(УМУ к самостоятельной работе) (11.2Mб, doc)

3
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение
высшего профессионального образования
«СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»
Авторы:
И. Е. Суковатая,
А. Г. Суковатый
«ПРИМЕНЕНИЕ ИНФОРМАЦИОННОКОММУНИКАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ В НАУКЕ И ОБРАЗОВАНИИ»
Методические указания по самостоятельной работе
Красноярск
2011
4
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Широкое внедрение информационно-коммуникационных технологий
(ИКТ) во все сферы человеческой деятельности привело к появлению новых
форм организации научного и образовательного процессов.
В частности активное использование технологий E-Science позволяет
исследователю сегодня кардинально изменять методику проведения научных
экспериментов, используя приборную базу, интегрированную с информационными и компьютерными измерительными технологиями и обеспечивающую одновременно территориальное распределение рабочих групп; удаленный доступ к научному оборудованию, вычислительным и информационным
ресурсам, в т. ч. к распределенным базам данных и т. д. При этом уровень современного ученого обусловлен компетенциями, связанными с такой неотъемлемой составляющей его профессиональной деятельности, как Long-Life
Learning, (т. е. обучением на протяжении всей жизни), согласно которой человек должен всю жизнь приобретать новые знания, так как ценность знаний
уменьшается пропорционально появлению новой информации. Поэтому
немаловажное направление использования технологий ИКТ связано с широким использованием в профессиональной деятельности инструментов ЕLearning, без постоянного использования в профессиональной деятельности
которых немыслим сегодня специалист любого профиля.
Дисциплина «Применение информационно-коммуникационных технологий в науке и образовании» относится к профессиональному циклу (вариативная часть) по направлению подготовки 020400.68. –Биология, укрупненной группы 020000 «Естественные науки».
Целью изучения дисциплины является подготовка специалистов, способных решать вопросы применения информационно-коммуникационных
технологий с позиций системного подхода на основных этапах научноисследовательской деятельности.
Задачи изучения дисциплины
Задачи профессиональной деятельности магистра
К задачам изучения дисциплины в соответствии с требованиями к компетенции направления подготовки магистров относятся:
 получение знаний, составляющих основу научных представлений об
информации, информационных процессах, системах, технологиях и моделях в
научных исследованиях;
 овладение умениями работать с различными видами информации с
помощью компьютера и других средств информационных и коммуникационных технологий (ИКТ), организовывать научно-исследовательскую деятельность и планировать ее результаты;
 развитие познавательных интересов, интеллектуальных и творческих
5
способностей средствами ИКТ;
 выработка навыков применения средств ИКТ в повседневной жизни при выполнении индивидуальных и коллективных проектов, в первую
очередь научных.
Требования к результатам освоения дисциплины
По окончании изучения дисциплины «Применение информационнокоммуникационных технологий в науке и образовании» магистр должен обладать:
 специальной подготовкой в предметной области;
 знаниями перспективных информационных технологий в области организации научного и образовательного процесса с использованием ИКТ;
 специализацией, определяемой перечнем дисциплин из предметной
области и из области информатики;
 пониманием основных тенденций развития информационных систем,
связанных с изменениями условий в области применения
знать:
 современные компьютерные технологии, применяемые при сборе,
хранении, обработке, анализе и передаче физической информации;
 задачи предметной научной области и компьютерные методы их решения;
 перспективы развития информационных технологий и информационных систем в предметной области, их взаимосвязь со смежными областями;
уметь:
 эффективно использовать современные базы данных, базы знаний;
 эффективно применять типовые программные пакеты и системы,
ориентированные на решение научных, проектных и технологических задач;
 формулировать и решать задачи, возникающие в ходе научноисследовательской и педагогической деятельности, требующие углубленных
профессиональных знаний;
 выбирать необходимые методы исследования, модифицировать существующие и разрабатывать новые методы исходя из задач конкретного исследования;
 обрабатывать полученные результаты, анализировать и осмысливать
их с учетом имеющихся литературных данных;
 вести библиографическую работу с привлечением современных информационных технологий
владеть:
 современными компьютерными технологиями для решения научно-
6
исследовательских и производственно-технологических задач профессиональной деятельности;
 методами (методологиями) проведения научно-исследовательских
работ;
 типовыми программными продуктами, ориентированными на решение научных, проектных и информационно-технологических задач;
 информационными и телекоммуникационными технологиями в
науке и образовании;
 действующими стандартами, нормами, методологией и культурой
мышления, позволяющими перерабатывать и подготавливать материалы по
результатам исследований к опубликованию в печати, а также в виде обзоров,
рефератов, отчетов, докладов и лекций;
 организационными формами и методами обучения в вузе;
 методами педагогики с использованием технологий Е-Learning
обладать следующими компетенциями:
а) общекультурные (ОК):

способен самостоятельно приобретать с помощью информационных технологий и использовать в практической деятельности новые знания и
умения, в том числе в новых областях знаний, непосредственно не связанных
со сферой деятельности (ОК-6);
б) профессиональные (ПК):
 общепрофессиональными:

самостоятельно анализирует имеющуюся информацию, выявляет фундаментальные проблемы, ставит задачу и выполняет
полевые, лабораторные биологические исследования при решении конкретных задач по специализации с использованием современной аппаратуры и вычислительных средств, демонстрирует ответственность за качество работ и научную достоверность
результатов (ПК-3);
 творчески применяет современные компьютерные технологии
при сборе, хранении, обработке, анализе и передаче биологической информации (ПК-6);

использует навыки организации и руководства работой
профессиональных коллективов, способен к междисциплинарному общению и к свободному к деловому общению на русском и
иностранных языках, работе в международных коллективах (ПК8);
7

профессионально оформляет, представляет и докладывает
результаты научно-исследовательских и производственнотехнологических работ по утвержденным формам (ПК-9);
 в соответствии с видами деятельности:
 применяет методические основы проектирования и выполнения
полевых и лабораторных биологических и экологических исследований с использованием современной аппаратуры и вычислительных комплексов (в соответствии с целями магистерской программы), генерирует новые идеи и методические решения (ПК12);
 самостоятельно использует современные компьютерные технологии для решения научно-исследовательских и производственнотехнологических задач профессиональной деятельности, для сбора и анализа биологической информации (ПК-13).
Межпредметная связь
Для изучения дисциплины требуется владение основными технологиями работы на компьютере, в частности использование основных офисных
программ и т. д. Для успешного освоения предлагаемого курса в полном объеме необходимо предварительное изучение курсов, относящихся к циклам
математических и естественнонаучных (базовая и профильные части) дисциплин, а также вариативной части этого цикла, связанной с освоением основами биофизических и биохимических методов исследований. Дисциплина
весьма полезна для авторский курсов магистерских программ по направлению «Биология», а также при выполнении научно-исследовательских работ
по
темам
магистерских
диссертаций
и
прохождении
научноисследовательской практики.
