселения человеком Австралии. В работе Hallast et al. (2015) опубликованы однонуклеотидные мутации двух образцов аборигенного населения Австралии. В область измерений 3.7 Mbp попали мутации F3393 и K35, указывающие на принадлежность образцов к гаплогруппе С1. Вместе с тем 129 других общих для этих двух образцов снипов не обнаруживаются среди 24 образцов C1a и C1b базы данных YFull. Таким образом, возраст австралийской аборигенной линии близок ко времени разделения гаплогруппы С1 на субклады C1a и C1b. Расчет возраста по четырем современным образцам C-V20 (см. Таблицу 4) дает 49200 лет назад, 95% CI: 43900-54600 лет. Полученный результат находится в прекрасном соответствии с представлениями археологов о времени заселения человеком Сахула около 50 тыс. лет назад (O’Connell and Allen, 2004; Hiscock, 2013). Скорость 1.0 ∙ 10 в год на п.н.о. из пионерской работы Xue et al. (2009) широко использовалась для оценки возрастов и внесла большой вклад в развитие генеалогических исследований по Y-хромосоме. В настоящее время эта калибровка, полученная по четырем производным аллелям, устарела. Скорость 0.617 ∙ 10 из работы Mendez et al. (2013) представляется нам заниженной. Критика метода пересчета скорости мутаций из данных по аутосомным хромосомам содержится в статье Sayres (2013). В целом полученные в настоящей работе результаты по константе скорости субституций согласуются с выводами авторов обзора Wang, Gilbert, Jin, Li (2014). Исходя из формулы (2) можно получить оценку относительной погрешности возраста по числу наблюдаемых SNP мутаций N: О времени заселения человеком Америки. Оно не совпадает с возрастом образования 56 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены ( ) = ( ) + ( ) ( ) (5) ≪ ( ) ( ) = √ = (7) √ Соотношение (7) позволяет оценить теоретический предел точности определения возраста ветви по снипам. В Таблице 5 приведены относительные доверительные интервалы для 95% вероятности (1.96σ/T) для примененного в настоящей работе метода: С помощью большого числа независимых измерений можно добиться высокой точности в измерении средней скорости мутаций, чтобы выполнялось соотношение ( ) = RJGG (6) = 0.82 ∙ 10 ( ∙ ) , = 8 ∙ 10 bp. В этом случае точность оценки возраста будет определяться числом мутаций: Таблица 5. Зависимость теоретического предела точности оценки возраста генеалогической линии по SNP мутациям от возраста Возраст, лет 1.96σ/T 1000 76% 2000 54% 5000 34% 10000 24% Возможностей для повышения точности немного. Если удастся эффективно отбирать мутации в области ampliconic (+10 Mbp), в том числе в палиндромных участках, и использовать обе разделившиеся ветви (+N), то можно ожидать улучшения точности пределов, указанных в Таблице 5, примерно в два раза. таций происходил в следующей последовательности критериев. 1. Критерий Reg. Различные варианты производных, то есть отличающихся от референсной последовательности аллелей, выявлялись по BAM файлам. Анализируемые участки нуклеотидных последовательностей Y-хромосомы имеют общую длину 13-15 Mbp для теста BigY и около 23 Mbp для теста FGC. Кратность чтения (покрытие) одного сайта – от 1Х до 8000Х. Среднее покрытие коммерческих образцов – около 60Х. Из этой совокупности кандидатур отбирались только такие, координаты которых попадали внутрь участков, ограниченных областью combBED. Область combBED была сконструирована авторами для отбора X-degenerate участков. Границы combBED участков образованы путем взаимного пересечения BED файла из работы Poznik et al. (2013) общей длиной 10.45 Mbp и обобщенного BED файла BigY (11.38 Mbp), опубликованного в BigY White Paper (2014). В результате образовались 857 непрерывных участков Y-хромосомы общей длиной 8 473 821 bp. Координаты начала и конца этих участков содержатся в Таблице 1 Приложения. Материалы и методы Для калибровки средней скорости SNP мутаций были использованы данные полного секвенирования Y-хромосомы приватных образцов, сделанные в коммерческих лабораториях FTDNA и Full Genome Corp. Образцы были предоставлены