Анализ протеома бактерии Staphylococcus aureus

Анализ протеома бактерии Staphylococcus aureus, штамм
RF122.
П.Бабкин, студент 1 курса
Введение.
[Русское название]
Русское название бактерии Staphylococcus aureus – стафилококк золотистый.
[Таксономия]
Вид Staphylococcus aureus относят к роду Staphylococcus, семейству Staphyloccacaeae,
порядку Bacillales, классу Bacillii, царству Bacteria [1]
[Размер, фотография]
Вид бактерии под микроскопом см. в файле Staphylococcus aureus.jpg (взят с сайта
Http://wikipedia.com) . Длина бактерии примерно 0.5 мкм , толщина 1 мкм
(http://www.mtonnel.ru)
[Среда (среды) обитания и условия]
Бактерия обитает на коже и слизистой носа человека. Типичные условия существования –
Теже самые что и условия существования человека.(wikipedia.com).
[Чем интересна человеку, почему ее геном секвенирован]
Staphylococcus aureus очень интересна в связи ее способностью вызывать такие
заболевания как язвы, гнойнички, фурункулы, карбункулы на коже, реже, (примерно в
25% случаев – воспаления в носу). Она может также обитать на домашних животных,
таких, как собаки и кошки. Она вызывает опухоли цевок у кур.
Геном бактерии Staphylococcus aureus секвенирован для того, чтобы способствовать
разработке новых способов борьбы с ней.
[(*) Интересные особенности бактерии]
Также бактерия интересна своей феноменальной сопротивляемостью действию
антибиотиков, таких как пенициллин, так в США только 2% бактерий данного вида
чувствительны к пенициллину.
Для отбора статей, посвященных среде обитания Staphylococcus aureus, написанных в 2006
году не на японском языке, был составлен запрос: Staphylococcus aureus habitat 2006 NOT
jpn
Статья о распространении Staphylococcus aureus в США:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1467003
Геном и протеом Staphylococcus aureus
[Статистические данные о геноме]
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html
Табл.1 Статистические данные о геноме Staphylococcus aureus
Хромосома
Число пар
Число генов
Суммарная
или плазмида
нуклеотидов
длина генов
(% от длины
хромосомы
или плазмиды)
хр.1 кольцевая 2742531
2515
84%
Суммарная
длина
межгенных
промежутков
(%)
84%
GC
состав
(%)
32.8%
[Длины белков]
По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html число белков протеома
Staphylococcus aureus совпадает с числом генов. (*)Так как один ген кодирует 1 белок
протеома.
Так как по моему штаму в базе данных не было информации о длине белков, я ипользовал
информацию другого штамма Staphylococcus aureus(COL)
Средняя длина-289,
Максимальная-10498
Минимальная-21
Литература
[1]http://www.en.wikipedia.org/wiki/Staphylococcus_aureus
[2]http://www.mtonnel.ru/wiki/%D0%91%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0
%B8%D0%B8 (размеры Staphylococcus aureus)