Самостоятельная работа студентов по дисциплине «Применение информационно-коммуникационных технологий в науке и образовании» в соответствии с учебной программой включает в себя:
 изучение теоретического материала;
 написание реферата;
 выполнение курсового проекта.
1. ИЗУЧЕНИЕ ТЕОРЕТИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА
Изучение теоретического материала – самостоятельная проработка студентом отдельных вопросов теоретического курса. Вопросы, выносимые на
самостоятельную проработку по дисциплине «Применение информационнокоммуникационных технологий в науке и образовании», приведены в табл. 1.
8
Самостоятельная работа осуществляется студентами на основе использования учебно-методической литературы, интернет-ресурсов.
Таблица 1
Перечень вопросов для самостоятельной проработки по теоретическому курсу
ТруОбъ- доНазвание моем емдуля
(час) кость
(з.е)
1
2
3
Вопросы
для самостоятельной
проработки
Литература
или интернет-источник
Примечание
4
5
6
7
http://setiathome.berkeley.edu/
http://www.setiathome.ru/
–
http://ivoa.net/pub/members/).
(http://www.inasan.rssi.ru/rus/rvo/index.
html)
–
http://www.ebi.ac.uk/embl/
–
9-й семестр
Проект SETI@home
Модуль 1.
E-science, как
современный
метод
организации
научных исследований
Тема 1. E-Science 
предпосылки возникновения
Тема 2. Научные Российская виртуальная обсерватория
виртуальные организации (SVO)
8
0,22
GenBank  генетический банк данных
Европейская лаборатория молекулярной биологии - European Molecular BiТема 3. E-Science в ology Laboratory Nucleotide Sequence
Database in Europe (EMBL)
биологии
Проект Folding@home, как пример использования распределенных вычислений для моделирования белков.
http://folding.stanford.edu/
http://tsc.overclockers.ru/fah.html
http://distributed.ru/folding/
9
Название темы
лекционного
курса
Тема 6. Развитие
e-learning. История, тенденции,
перспективы
16
0,44
Тема 8. Технологии
интерактивного
взаимодействия
между участниками
образовательного
процесса, организованного с применением e-learning
http://www.microsoft.com/Rus/Governm
ent/newsletters/issue16/02.mspx
Системы управления контентом.
[3], [4]
http://www.distance-learning.ru/
Инструментарий асинхронных технологий органгизации обучения: электронная почта, форумы. Подкастинг
(podcasting)  формат распространения
аудио и видеоконтента через интернет
с использованием технологий mlearning.
[4]
http://www.distance-learning.ru/
Тема 9. Авторское
право и электрон- СМК при разработке электронных реные ресурсы. Ос- сурсов. Критерии качества. Принципы
проведения экспертизы
новные подходы
цессов, протекающих в ПС
10
Модуль 2.
E-learning 
основные
подходы,
инструментарий, технологии
Тема 7. Инструментарий для
организации
обучения elearning
http://www.distance-learning.ru/
Модуль 3.
Инструментарий и
принципы
совместных
исследований с использованием интернеттехнологий
Проект Enabling Grids for E-sciencE
(EGEE). Главные цели проекта. Российские участники проекта.
8
0,22
Тема 11. Gridтехнологии, применение в естественнонаучных
исследованиях
http://www.jcbi.ru/prez/egee.shtml
http://rus.egee-rdig.ru/
The National Science Foundation’s
Network for Earthquake Engineering
Simulation (NEES) – национальное
http://it.nees.org/
научное сообщество США, дающее
http://mceer.buffalo.edu/research/nees/
возможность доступа к специализироgrandopen/
ванным инструментам, данным и программам моделирования в области
инженерии землетрясений.
Проект Google «Планета Земля»
http://earth.google.com/
11
12
2. НАПИСАНИЕ РЕФЕРАТА
Задания по написанию реферата выдаются лектором на первой лекции
каждого семестра вместе со списком учебной литературы по соответствующим модулям. Защита рефератов осуществляется во время семинарских занятий в форме презентации по теме реферата, подготовленной в Power Point.
Оформление реферата должно соответствовать межгосударственному
стандарту ГОСТ 7.32-2001, устанавливающему общие требования к структуре и правилам оформления научных и технических отчетов. Реферат должен
сопровождаться библиографическим списком, который составляют в соответствии с ГОСТ 7.12003 «Библиографическая запись. Библиографическое описание. Общие требования и правила составления». Объем реферата должен
составлять 20-30 страниц.
Реферат включает следующие структурные элементы:
1. Титульный лист. С него начинается нумерация страниц, но номер не
ставится. Номера страниц начинают печатать с первой страницы раздела
«Введение». Титульный лист оформляется аналогично титульному листу курсовой работы: указывают наименование высшего учебного заведения; факультет, кафедру, где выполнялась работа; название работы; фамилию и инициалы студента; ученую степень и ученое звание, фамилию и инициалы преподавателя; город и год выполнения работы.
2. Содержание. В содержании представлены названия всех разделов и
подразделов работы, каждое из которых печатается с новой строки. В конце
строки ставится номер страницы, на которой напечатана данная рубрика в
тексте. Номера страниц печатаются вблизи правого поля, все на одинаковом
расстоянии от края страницы. Следует обратить внимание, что названия разделов и подразделов в оглавлении должно точно соответствовать заголовкам
текста.
3. Введение. Во введении обосновывается актуальность рассматриваемой темы, пути развития на современном этапе, имеющиеся проблемы и способы их разрешения. Объём данного раздела не должен превышать одной
страницы.
4. Обзор литературы. В данном разделе излагаются теоретические основы по выбранной тематике. Изложение должно вестись в форме теоретического анализа проработанных источников применительно к выполняемой теме, логично, последовательно и грамотно. При необходимости данный раздел
может состоять из отдельных подразделов. Из содержания теоретического обзора должно быть видно состояние изученности темы в целом и отдельных ее
вопросов.
5. Заключение. Представляет собой краткое обобщение (2-3 абзаца)
приведенных данных.
6. Библиографический список. Оформляется в соответствии с существующими требованиями.
13
7. Приложения.
Тематика реферативных работ
1. Информационно-образовательная среда открытого образования РФ.
2. Инструментарий для организации образовательного процесса посредством e-Learning.
3. Интерактивные технологии при обучении. Системы управления образовательным процессом.
4. Развитие в РФ дистанционных образовательных технологий.
5. Технологии интерактивного обучения с использованием проектных
методов развития навыков самостоятельного анализа информации и самообразования и индивидуальной образовательной траектории.
6. Базы данных научной и образовательной информации.
7. Методы поиска информации.
8. Телекоммуникационные сети.
9. Структура и средства сетевых систем дистанционного обучения.
10. Интернет-ресурсы, посвященные образовательным технологиям.
11. Образовательные порталы.
12. Система ресурсных центров.
13. Сайты учебных заведений различных уровней в РФ, СФО.
14. Технические средства электронного обучения.
15. Платформы для организации электронного обучения.
16. Основные спецификации и стандарты в электронном обучении.