группой YFull с соблюдением требований конфиденциальности персональных данных, на основании разрешений частных лиц об использовании их данных в научных исследованиях. Данные об Y-хромосоме древних образцов были взяты из открытых источников научных статей: Anzick-1 - Rasmussen et al. (2014), Усть-Ишимский человек - Fu et al. (2014), К14 - Seguin-Orlando et al. (2014). Разработанный авторами настоящей работы метод отбора позволяет с высокой эффективностью исключать из рассмотрения ложные варианты с производными аллелями. Отбор кандидатур для выявления истинных му- 2. Критерий Indel. Исключались варианты инсерций и делеций (инделов), а также кратных нуклеотидных мутаций (более одной позиции с производными аллелями, MNP). 57 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены 3. Критерий Locs. В некоторых случаях одни и те же кандидатуры выявляются в образцах из разных гаплогрупп, из разных субкладов. Одна из причин – отличие аллеля референсной последовательности, составленной в основном по данным гаплогрупп R1b и G, от фактически наблюдаемого предкового аллеля. Другая причина – ошибки маппирования. Эмпирическим путем было выявлено, что в случае, если один и тот же вариант был обнаружен не менее, чем в шести локализациях, то соответствующая кандидатура однонуклеотидного полиморфизма может быть исключена из рассмотрения по указанным выше причинам. Под локализацией понимается группа образцов из базы данных YFull (2900 образцов на февраль 2015 года), принадлежащих одному субкладу и имеющих производный аллель изучаемой кандидатуры. Этот критерий достаточно мягкий, но весьма эффективный. RJGG две SNP мутации в соседних позициях. Этот вспомогательный критерий позволяет отклонять оба варианта. 8. Критерий Trash. Исключаются кандидатуры, вызывающие подозрение в том, что это ошибка выравнивания или чтения. В основном, это мутации в палиндромных участках и участках, имеющих копии на других участках Y-хромосомы. Варианты, удовлетворяющие всем критериям отбора, являются реально произошедшими в разное время однонуклеотидными (SNP) мутациями. Критерии 2 - 8 в совокупности отклоняют до одной трети кандидатур, в среднем 20%. Расчет общего размера области исследования для индивидуального образца производится по всем позициям с числом ридов не менее трех. В отобранных для настоящего исследования современных образцах изучаемая область варьировалась от 7.2 до 8.45 Mbp в зависимости от качества секвенирования, отраженного в BAM файле (см. Таблицы 2 и 3). Внутрь области combBED попали разные по величине участки нуклеотидных последовательностей древних образцов: Anzick1 – 6.355 Mbp, Усть-Ишимский человек – 8.463 Mbp, K14 - 1.381 Mbp. 4. Критерий Reads. Исключаются кандидатуры с общим числом прочтений менее трех раз, т.е. с одним или двумя ридами. 5. Критерий Qual. Качество определяется стандартным образом, как средневзвешенное от показателя качества прочтений в одной и той же позиции, где правильные значения берутся с плюсом, а ошибочные значения с минусом. Отбор проходили кандидатуры с качеством 90% и более, кандидатуры с качеством менее 90% отклонялись. Единой формулы для подсчета скорости мутаций нет из-за различий в методах калибровки. Во всех расчетах использовали соотношение (1). 6. Критерий Post mortal. Применяется только в отношении древних образцов: исключаются постмортальные повреждения в ДНК, выражающиеся в замене следующих пар оснований: C→T и G→A (Briggs et al., 2007). Для современных образцов критерий не применяется. По этой же причине расчет 95% доверительного интервала производился в каждом случае индивидуально, исходя из свойств распределения Пуассона. На рис. 3 приведено распределение оценки скорости мутаций для двухэтапной калибровки по древнему образцу Anzick-1. Распределение получено путем компьютерного моделирования 5 ∙ 10 событий. Видно, что оно очень близко к нормальному распределению. 