17. Электронные библиотеки, медиатеки и репозитарии.
18. СМК при разработке электронных образовательных ресурсов и
применении ИТК в научно-исследовательском процессе.
3. ВЫПОЛНЕНИЕ КУРСОВОГО ПРОЕКТА
Тематика проекта  «Инструментарий E-Science и E-learning в научной и
образовательной деятельности». Непосредственное содержание проекта
определяется темой магистерской диссертации. Согласование темы проекта
производится с лектором по дисциплине на 2-й неделе обучения.
Проект включает следующие структурные элементы:
1. Титульный лист.
2. Содержание.
3. Введение. Во введении обосновывается актуальность рассматриваемой темы, пути развития на современном этапе, имеющиеся проблемы и способы их разрешения. Объём данного раздела не должен превышать одной
14
страницы.
4. Обзор интернет-ресурсов по тематике научной деятельности.
5. Заключение.
6. Список использованных Интернет-ресурсов.
7. Приложения.
Рекомендации по работе с Интернет-ресурсами приведены в приложении.
Разработка основных разделов проекта проводится в рамках лабораторного практикума и самостоятельной работы в течение всего семестра.
Сдача проекта проводится комиссии в форме публичной защиты в конце семестра.
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК
Основная литература
1. Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях : учеб. пособие / И. Е. Суковатая, А. Г. Суковатый, В.
А. Кратасюк, К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК СФУ, 2009. – 178 с. –
(Применение информационно-коммуникационных технологий в науке и образовании : УМКД № 1363/991–2008 / рук. творч. коллектива И. Е. Суковатая).
2. Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях : лаб. практикум / И. Е. Суковатая, А. Г. Суковатый, К.
Н. Захарьин, В. А. Кратасюк. – Красноярск : ИПК СФУ, 2009. – 92 с. – (Применение информационно-коммуникационных технологий в науке и образовании : УМКД № 1363/991–2008 / рук. творч. коллектива И. Е. Суковатая).
3. Суковатый, А. Г. Информационно-коммуникационные технологии в
образовании : учеб. пособие / А. Г. Суковатый, И. Е. Суковатая, К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК
СФУ, 2008. – 177 с. – (Информационнокоммуникационные технологии в образовании : УМКД № 167-2007 / рук.
творч. коллектива А. Г. Суковатый).
4. Информационно-коммуникационные технологии в образовании :
лаб. практикум / А. Г. Суковатый, И. Е. Суковатая, К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – 78 с. – (Информационно-коммуникационные технологии в образовании : УМКД № 167-2007 / рук. творч. коллектива
А. Г. Суковатый).
5. Информационно-коммуникационные технологии в образовании :
метод. указания к практ. занятиям / сост. : А. Г. Суковатый, И. Е. Суковатая,
К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – 20 с. – (Информационно-
15
коммуникационные технологии в образовании : УМКД № 167-2007 / рук.
творч. коллектива А. Г. Суковатый).
6. Bioinformatics, Volume II: Structure, Function and Applications, edited
by Jonathan M. Keith, 2008 Humana Press, a part of Springer Science+Business
Media,
LLC.
–
Режим
доступа:
http://www.springer.com/life+sciences/systems+biology+and+bioinformatics/book/
978-1-60327-428-9.
7. Bioinformaticsa: concept-based introduction, edited by Venkatarajan
Subramanian Mathura, Pandjassarame Kangueane, Springer Science+Business Media, LLC 2009 – Режим доступа: www.springer.com
8. Frederick, B. Marcus. Bioinformatics and Systems Biology: Collaborative Research and Resources, 2008, Springer-Verlag Berlin Heidelberg. – Режим
доступа: www.springer.com
9. Bioinformatics: Applications in Life and Environmental Sciences, edited
by M.H. Fulekar, 2009, Capital Publishing Company Copublished by Springer,
P.O. Box 17, 3300 AA Dordrecht, The Netherlands with Capital Publishing Company, New Delhi, India. – Режим доступа: www.springer.com.
10. Bioinformatics for DNA Sequence Analysis, edited by David Posada,
Humana Press, a part of Springer Science, Business Media, LLC 2009– Режим доступа: www.springer.com.
11. Remote Instrumentation for eScience and Related Aspects, edited by
Franco Davoli, Marcin Lawenda, Norbert Meyer, Roberto Pugliese, Jan Węglarz,
Sandro Zappatore / Springer Science+Business Media, LLC. 2012, – 305 p. – Режим доступа: www.springer.com.
12. Computational Systems Biology, 2009, Humana Press Inc. – Режим доступа: www.springer.com.
13. Computational Biology, Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 673
Fenyö, David (Ed.) 1st Edition., XI, 327 p. 2010. – Режим доступа:
http://www.springer.com/life+sciences/systems+biology+and+bioinformatics/book/
978-1-60761-841-6.
14. Alexander Isaev. Introduction to Mathematic Methods in Bioinformatics,
Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2006. – Режим доступа: www.springer.com.
15. Visualization in Medicine and Life Sciences II, Progress and New Challenges, editors: Lars Linsen, Hans Hagen, Bernd Hamann, Hans-Christian Hege,
2012, Springer Science-HBusiness Media, LLC. – Режим доступа:
http://link.springer.com/book/10.1007/978-3-642-21608-4/page/1.
16. Marshall, S. Smith. Opening Education // Science. – 2009. – № 323. –
16
P. 89–93.
17. Jung-jae Kimand Dietrich Rebholz-Schuhmann. Categorization of services for seeking information in biomedical literature: a typology for improvement
of practice, BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 2008. – VOL 9. – NO 6. P. 452–
465
18. Benson, D. A. GenBank / D. A. Benson, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell , D. L. Wheeler // Nucleic Acids Research. – 2008. – 36. – D. 25–30.
19. Fink, J. L. BioLit: integrating biological literature with databases /
J. Fink L., Kushch S., Williams P. R., Bourne P. E. // Nucleic Acids Research. –
2008. – 36. – W. 385–389.
20. Wheeler, D. L. Database resources of the National Center for Biotechnology Information / D. L. Wheeler, T. Barrett, D. A. Benson [etc.] // Nucleic Acids Res. – 2008. – 36. – D13–D21.
Дополнительная литература
21. Foster, I. Service-Oriented Science / Foster I. // Science. – 2005. –
308. – P. 814–817.
22. Hey, T. Cyberinfrastructure for E-Science / T. Hey, A. E. Trefethen //
Science. – 2005. – 308. – P. 817–821.
23. Johnson, J. L. Distance Education: The Complete Guide to Design, Delivery, and Improvement / J. L. Johnson. – New York : Teachers College Press. –
2003. – 230 p.
24. Buetow, K. H. Cyberinfrastructure : Empowering a «Third Way» in Biomedical Research / K. H. Buetow // Science. – 2005. – 308. – P. 821–824.
25. Collins, L. M. Collaborative eScience libraries / L. M. Collins,
M. L. B. Martinez, K. K. Mane, J. E. Powell, C. M. Kieffer, T. Simas,
S. K. Heckethorn, K. R. Varjabedian, M. E. Blake, R. E. Luce // Int J Digit Libr. –
2007. – 7. – P. 31–33.
26. Cyberinfrastructure Vision for 21st Century Discovery. – National Science Foundation Cyberinfrastructure Council. – March 2007. – Режим доступа:
http://scholcommbc.blogspot.com/2007/04/cyberinfrastructure-vision-for21st.html.
27. Konagaya, A. Trends in life science grid: from computing grid to
knowledge grid / A. Konagaya // BMC Bioinformatics. – 2006. – 7. – (Suppl 5).
28. Leontis, N. B. The RNA Ontology Consortium: An open invitation to
the RNA community / N. B. Leontis, R. B. Altman, H. M. Berman // RNA. – 2006.
17
– 12. – P. 533–541.
29. Luciano, J. S. E-Science and biological pathway semantics /
J. S.Luciano, R. D. Stevens // BMC Bioinformatics. – 2007. – 8.
30. Rajkumar, B. Grid Computing: Making the Global Cyberinfrastructure
for eScience a Reality / Rajkumar B. // CSI Communications. – 2005. – 29. – 1. –
P. 6–8.
31. Szalay, A. The World-Wide Telescope/ A. Szalay, J. Gray // Science. –
2001. – 293. – P. 2037–2040.
32. Применение информационно-коммуникационных технологий в образовании : учеб.-метод. пособие / А. В. Сарафанов, А. Г. Суковатый, И. Е.
Суковатая и др. – Красноярск : ИПЦ КГТУ, 2006 (3 экз.)
33. Интерактивные технологии в дистанционном обучении : учеб.метод. пособие / А. В. Сарафанов, А. Г. Суковатый, И. Е. Суковатая и др. –
Красноярск, ИПЦ КГТУ, 2006 (3 экз.)
34. Bioinformatics methods and protocols/ edited by Stephen Misener and
Stephen A. Krawetz 2000 Humana Press Inc. – Режим доступа:
www.springer.com.
35. Wolstencroft, K. Protein classification using ontology classification /
K. Wolstencroft, P. Lord, L. Tabernero, A. Brass, R. Stevens // Bioinformatics. –
2006. – 22. – 14. – P. 530–538.Рубин, А. Б. Биофизика / А. Б. Рубин. Т. 1–2. –
М. : МГУ, 1999.
36. Фотобиофизика : учеб. пособие / В. А. Кратасюк, И. Е. Суковатая,
Е. В. Немцева и др. – Красноярск : ИПК СФУ, 2007. – 413 с. – (Фотобиофизика : УМКД № 141-2007 / рук. творч. коллектива В. А. Кратасюк).
37. Николаев, А. Я. Биологическая химия : учебник / А. Я. Николаев. –
3-е изд., перераб. и доп. – М. : Медицинское информационное агентство,
2007. – 568 с.
38. СТО 4.2-07–2008. Система менеджмента качества. Общие требования к построению, изложению и оформлению документов учебной и научной
деятельности / разраб. : Т. В. Сильченко, Л. В. Белошапко, В. К. Младенцева,
М. И. Губанова. – Введ. впервые 09.12.2008. – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. –
47 с.
39. Каталог лицензионных программных продуктов, используемых в
СФУ / сост. : А. В. Сарафанов, М. М. Торопов. – Красноярск : Сиб. федер. унт; 2008. – Вып. 3.
40. Абрамов, С. М. Отечественные СуперЭВМ и грид-системы /
С. М. Абрамов, В. Ф. Заднепровский, А. А. Московский // Проблемы развития
18
национальной киберинфраструктуры в России : XII науч.-практ. конф. ун-та г.
Переславля. – 2008.
41. Интернет-образование: не миф, а реальность XXI века / Ж. Н. Зайцева, Ю. Б. Рубин, Л. Г. Титарев и др. ; под общ. ред. В. П. Тихомирова. –
М. : МЭСИ, 2000. – 189 с.
42. Левицкий, А. А. Подготовка учебных материалов для использования
в образовательном процессе с применением дистанционных технологий:
учеб.-метод. пособие / А. А. Левицкий, А. В. Сарафанов, А. В. Толстоногов,
С. И. Трегубов. – Красноярск : ИПЦ КГТУ, 2003. – 43 с.
43. Масич, А. Г. Аспекты развития коммуникаций / А. Г. Масич,
Г. Ф. Масич // XIV конф. представителей рег. науч.-образ. сетей «RELARN2007».
44. Мицель, А. А. Дистанционное образование как составляющая процесса формирования единого образовательного пространства / А. А. Мицель,
Е. В. Молнина // Открытое образование. – 2006. – № 2. – С. 59–65.
45. Норенков, И. П. Информационные технологии в образовании /
И. П. Норенков, А. М. Зимин. – М.: МГТУ им. Н. Э. Баумана, 2004. – 352 с.
46. Осин, А. В. Мультимедиа в образовании: контекст информатизации / А. В. Осин. – М. : Ритм, 2005. – 320 с.
47. Осин, А. В. Мультимедиа в образовании: контекст информатизации / А. В. Осин. – М. : Издат. сервис, 2004. – 320 с.
48. Terence, C. Ahern, The effect of social grounding on collaboration in a
computer-mediated small group discussion / C. Ahern Terence, A. Thomas Julie,
K. Tallent-Runnels Mary, Y. Lan William, Cooper Sandra, Lu Xiaoming, Cyrus
Jacqui // Internet and Higher Education. – 2006. – 9. – P. 37–46.
49. Alfred, P. Rovai. Student evaluation of teaching in the virtual and traditional classrooms: A comparative analysis / Alfred P. Rovai, Michael K. Ponto, M.
Gail Derrick, John M. Davis // Internet and Higher Education.– 2006. – 9. –
P. 23–35.
50. Bairoch, A. The ENZYME database in 2000 / A. Bairoch // Nucleic Acids Res. 2000. – 28. P. 304–305.
51. Berriz1, G. F. The Synergizer service for translating gene, protein and
other biological identifiers./ Berriz1 G. F., Roth F. P. // Bioinformatics. 2008. 
24. 19. – P. 2272–2273.
52. Cotton, D. Reflecting on the think-aloud method for evaluating ELearning. / Cotton Deborah, Gresty Karen // British Journal of Educational Technology. – 2006. – 37(1). – P. 45–54.
19
53. Donello, J. F. Theory and practice: Learning content management systems / J. F. Donello // E-Learning magazine. – 2002.
54. Robert, Ellis A. Discontinuities in university student experiences of
learning through discussions. / Ellis Robert A., Calvo Rafael A. // British Journal of
Educational Technology. – 2006. – 37(1). – P. 55–65.
55. Gulamali, M.Y. GENIE: Delivering E-Science to the environmental scientist. / M. Y. Gulamali, , T. M. Lenton, A. Yool [etc].  UK E-Science All Hands
Meeting.  Nottingham, UK.  Sep. 2003.  P. 145–152. – Режим доступа:
http://www.genie.ac.uk/publications/papers.htm.