7. Критерий Single SNP. Из-за технических особенностей применяемой программы обработки часть кандидатур с двойной мутацией (Double Nucleotide Polymorphisms) проходила критерий Indel. Программа интерпретировала двукратный нуклеотидный полиморфизм как 58 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 0,018 0,016 0,014 Probability 0,012 0,01 0,008 0,006 0,004 0,002 0 6E-10 7E-10 8E-10 9E-10 1E-09 1,1E-09 Mutation Rate Estimation Рисунок 3. Гистограмма распределения оценок скорости мутаций по методу, использующему датировку древнего образца Anzick-1. Сплошной линией показано нормальное распределение. Описание метода расчета вариаций для более простых случаев одноэтапной калибровки содержится в работе Poznik et al. (2013). чить модельно независимую оценку константы скорости SNP мутаций Заключение Произведенная оценка скорости мутаций совместно с накопленной в группе YFull базой данных коммерческих образцов BigY и FGC позволяют оценить время заселения Америки человеком в 14.8 тыс. лет назад, Австралии – в 49.2 тыс. лет назад. 0.82 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.70 − 0.94) ∙ 10 . Разработанный авторами метод отбора кандидатур в снипы из BAM файлов индивидуальных образцов позволяет с высокой эффективностью отбирать реальные SNP мутации и отклонять различные ложные варианты. * Использование четырех независимых калибровок, ранжирование их по степени достоверности и надежности позволили полу- * * Авторы выражают благодарность Роману Сычеву за помощь и обсуждения. 59 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG Список публикаций 1. Barnosky A. et al. (2014). Prelude to the Anthropocene: Two new North American Land Mammal Ages (NALMAs). The Anthropocene Review, 1–18. DOI: 10.1177/2053019614547433. 2. Big Y White Paper (2014). https://www.familytreedna.com/learn/y-dnatesting/big-y/white-paper/ https://www.familytreedna.com/documents/bigy_target s.txt 17. Briggs A. et al. (2007). Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal. Proc Natl Acad Sci USA, 104: 14616–14621. 18. Fenner J.N. (2005). Cross-cultural estimation of the human generation interval for use in genetics-based population divergence studies. Am.J.Phys.Anthropol. 128(2): 415-423. 3. Francalacci P. et al. (2013). Low-pass DNA sequencing of 1200 Sardinians reconstructs European Y-chromosome phylogeny. Science 341: 565-569. 4. Fu Q. et al. (2014). Genome sequence of a 45,000-yearold modern human from western Siberia. Nature, 514: 445-449. 5. Hallast et al (2015). The Y-chromosome tree bursts into leaf: 13,000 high-confidence SNPs covering the majority of known clades. Mol Biol Evol, 32, no. 3: 661-673. 6. Hiscock P. (2013). Occupying New Lands: Global Migrations and Cultural Diversification with Particular Reference to Australia. In Kelly E Graf, Caroline V Ketron, Michael R Waters (Eds.), Paleoamerican Odyssey, (pp. 3-11). Texas: Center for the Study of the First Americans. 7. Kong A. et al. (2012). Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease risk. Nature, 488 (7412): 471-475. 8. Kuroki Y. et al. (2006). Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway. Nature Genetics 38: 158 – 167. 9. Mendez F. et al. (2013). An african american paternal lineage adds an extremely ancient root to the human y chromosome phylogenetic tree. Am. J. Hum. Genet. 92: 454-459. 10. O’Connell J. and Allen J. (2004). Dating the colonization of Sahul (Pleistocene Australia–New Guinea): a review of recent research. Journal of Archaeological Science 31: 835–853. 11. Poznik D. et al. (2013). Sequencing Y Chromosomes Resolves Discrepancy in Time to Common Ancestor of Males Versus Females. Science, 341: 562-565. 12. Rasmussen M. et al. (2014). The genome of a Late Pleistocene human from a Clovis burial site in western Montana. Nature, 506: 225-229. 13. Sayres M. (2013). Timing of ancient human Y lineage depends on the mutation rate: A comment on Mendez et al. arXiv preprint: arXiv:1304.6098. 14. Seguin-Orlando A. et al. (2014). Genomic structure in Europeans dating back at least 36,200 years. http://www.sciencemag.org/content/early/recent/ 6 November 2014/ Page 1/ 10.1126/science.aaa0114. 