56. Gregory, Hislopa W. A study of faculty effort in online teaching /
Hislopa Gregory W., Ellis Heidi J. C. // Internet and Higher Education. – 2004. – 7.
– P. 15–31.
57. Kanehisa, M. The KEGG resource for deciphering the genome./
Kanehisa, M., Goto, S., Kawashima, S., Okuno, Y., Hattori, M.// Nucleic Acids
Res. - 2004. – 32. – D. 277–280.
58. Langstona, Marc. Linking to journal articles in an online teaching environment: The persistent link, DOI, and OpenURL / Marc Langstona, James Tyler//
Internet and Higher Education. – 2004. – 7. – P. 51–58.
59. Schlosser, Lee Ayers. Distance Education: Definition and Glossary of
Terms: the monograph / Lee Ayers Schlosser, Michael Simonson. – Definitions and
Terminology Committee Association for Educational Communications and Technology Bloomington (AECT), 2002.
60. Luther, A. Alchemi: A .NET-Based Enterprise Grid Computing System /
A. Luther, R. Buyya, R. Ranjan, S. Venugopal // Proceedings of the 6th International Conference on Internet Computing (ICOMP'05).  June 2730. – 2005. 
Las Vegas, USA. – Режим доступа: http://www.alchemi.net.
61. Luther, A. Peer-to-Peer Grid Computing and a .NET-based Alchemi
Framework / A. Luther, R. Buyya, R. Ranjan, S. Venugopal ; editors  Laurence
Yang and Minyi Guo.  New Jersey, USA : Wiley Press : High Performance Computing: Paradigm and Infrastructure.  2005.
62. Martone, M. E. e-Neuroscience: challenges and triumphs in integrating
distributed data from molecules to brains / M. E. Martone, A. Gupta, M. H. Ellisman // Nature Neuroscience.  2004. – 7. – P. 467 – 472.
63. Mukamusoni, D. Distance Learning Program of Teachers’ at Kigali Institute of Education: An expository study. / D. Mukamusoni // International Review of
Research in Open and Distance Learning. – 2006. – 7(2).
64. Parsons Sarah. The use of ICT by adults with learning disabilities in day
20
and residential services / Parsons Sarah, Daniels Harry, Porter Jill, Robertson
Christopher // British Journal of Educational Technology. – 2006. – 37(1). – P.
31–44.
65. Stapleton, P. The Web as a source of unconventional research materials
in second language academic writing / P. Stapleton, R. Helms-Park, P. Radia // Internet and Higher Education. – 2006. – P. 63–75.
66. Optimisation of integrated Earth System Model components using Gridenabled data management and computation / A. R. Price, G. Xue, A. Yool [etc] //
Concurrency and Computation: Practice and Experience.  2007. – 19. – 2. –
P. 153165. – Режим доступа: http://www.genie.ac.uk/publications/papers.htm.
67. Hämäläinen, R. Learning to collaborate: Designing collaboration in a 3-D
game environment» / Raija Hämäläinen, Tony Manninen, Sanna Järvelä, Päivi
Häkkinen // Internet and Higher Education. – 2006. – 9. – P. 47–61.
68. Student evaluation of teaching in the virtual and traditionalclassrooms:
A comparative analysis / Alfred P. Rovai, Michael K. Ponton, M. Gail Derrick,
John M. Davis // Internet and Higher Education. – 2006. – 9. – P. 23–35.
69. Improving online learning: Student perceptions of useful and challenging
characteristics / Liyan Song, Ernise S. Singleton, Janette R. Hill, Myung Hwa
Koh// Internet and Higher Education. – 2004. – 7. – P. 59–70.
70. Gnare: automated system for high-throughput genome analysis with grid
computational backend / D. Sulakhe, A. Rodriguez, M. D'Souza [etc] // J. Clin.
Monit. Comput.  2005.  19. – P. 361369.
71. Tatusova, T. A. Complete genomes in WWW Entrez: data representation
and analysis / T. A. Tatusova, I. Karsch-Mizrachi, J. A. Ostell // Bioinformatics. –
1999. – 15. – P. 536543.
72. Truman, Sylvia M. An investigation of the situated learnability effects of
single- and dual-modal systems in education: a report of music-oriented learning
environment and science computer-assisted teaching studies / Sylvia M. Truman,
Philip J. Truman // British Journal of Educational Technology. – 2006. – 37(1). – P.
131–142.
73. Wilson, C. Concerns of instructors delivering distance learning via the
WWW / C. Wilson // Online Journal of Distance Learning Administration. – 1(3).–
Режим доступа: http://www.westga.edu/~distance/wilson13.html.
74. Muller, Hans-Michael. Sternberg Textpresso: An Ontology-Based Information Retrieval and Extraction System for Biological Literature PLoS Biology
November. / Hans-Michael Muller, Eimear E. Kenny, Paul W.  2004. V. 2. 
Issue 11.  19841998. – Режим доступа: www.plosbiology.org
21
Информационные ресурсы
75. Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях [Электронный ресурс] : электрон. учеб.-метод. комплекс по дисциплине / И. Е. Суковатая, А. Г. Суковатый, В. А. Кратасюк, К.
Н. Захарьин. – Электрон. дан. ( 148 Мб). – Красноярск : ИПК СФУ, 2009. –
(Применение информационно-коммуникационных технологий в науке и образовании : УМКД № 1363/991–2008 / рук. творч. коллектива И. Е. Суковатая). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel Pentium (или
аналогичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб оперативной
памя-ти ; 208 Мб свободного дискового пространства ; привод DVD ; операционная система Microsoft Windows XP SP 2 / Vista (32 бит) ; Adobe Reader
7.0 (или аналогичный продукт для чтения файлов формата pdf) ; Microsoft
PowerPoint 2003 или выше. – (Номер гос. регистрации в ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320902487).
76. Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях. Банк тестовых заданий [Электронный ресурс] : контрольно-измерительные материалы / И. Е. Суковатая, А. Г. Суковатый, В. А.
Кратасюк, К. Н. Захарьин. – Электрон. дан. (43 Мб). – Красноярск : ИПК
СФУ, 2009. – (Применение информационно-коммуникационных технологий в
науке и образовании : УМКД № 1363/991–2008 / рук. творч. коллектива И. Е.
Суковатая). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel
Pentium (или аналогичный процессор других про-изводителей) 1 ГГц ; 512 Мб
оперативной памяти ; 103 Мб свободного дискового пространства ; привод
DVD ; операционная система Microsoft Windows XP SP 2 / Vista (32 бит) ;
Adobe Reader 7.0 (или аналогичный продукт для чтения файлов формата pdf).
– (Номер гос. регистрации в ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320902489).
77. Информационно-коммуникационные технологии в образовании.
Версия 1.1 [Электронный ресурс] : электрон. учеб.-метод. комплекс /
А. Г. Суковатый, И. Е. Суковатая, К. Н. Захарьин. – Электрон. дан. (1380 Мб).
– Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – (Информационно-коммуникационные технологии в образовании : УМКД № 167-2007 / рук. творч. коллектива
А. Г. Суковатый). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel
Pentium (или аналогичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб
оперативной памяти ; 800 Мб свободного дискового пространства ; привод
DVD ; Adobe Reader 7.0 (или аналогичный продукт для чтения файлов формата pdf).
22
78. Фотобиофизика. Версия 1.0 [Электронный ресурс] : электрон.
учеб.-метод. комплекс по дисциплине / И. Е. Суковатая, В. А. Кратасюк, В.
В. Межевикин и др. – Электрон. дан. (177 Мб). – Красноярск : ИПК СФУ,
2008. – (Фотобиофизика : УМКД № 141-2007 / рук. творч. коллектива
В. А. Кратасюк). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel
Pentium (или аналогичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб
оперативной памяти ; 96 Мб свободного дискового пространства ; привод
DVD ; операционная система Microsoft Windows 2000 SP 4 / XP SP 2 / Vista
(32 бита) ; Adobe Reader 7.0 (или аналогичный продукт для чтения файлов
формата pdf) ; Microsoft PowerPoint 2003 или выше. – (Номер гос. регистрации в ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320802751 от 22.12.2008).
79. Унифицированная система компьютерной проверки знаний тестированием UniTest : руководство пользователя / А. Н. Шниперов, Б. М. Бидус.– Красноярск : ИПЦ КГТУ, 2006. – 80 с.
80. Виртуальная обсерватория  Virtual Observatory. – Режим доступа:
(http://www.worldwidetelescope.org/)
81. Европейская лаборатория молекулярной биологии  European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database in Europe (EMBL). –
Режим доступа: http://www.ebi.ac.uk/embl.
82. Интернет-портал по Grid-технологиям. – Режим доступа:
http://www.gridclub.ru/
83. Исследовательский совет Управления науки и технологии Великобритании Research Councils at the Office of Science and Technology (OST). –
Режим доступа: http://www.sciencemag.org/feature/misc/webfeat/vis2008/
84. Крупнейшая
астрономическая
электронная
библиотека

Astrophysics Data System (ADS). – Режим доступа: http://adswww.harvard.edu/
85. Научная электронная библиотека e-Library. – Режим доступа:
http://www.elibrary.ru/defaultx.asp.
86. Национальная лаборатория Argonne (Argonne National Laboratory) –
Режим доступа: http://wit.mcs.anl.gov/WIT2.
87. Национальная медицинская лаборатория США, Национального института здоровья США (US National Institutes of Health (NIH)  National
Library of Medicine (NLM) – Режим доступа: http://www.nlm.nih.gov/
88. Национальный институт здоровья США  US National Institutes of
Health (NIH). – Режим доступа: http://www.nih.gov.
89. Национальный центр по биотехнологической информации  отдел в
Национальной медицинской лаборатории (National Library of Medicine
23
(NLM)), Национального института здоровья США (US National Institutes of
Health (NIH)  National Center for Biotechnology Information (NCBI)). – Режим
доступа: www.ncbi.nlm.nih.gov.
90. Национальный центр по биотехнологической информации (National
Center for Biotechnology Information (NCBI)). – Режим доступа:
www.ncbi.nlm.nih.gov
91. Оригами ДНК. – Режим доступа:
http://www.sanger.ac.uk/
Teams/Team104.
92. Программа NASA  Earth Observing System. – Режим доступа:
http://nasa.gov.
93. Программа в открытом доступе для проведения научных исследований в области биотехнологии  nanoXplorer IDE. – Режим доступа:
http://nanotitan.com/index.htm
94. Сайт
виртуальных
обсерваторий.
–
Режим
доступа:
http://www.interquanta.biz/vos/
95. Система
WIT
(What
is
there).
–
Режим
доступа:
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2.
96. Совет по научным исследованиям Великобритании  Research
Councils UK. – Режим доступа:
http://www.rcuk.ac.uk/default.htm
«YourGenome.org». – Режим доступа: http://www.yourgenome.org.
97. AT&T Learning Network. – Режим доступа: http://www.att.coin/
learning_network.
98. Barry Willis. Distance Education at a Glance. Guide № 10. – Режим доступа: www.uidacho.edu/eo/index.html.
99. Berkeley
Digital
Library
SunSITE.
–
Режим
доступа:
http://sunsite.berkeley.edu.
100. BioCreAtIvE. – Режим доступа: http://biocreative.sourceforge.net/
101. British Educational Communications and Technology agency. – Режим доступа: www.becta.org.uk.
102. British Journal of Educational Technology. – Режим доступа:
http://www.blackwellpublishing.com/journal.asp?ref=0007-1013&site=1.
103. CERN – Европейская организация ядерных исследований (European Organization for Nuclear Research) – Режим доступа: www.cern.ch.
104. Chandra
X-ray
Observatory.
–
Режим
доступа:
http://chandra.harvard.edu/about/index.html
105. Distance Education and Training Council. – Режим доступа:
http://www.detc.org/.
24
106. Distance-educator.com. – Режим доступа: http://www.distanceeducator.com/.
107. ECMA (European Association for Standardizing Information & Computer Systems)  Европейская ассоциация по стандартизации информационных и вычислительных систем (Женева, Швейцария). – Режим доступа:
http://www.ecma.ch.
108. Educational Resources Information Center. – Режим доступа:
www.askeric.org.
109. Education-line. – Режим доступа: http://www.leeds.ac.uk/educol/.
110. EDUCOM: Transforming Education Through Information Technolog.– Режим доступа: http://www.educom.edu/.
111. Enabling Grids for E-Science (EGEE) – «Развертывание гридов для
развития е-науки» – Режим доступа: http://www.eu-egee.org.
112. European Journal of Engineering Education.– Режим доступа:
http://www.tandf.co.uk/journals/titles/03043797.asp.
113. GenBank – Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
index.html.
114. Global SchoolNet Foundation Home Page. – Режим доступа:
http://www.gsn.org.
115. Globus Web Site. – Режим доступа: http://www.globus.org.
116. INES (система обработки и распространения данных астрономического архива) – Режим доступа: http://sdc.laeff.inta.es/ines.
117. Integrated Genomics Inc. – Режим доступа: http://wit.Integrated Genomics.com/IGwit.
118. Interactive
Teaching
Networ.
–
Режим
доступа:
http://www.coe.uga.edu/itn.
119. Intercultural E-Mail Classroom Connections. – Режим доступа:
http://wwwstolaf.edu/network/iecc.
120. International Journal of Computer-Supported Collaborative Learning.–
Режим доступа: http://www.springer.com/east/home/education?SGWID=5-4040670-52582798-0.
121. Learning,
Media
&
Technology
–
Режим
доступа:
http://www.tandf.co.uk/journals/titles/1463631X.asp.