15. Skaletsky H. et al. (2003). The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes. Nature, 423(6942): 825-837. 16. Wang C.-C., Gilbert T., Jin L., Li H. (2014). Evaluating the Y chromosomal timescale in human demographic and lineage dating. Investigative Genetics, 5:12. http://www.investigativegenetics.com/content/5/1/12. 19. Wei W. et al. (2013). A calibrated human Ychromosomal phylogeny based on resequencing. Genome Res., 23(2): 388-395. 20. Xue Y. et al. (2009). Human Y chromosome basesubstitution mutation rate measured by direct sequencing in a deep-rooting pedigree. Curr. Biol. 19: 14531457. 21. Yan S. et al. (2014). Y Chromosomes of 40% Chinese Are Descendants of Three Neolithic Super-grandfathers. PLoS ONE 9(8): e105691. doi:10.1371/journal.pone.0105691. 60 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG Приложение 1 Таблица 1. Начальные и конечные позиции (по Hg 19) 857 участков Y-хромосомы, применяемых для фильтрации однонуклеотидных полиморфизмов («область combBED»). Начальная позиция не включается в отбор, конечная позиция включается в отбор. Начальная позиция Конечная позиция Начальная позиция Конечная позиция Начальная позиция Конечная позиция 1 2655000 2669950 301 14550565 14552625 601 18925326 18928386 2 2680900 2683020 302 14553005 14554575 602 18928656 18930246 3 2683240 2684220 303 14554965 14556545 603 18930486 18932006 4 2684440 2688930 304 14558425 14559405 604 18932496 18967146 5 2689390 2697630 305 14560525 14561505 605 18971806 18974736 6 2699410 2708370 306 14561635 14563015 606 18976366 18987126 7 2708470 2744910 307 14566345 14567325 607 18990886 19000276 8 2745730 2768038 308 14569565 14574215 608 19000986 19012836 9 2773800 2775090 309 14575685 14584745 609 19020046 19025106 10 2775160 2786260 310 14585995 14589065 610 19031226 19040646 11 2787070 2788503 311 14589631 14605385 611 19044366 19055712 12 2792920 2856720 312 14607965 14612985 612 19056046 19062366 13 2858890 2865900 313 14620755 14623105 613 19065886 19071226 14 2866444 2895330 314 14623338 14624786 614 19073190 19075336 15 2900860 2913000 315 14625805 14630585 615 19075446 19081416 16 6619420 6621660 316 14635455 14648875 616 19085906 19097296 17 6626650 6637410 317 14649415 14660649 617 19102526 19137766 18 6642670 6645650 318 14661328 14668038 618 19138606 19145846 19 6646720 6648240 319 14691439 14695028 619 19146376 19155236 20 6648460 6654290 320 14695728 14700888 620 19155886 19163999 21 6654780 6663699 321 14701388 14703908 621 19188000 19210016 22 6666100 6682350 322 14704168 14712048 622 19211430 19213536 23 6688450 6690090 323 14712768 14714948 623 19213666 19235416 24 6694660 6709320 324 14720208 14724708 624 19235446 19244866 25 6714900 6720570 325 14726988 14736348 625 19245916 19248366 26 6731140 6747310 326 14743708 14755791 626 19249996 19251626 27 6747820 6748950 327 14761211 14764571 627 19254286 19297066 28 6752380 6756090 328 14764971 14785111 628 19304486 19310346 29 6756940 6765700 329 14785371 14788111 629 19310816 19324396 30 6765780 6770070 330 14788631 14792961 630 19331486 19340266 31 6773890 6790340 331 14798441 14815451 631 19340276 19351706 32 6791590 6798940 332 14815751 14823811 632 19356176 19375935 33 6799060 6807020 333 14823911 14908514 633 19375986 19381999 34 6807070 6819200 334 14909394 14959764 634 19391000 19415546 35 6822371 6825510 335 14965116 14990530 635 19416576 19417556 36 6825940 6826920 336 14991036 14992636 636 19418076 19423986 37 6830520 6832150 337 14992740 15011876 637 19429306 19433456 38 6833100 6881370 338 15012546 15044416 638 19435536 19437136 39 6882280 6892160 339 15045356 15066106 639 19438236 19459406 61 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 40 6892325 6901280 340 15066236 15073366 640 19460556 19461896 41 6903490 6916230 341 15073506 15080836 641 19464756 19479336 42 6917610 6922680 342 15084476 15098256 642 19479686 19483000 43 6922900 6925890 343 15103476 15109436 643 19493000 19510016 44 6930914 6976140 344 15109616 15113756 644 19510036 19517496 45 6977380 6983940 345 15113886 15115016 645 19517667 19539936 46 6984550 6998220 346 15115446 15116825 646 19542106 19544266 47 7008550 7015440 347 15122106 15126466 647 19544346 19551000 48 7034000 7039350 348 15126996 15141206 648 21049052 21054562 49 7045470 7048310 349 15143436 15146636 649 21061442 21072462 50 7048410 7053960 350 15151086 15168206 650 21073142 21077202 51 7054090 7058460 351 15171349 15177686 651 21078782 21095972 52 7063690 7080930 352 15180126 15183916 652 21097042 21107022 53 7081600 7085500 353 15189426 15201666 653 21109782 21118722 54 7086630 7088090 354 15202316 15210976 654 21125482 21139562 55 7088270 7090830 355 15210996 15212756 655 21139802 21150000 56 7091170 7093350 356 15253000 15279106 656 21158000 21162572 57 7093530 7094510 357 15279216 15281806 657 21162842 21170662 58 7094970 7097626 358 15303000 15333702 658 21171792 21187522 59 7099090 7100070 359 15334726 15364826 659 21187712 21196762 60 7102350 7107360 360 15365096 15366076 660 21200022 21201442 61 7107400 7108500 361 15370776 15376186 661 21202342 21207062 62 7109300 7110660 362 15381116 15394606 662 21208772 21211442 63 7111710 7114000 363 15401138 15402618 663 21211602 21219992 64 7127000 7127530 364 15402688 15423078 664 21221062 21241992 65 7128100 7132440 365 15424539 15429698 665 21243882 21245042 66 7132660 7134270 366 15429988 15431938 666 21248492 21268172 67 7135230 7138390 367 15432780 15442518 667 21281852 21296802 68 7138930 7140000 368 15445363 15497118 668 21297642 21320262 69 7144000 7148410 369 15497278 15532610 669 21325602 21334802 70 7150510 7154790 370 15533460 15541916 670 21340082 21346562 71 7156811 7160640 371 15541920 15570440 671 21353092 21362102 72 7160710 7162470 372 15570609 15595310 672 21362892 21371282 73 7162860 7165620 373 15599840 15619262 673 21371432 21375802 74 7167490 7170050 374 15619652 15626771 674 21383222 21386602 75 7170590 7174530 375 15631852 15636000 675 21387062 21392552 76 7175710 7182000 376 15643000 15643192 676 21394662 21408122 77 7182020 7183850 377 15647762 15653162 677 21409942 21416802 78 7185370 7186409 378 15653402 15655252 678 21421982 21427292 79 7186570 7199580 379 15655362 15662452 679 21427542 21448022 80 7202040 7210120 380 15662552 15666000 680 21450492 21455602 81 7211160 7217550 381 15682000 15682622 681 21455902 21457419 82 7218075 7221478 382 15686556 15687892 682 21459702 21473922 83 7223340 7228583 383 15688262 15698782 683 21476211 21495722 62 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 84 7228910 7231270 384 15700842 15728984 684 21498672 21500462 85 7231300 7236630 385 15728994 15730674 685 21503102 21511422 86 7238080 7239060 386 15731124 15732384 686 21512092 21522342 87 7243540 7248250 387 15732724 15733704 687 21526732 21534982 88 7248340 7253930 388 15734144 15739614 688 21540742 21543302 89 7258910 7263970 389 15743967 15745734 689 21545122 21551659 90 7264590 7275260 390 15746725 15748215 690 21554532 21574142 91 7277390 7281990 391 15749134 15758724 691 21589342 21597182 92 7282150 7285290 392 15764024 15769224 692 21602592 21624472 93 7285330 7296080 393 15769234 15770364 693 21624522 21629742 94 7301410 7303410 394 15770514 15773634 694 21635092 21668982 95 7304410 7307970 395 15776044 15788244 695 21672022 21677152 96 7308090 7309390 396 15791044 15792984 696 21681502 21697442 97 7309780 7310760 397 15798024 15803664 697 21698082 21708502 98 7310800 7313280 398 15808764 15834286 698 21708992 21742857 99 7313440 7318820 399 15839516 15852986 699 21748082 21770262 100 7320250 7337140 400 15858156 15882866 700 21771372 21786272 101 7338700 7339970 401 15894386 15918718 701 21796422 21802982 102 7340175 7341155 402 15923958 15931558 702 21806982 21819032 103 7347580 7348710 403 15932168 15936958 703 21821322 21823312 104 7349160 7353236 404 15937088 15943138 704 21824612 21828000 105 7353400 7360470 405 15944110 15958048 705 21843000 21846842 106 7360650 7362430 