122. MonALISA: an agent based, dynamic service system to monitor, control and optimize grid based applications – Режим доступа:
http://monalisa.cacr.caltech.edu
123. nanoXplorer IDE – Режим доступа: http://nanotitan.com/index.htm
25
124. National Library of Medicine (NLM) DTD– Режим доступа:
http://dtd.nlm.nih.gov.
125. NetDay National. – Режим доступа: http://www.netday.org.
126. Newsweek
Distance
Learnin.
–
Режим
доступа:
http://www.newsweekdistancelearning.com/index.ph.
127. ONLINE EDUCA. – Режим доступа: http://www.onlme-educa.com/.
128. Online Journal of Distance Learning Administration. – Режим доступа: http://www.westga.edu/~distance/.
129. On-Line Partners Program. – Режим доступа: http://www.cep.yale.
edu/projects/online.html.
130. Open Science Grid (OSG) – Открытый научный Grid. – Режим доступа: http://www.opensciencegrid.org.
131. Physical
Sciences
Center.
–
Режим
доступа:
http://www.heacademy.ac.uk/physsci.
132. PlanetLab. – Режим доступа: http://www.planet-lab.org.
133. Prometric. – Режим доступа: http://www.prometric.com.
134. Protein
Data
Bank
(PDB).
–
Режим
доступа:
http://www.pdb.org/pdb/home/home.do.
135. Protein Structure Initiative. – Режим доступа: http://www.nigms.
nih.gov/Initiatives/PSI.
136. PubMed Central. – Режим доступа:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
/pub/pmc.
137. Purdue
University’s
NanoHub.
–
Режим
доступа:
http://www.nanohub.org.
138. SourceForge. – Режим доступа: http://sourceforge.net.
139. Structural Genomics Knowledgebase. – Режим доступа: http://kb.psistructuralgenomics.org/KB.
140. Structural Genomics Knowledgebase. – Режим доступа:
http://kb.psi-structuralgenomics.org/KB.
141. The American Center for Study of Distance Education. – Режим доступа: http://www.ed.psu.edu/ACSDE.
142. The American Journal of Distance Education. – Режим доступа:
http://www.ed.psu.edu/ACSDE/ajde/your.asp.
143. The Biomedical Informatics Research Network (BIRN). – Режим доступа: http://www.nbirn.net/
144. The
British
Education.
–
Режим
доступа:
http://www.leeds.ac.uk/bei/bei.htm.
26
145. The Computing Research Association (CRA). – Режим доступа:
http://www.cra.org
146. The Department of Energy’s Earth System Grid (ESG). – Режим доступа: http://www.earthsystemgrid.org.
147. The GENIE Project  Grid ENabled Integrated Earth system model. –
Режим доступа: www.genie.ac.uk.
148. The
London
E-Science
Centre.
–
Режим
доступа:
http://www.lesc.ic.ac.uk/admin/escience.html.
149. The National Science Foundation’s Network for Earthquake Engineering Simulation (NEES). – Режим доступа: http://it.nees.org.
150. The National Science Foundation’s TeraGrid. – Режим доступа:
http://www.teragrid.org.
151. Trust Genome Campus, институт Trust Sanger Institute в Центре
Franklin
Centre
for
Public
Engagement.
–
Режим
доступа:
http://www.sanger.ac.uk/Teams/Team104.
152. UK myGrid project. – Режим доступа: http://www.mygrid.org.uk/
http://www.ebi.ac.uk/mygrid.
153. VizieR (наиболее полная база данных астрономических каталогов
и таблиц данных). – Режим доступа: http://vizier.u-strasbg.fr.
154. Washington University Genome Sequencing Center. – Режим
доступа: http://genome.wustl.edu/index.cgi.
155. World Development Reports. World Bank. – Режим доступа:
http://www.worlbank.org.
156. World
Wide
Web
foundation.
–
Режим
доступа:
http://www.webfoundation.org.
157. Worldwide LHC Computing Grid collaboration (WLCG) – Всемирная коллаборация по вычислительным гридам для LHC. – Режим доступа:
http://www.cern.ch/lcg.
158. Биоинформационный сервер Argonne GNARE system (GeNome
Analysis
and
Research
Environment.
–
Режим
доступа:
http://compbio.mcs.anl.gov/gnare/gnare_home.cgi.
Перечень наглядных и других пособий, методических указаний и
материалов к техническим средствам обучения
159. Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях. Презентационные материалы [Электронный ресурс] :
27
наглядное пособие / И. Е. Суковатая, А. Г. Суковатый. – Электрон. дан. (18
Мб). – Красноярск : ИПК СФУ, 2009. – (Информационно-коммуникационные
технологии в естественнонаучных исследованиях : УМКД № 1363/991–2008 /
рук. творч. коллектива И. Е. Суковатая). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel Pentium (или аналогичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб оперативной памяти ; 18 Мб свободного дискового
пространства ; привод DVD ; операционная система Microsoft Windows XP SP
2 / Vista (32 бит) ; Adobe Reader 7.0 (или аналогичный продукт для чтения
файлов формата pdf). – (Номер гос. регистрации в ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320902488). Интерактивные технические средства обучения: практическое руководство / сост. : А. Г. Суковатый, К. Н. Захарьин, А. В. Казанцев, А. В.
Сарафанов. – Красноярск : ИПК СФУ, 2009. – 84 с.
160. Захарьин, К. Н. Электронные презентационные материалы /
А. В. Сарафанов, К. Н. Захарьин, А. Г. Суковатый. – Красноярск : ИПК СФУ,
2008. – 36 с.
161. Информационно-коммуникационные технологии в образовании.
Презентационные материалы : учеб. пособие / А. Г. Суковатый,
И. Е. Суковатая, К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – 178 с. –
(Информационно-коммуникационные технологии в образовании : УМКД
№ 167-2007 / рук. творч. коллектива А. Г. Суковатый).
162. Фотобиофизика. Презентационные материалы. Версия 1.0 [Электронный ресурс] : наглядное пособие / И. Е. Суковатая, В. А. Кратасюк, В.
В. Межевикин и др. – Электрон. дан. (33 Мб). – Красноярск : ИПК СФУ,
2008. – (Фотобиофизика : УМКД № 141-2007 / рук. творч. коллектива В.
А. Кратасюк). – 1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel
Pentium (или аналогичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб
оперативной памяти ; 33 Мб свободного дискового пространства ; привод
DVD ; операционная система Microsoft Windows 2000 SP 4 / XP SP 2 / Vista
(32 бита) ; Microsoft PowerPoint 2003 или выше. – (Номер гос. регистрации в
ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320802753 от 22.12.2008).
163. Информационно-коммуникационные технологии в образовании :
метод. указания по самостоятельной работе / сост. : А. Г. Суковатый,
И. Е. Суковатая, К. Н. Захарьин. – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – 16 с. –
(Информационно-коммуникационные технологии в образовании : УМКД №
167-2007 / рук. творч. коллектива А. Г. Суковатый).