406 15963638 15985778 706 21852402 21861782 107 7363760 7369110 407 15986408 15987518 707 21861952 21863242 108 7374758 7378680 408 15987978 15995368 708 21863682 21886022 109 7381600 7383890 409 15995388 16000034 709 21888108 21909862 110 7385730 7390230 410 16005908 16006888 710 21911092 21912582 111 7390480 7392050 411 16018142 16020969 711 21915602 21919582 112 7394950 7422490 412 16032166 16033596 712 21920482 21939862 113 7424980 7431000 413 16035496 16044416 713 21945122 21949222 114 7519000 7536150 414 16048786 16052356 714 21949842 21954692 115 7536220 7573010 415 16053996 16054976 715 21959042 21963982 116 7578850 7579830 416 16057036 16059036 716 21969092 21975022 117 7579880 7621400 417 16060496 16062316 717 21975092 21991122 118 7621760 7630079 418 16187000 16206076 718 21991282 21996818 119 7632950 7664410 419 16210886 16214076 719 22001662 22011502 120 7664560 7704855 420 16216536 16240916 720 22017812 22048822 121 7705405 7709085 421 16241566 16245156 721 22052452 22056432 122 7713085 7723805 422 16246016 16266296 722 22060202 22064102 123 7724305 7753305 423 16267086 16270586 723 22065102 22076062 124 7755025 7756425 424 16270896 16272226 724 22076072 22080692 125 7757065 7758405 425 16274036 16275596 725 22080822 22084962 126 7759061 7774395 426 16275896 16277926 726 22085702 22090152 127 7774795 7829185 427 16279226 16295976 727 22091102 22113762 63 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 128 7829455 7860310 428 16297036 16316986 728 22114532 22128862 129 7861980 7866190 429 16323846 16336286 729 22129902 22132642 130 7866390 7885670 430 16336676 16344756 730 22132762 22134565 131 7886040 7894850 431 16344766 16351764 731 22135372 22150132 132 7898600 7917190 432 16357006 16379272 732 22155442 22168162 133 7918330 7923930 433 16384482 16394522 733 22173412 22182102 134 7925080 7964800 434 16399712 16410422 734 22182942 22193222 135 7970140 7984600 435 16411092 16421322 735 22198642 22203932 136 7986460 7990350 436 16430792 16462602 736 22205382 22209212 137 7991230 7996200 437 16463222 16464662 737 22541000 22541302 138 7996720 8002710 438 16471432 16474872 738 22548182 22591072 139 8007999 8043405 439 16475052 16480092 739 22591292 22592272 140 8044435 8052155 440 16480852 16490152 740 22594292 22613992 141 8052345 8056482 441 16491152 16492672 741 22615222 22619542 142 8058285 8061975 442 16492862 16498252 742 22624822 22628000 143 8067185 8072565 443 16503552 16522642 743 22645000 22651132 144 8075995 8076975 444 16522792 16539932 744 22651222 22666132 145 8079355 8080335 445 16540902 16572988 745 22668650 22690122 146 8080405 8091105 446 16574948 16602828 746 22696192 22713202 147 8091945 8110845 447 16603068 16605228 747 22714862 22756792 148 8112295 8135835 448 16605368 16617188 748 22757312 22765822 149 8137825 8159145 449 16625656 16636088 749 22766492 22767622 150 8159395 8166915 450 16636668 16652158 750 22767897 22777162 151 8167675 8174025 451 16654528 16656988 751 22782782 22788952 152 8178685 8235869 452 16658818 16662658 752 22790822 22797867 153 8237190 8276420 453 16665958 16673288 753 22801532 22809082 154 8279710 8293410 454 16678438 16682888 754 22811792 22836892 155 8293570 8295690 455 16688148 16700398 755 22842092 22851582 156 8296570 8321860 456 16710188 16719728 756 22857442 22871662 157 8326150 8344122 457 16729108 16738308 757 22874162 22876642 158 8345670 8369840 458 16739268 16777563 758 22881122 22882342 159 8371550 8383925 459 16777773 16784583 759 22884762 22954852 160 8385459 8408715 460 16785773 16814223 760 22956022 22965262 161 8409005 8660550 461 16816473 16826853 761 22965572 22972137 162 8661580 8668590 462 16827323 16829023 762 22972432 22979592 163 8669650 8671470 463 16829083 16842273 763 22991012 22994972 164 8671810 8673130 464 16842973 16847703 764 22995212 22997132 165 8673950 8678250 465 16848323 16881713 765 22997632 23004412 166 8679259 8692140 466 16886733 16914533 766 23009726 23014042 167 8694030 8697600 467 16914793 16921483 767 23019602 23026932 168 8697760 8698920 468 16921533 16926233 768 23029752 23036082 169 8699551 8712300 469 16926913 16929763 769 23036552 23038222 170 8712910 8720310 470 16931933 16941763 770 23039392 23047792 171 8720380 8723900 471 16941943 16944863 771 23049242 23050542 64 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 172 8725010 8731250 472 16945363 16971523 772 23052772 23061352 173 8734090 8735220 473 16979939 16987299 773 23062622 23065402 174 8736715 8739095 474 16987599 16993509 774 23066672 23076582 175 8741535 8748645 475 17002599 17023599 775 23078912 23082262 176 8748915 8761695 476 17027449 17035219 776 23087405 23091722 177 8761895 8785965 477 17036469 17038669 777 23096792 23100122 178 8786485 8806905 478 17038919 17052979 778 23111582 23126482 179 8807395 8810505 479 17053063 17058269 779 23126762 23127892 180 8816845 8824355 480 17063579 17065099 780 23128532 23137202 181 8826985 8849955 481 17071149 17083329 781 23137292 23142450 182 8852036 8855495 482 17085589 17087199 782 23144042 23156000 183 8856675 8905000 483 17088839 17092779 783 23242000 23260962 184 8976000 8983290 484 17093529 17095489 784 23261242 23276652 185 8988470 9015480 485 17098699 17103259 785 23277412 23285422 186 9015640 9032410 486 17103979 17122439 786 23291112 23305872 187 9034410 9040470 487 17127139 17153559 787 23306302 23318092 188 9040480 9047130 488 17155639 17159739 788 23321612 23332502 189 9047830 9063480 489 17165219 17175696 789 23333632 23337392 190 9063520 9076110 490 17177109 17181775 790 23341832 23355442 191 9081970 9116800 491 17183215 17192875 791 23358682 23360862 192 9117040 9156000 492 17192915 17199725 792 23364102 23372152 193 9393000 9402740 493 17199795 17211195 793 23373359 23398462 194 9402840 9408790 494 17211345 17213415 794 23401262 23440582 195 9414450 9427790 495 17215735 17218445 795 23442522 23447092 196 9434190 9437010 496 17222515 17226095 796 23448942 23459912 197 9437020 9440510 497 17231235 17244019 797 23460312 23464862 198 9441340 9461000 498 17250765 17257505 798 23465892 23512502 199 9798000 9799480 499 17262965 17264655 799 23514112 23516762 200 9804970 9824230 500 17270465 17276375 800 23522382 23564052 201 9825950 9873210 501 17277065 17297175 801 23564382 23569332 202 9874930 9887250 502 17297235 17317675 802 23570002 23600292 203 9890250 9895000 503 17318115 17337935 803 23603052 23609402 204 13887280 13888718 504 17338335 17343075 804 23609852 23637000 205 13890710 13891690 505 17343355 17371025 805 23746000 23786452 206 13895010 13895990 506 17371055 17372315 806 23790162 23807792 207 13899150 13900360 507 17379785 17381505 807 23808502 23818212 208 13902060 13903040 508 17382290 17407020 808 23818882 23837382 209 13907590 13908570 509 17407600 17426470 809 23838652 23848242 210 13909100 13910080 510 17426730 17428410 810 23848522 23875302 211 13921460 13922800 511 17433930 17440590 811 23880062 23898000 212 13937200 13938180 512 17440620 17449300 812 23958000 23991999 213 13942270 13943250 513 17455710 17466680 813 24373000 24373432 214 13944490 13945470 514 17466762 17481400 814 24376062 24385032 215 13946030 13947010 515 17486080 17499110 815 24389742 24402162 65 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены RJGG 216 13973050 13974161 516 17505420 17511890 816 24409172 24432952 217 13984000 13984370 517 17512390 17518770 817 24433262 24435012 218 13986740 13993600 518 17523930 17534930 818 24435392 24480999 219 13996420 13997880 519 17535410 17538220 819 28496202 28498272 220 13997990 13999390 520 17543720 17544970 820 28500072 28501052 221 14000640 14006900 521 17545970 17547770 821 28504472 28505452 222 14007510 14011496 522 17549110 17561590 822 28506542 28507522 223 14017380 14019700 523 17561790 17567550 823 28510152 28511132 224 14020030 14021390 524 17568190 17588856 824 28514542 28515522 225 14021820 14029370 525 17588936 17600766 825 28518802 28519782 226 14029570 14032047 526 17600946 17605286 826 28520442 28521892 227 14032330 14034150 527 17605386 17617006 827 28529552 28530962 228 14034950 14041170 528 17622406 17624659 828 28531142 28532262 229 14041390 14046830 529 17629606 17634786 829 28533622 28534602 230 14047710 14050210 530 17636426 17638526 830 28536932 28537912 231 14050530 14053030 531 17644186 17666746 831 28547272 28548852 232 14053900 14055750 532 17666906 17682796 832 28600469 28601809 233 14059190 14065630 533 17684226 17697306 833 28609379 28610359 234 14065720 14068670 534 17702376 17716946 834 28612082 28613289 235 14068910 14074210 535 17716986 17722646 835 28617489 28618469 236 14076940 14086110 536 17728726 17730606 836 28620389 28621989 237 14090000 14100018 537 17735356 17737666 837 28622469 28624689 238 14100728 14107118 538 17737696 17740056 838 28625779 28627399 239 14107568 14109678 539 17741166 17756966 839 28631329 28633889 240 14114738 14118498 540 17757386 17775272 840 28648369 28650849 241 14123928 14128468 541 17779496 17782755 841 28657379 28659729 242 14136018 14153218 542 17788672 17795842 842 28660739 28662019 243 14157988 14159888 543 17798662 17812322 843 28688229 28689209 244 14167948 14178108 544 17813302 17822122 844 28699696 28700676 245 14183178 14191438 545 17831042 17834681 845 28703216 28704196 246 14191718 14194998 546 17840112 17849062 846 28706076 28707616 247 14196138 14203608 547 17849872 17854582 847 28710546 28712056 248 14204708 14212288 548 17860544 17883522 848 28724086 28725066 249 14212946 14218653 549 17886332 17898292 849 28725866 28726846 250 14219726 14229966 550 17903292 17916152 850 28727606 28728586 251 14229996 14239566 551 17916402 17928182 851 28729186 28730166 252 14240196 14241396 552 17933862 17953862 852 28731170 28734906 253 14241856 14246956 553 17955732 17963722 853 28740986 28742156 254 14247226 14250306 554 17968862 17973000 854 28744836 28747856 255 14251846 14255276 555 18031000 18040716 855 28754826 28759756 256 14261346 14266886 556 18042686 18053696 856 28760003 28761006 257 14273906 14278626 557 18059586 18079476 857 28765156 28770999 258 14279666 14283626 558 18080336 18085696 259 14284746 14289728 559 18086756 18088486 66 The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены 260 14292536 14297066 560 18089986 18093636 261 14297776 14300016 561 18094096 18101076 262 14300606 14301866 562 18101796 18119696 263 14307986 14311906 563 18121636 18130716 264 14311966 14313846 564 18135996 18138336 265 14313996 14324576 565 18143516 18151967 266 14324776 14341534 566 18154407 18155777 267 14341674 14344044 567 18159577 18165857 268 14344834 14352364 568 18165917 18183337 269 14352584 14354684 569 18192307 18196134 270 14355314 14357704 570 18196147 18211107 271 14358164 14366544 571 18212337 18226427 272 14366564 14371284 572 18231802 18242137 273 14371924 14381014 573 18242537 18256000 274 14387544 14390124 574 18554000 18565616 275 14391644 14395404 575 18565896 18577336 276 14396344 14397644 576 18577781 18579326 277 14398144 14420424 577 18580226 18618236 278 14422584 14425114 578 18618756 18621806 279 14425384 14427324 579 18627986 18650836 280 14427344 14430000 580 18653276 18701946 281 14448102 14449982 581 18703066 18707396 282 14450202 14451342 582 18707806 18730626 283 14451966 14456312 583 18730786 18733746 284 14458182 14467942 584 18736366 18748956 285 14468132 14470542 585 18750186 18753166 286 14470572 14473072 586 18753296 18766976 287 14473412 14483302 587 18768346 18779116 288 14483542 14485582 588 18779216 18789796 289 14485832 14490472 589 18792566 18793696 290 14490702 14492838 590 18794036 18795156 291 14493402 14499714 591 18800906 18818056 292 14500002 14501322 592 18819296 18844266 293 14502442 14505532 593 18849256 18853396 294 14505822 14507842 594 18853726 18855786 295 14508522 14510182 595 18856056 18859376 296 14514936 14517082 596 18864508 18869469 297 14517502 14518642 597 18869586 18873596 298 14518742 14524222 598 18879936 18902246 299 14527562 14530632 599 18902616 18905076 300 14533292 14549385 600 18905286 18925092 67 RJGG