28
Приложение 1
ЭЛЕКТРОННЫЕ СРЕДСТВА КОММУНИКАЦИИ
ДЛЯ ОБМЕНА НАУЧНОЙ ИНФОРМАЦИЕЙ
Не смотря на то, что сегодня каждый ученый не представляет проведение исследований без использования в той или иной степени интернета, баз
данных и научных публикаций, все эти необходимые элементы все еще остаются отдельными модулями. Хотя базы данных, например, в биологии имеют
сформировавшуюся и все время возрастающую сложность в эпоху цифровых
технологий, формат научных публикаций изменяются слабо: традиционная
концепция статьи как статической, независимой единицы информации все
еще остается, хотя и в электронной версии. Существует огромное количество
способов, с помощью которых содержание электронной версии статьи может
быть использовано для численных расчетов и компьютерных технологий и т.
д., это подтверждается, например, формированием биологических баз данных. Примером успешной биологической базы данных является возможность
интеграции с другими базами данных и ресурсами, интеграции с литературой,
которая является, бесспорно, первичной средой через которую происходит
коммуникации ученых при проведении исследований. Но на сегодняшний
день очевидно, что эта роль литературы утрачивает свое значение.
П1. Работа с научными архивами библиотеки
Public Library of Science (PLoS)
Существенный прогресс в предоставлении информации для ученых был
достигнут благодаря пионерской работе библиотеки Public Library of Science
(PLoS) (http://www.plos.org/) (рис. 1), которая первая организовала открытый
доступ к научным статьям. PLoS предоставляет видеодокументы для ученых,
преподавателей (рис. 2)
29
Рис. 1. Библиотека Public Library of Science (PLoS) (http://www.plos.org/)
30
Рис. 2. Видеоматериалы библиотеки Public Library of Science (PLoS)
(http://www.plos.org/)
П2. Поиск научной информации с использованием электроннопоисковой системы PubMed
В последние два десятилетия подавляющее большинство ученых разных стран интенсивно используют электронные средства коммуникации
для обмена научной информацией. Международная система электронной
публикации научных работ в области биологии и медицины была создана 5
мая 1999 г. по инициативе Национального института здоровья США. Сайт
электронных публикаций «PubMed Central» позволяет ученым свободно размещать свои статьи и обеспечивает читателям бесплатный доступ к полным
текстам всех научных статей по биологии и медицине.
Статьи, которые публикуются в открытом доступе, доступны in toto
(полностью) для загрузки сразу после публикации и могут распространятся
бесплатно, с условием ссылки на первоисточник. Размещение биологических
научных статей в открытом доступе централизовано в архиве PubMed Central
(http://publicaccess.nih.gov/).
31
Некоторые правила работы в архиве PubMed Central:
Поиск в PubMed может вестись только на английском языке. Познакомиться с основной поисковой терминологией и облегчения дальнейшего чтения литературы по PubMed можно с помощью списка медицинских словарей
и справочников, который можно найти на вебсайте MedInfoRus
(http://medinforus.homestead.com/MedInfoRus.html). Причем название термина
приводится на английском языке (рис. 3).
Ввести термин на
английском языке
Ввести термин на
русском языке
Рис. 3. Вебсайте MedInfoRus (http://medinforus.homestead.com/MedInfoRus.html)
Оригинальный дружелюбный интерфейс Национальной Медицинской
Бибилиотеки США (National Library of Medicine - NLM) , разработанный для
PubMed, позволяет использовать различные методы поиска, многочисленные
вспомогательные средства и дополнительные ресурсы, связанные с PubMed
(рис. 4).
32
Ввести
термин на
английском
языке
Рис. 4. Интерфейс PubMed
Главный поисковый экран PubMed Central (рис. 5) содержит на голубом вертикальном поле слева (sidebar) ссылки на различную информацию,
вспомогательные средства и ресурсы PubMed: About Entrez (информация о
системе Entrez, частью которой является PubMed Central), Related Resources
(прочие ресурсы, связанные с PubMed Central) и д.р.
Наверху экрана расположено поисковое окошко, в котором нужно
напечатать по-английски информационный запрос, например, научный термин, фамилию автора или заглавие журнала (рис. 56). В центре экрана помещаются указания по проведению поиска, краткая характеристика PubMed
Central, а также различные сообщения для пользователей PubMed
Central(рис. 56). Закладка на серой панели вверху экрана позволяет перейти
к нужному сервису, например, к книгам, журналам, генетическому банку
данных и т. д.
33
Ввести термин на английском
языке
Рис. 5. Главный поисковый экран PubMed Central
Рис. 6. Главный поисковый экран PubMed Central с закладкой, позволяющей прейти к
нужному сервису
34
Главный поисковый экран PubMed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)
(рис. 7) содержит на голубом вертикальном поле слева (sidebar) ссылки на
различную информацию, вспомогательные средства и ресурсы PubMed.
Рис. 7. Главный поисковый экран PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)
К вспомогательным средствам и ресурсам PubMed относятся следующие: About Entrez, Entrez PubMed , PubMed Services, Related Resources.
About Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html)  информация о системе Entrez, частью которой является PubMed (рис. 8).
Эта система включает в себя основные базы данных, включая PubMed,
нуклеотидные и белковые последовательнсти  Nucleotide and Protein Sequences, белковые структуры  Protein Structures, геномы  Complete Genomes, таксономии – Taxonomy и др. (рис. 9, 10). Диаграмма баз данных,
включенных в систему Entrez,и связь этими базами данных показаны на рис.
10, 11. Каждая база данных выделена определенным цветным кружком, где
свет является индикатором приблизительного числа записей в данной базе
данных. Более того, диаграмма позволяет видеть с какими базами данных
связана выбранная база, а также как много связей существует между этими
базами.
35
Рис. 8. Информация о системе Entrez
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html)
36
Рис. 9. Базы данных в системе Entrez
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html)
37
Рис. 10. Модель базы данных Entrez databases
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/datamodel/index.html
38
Рис. 11. Связи различных баз данных в Модели базы данных Entrez databases
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/datamodel/index.html
Под заголовком Entrez PubMed помещены важные ссылки на источники различной справочной информации по PubMed:
 Overview  общее описание PubMed;
 Help / FAQ (Frequently Asked Questions)  помощь по PubMed и часто задаваемые вопросы: подробное описание всех элементов и средств поиска;
 Tutorial  интерактивное руководство по пользованию PubMed (доступ к нему можно также получить, “кликнув“ мышкой на ссылке Tutorial
внизу экрана);
 New/Noteworthy  сведения о дополнениях и изменениях, произведенных в PubMed за последнее время.
39
PubMed Services  поисковые средства PubMed, включающие:
 Journal Browser;
 MeSH Browser;
 Single Citation Matcher;
 Batch Citation Matcher;
 Clinical Queries;
 Link Out;
 Cubby.
Related Resources  прочие ресурсы, связанные с PubMed, включающие:
 Order Documents;
 NLM Mobile – ресурс для мобильных электронных устройств (рис. 12),
 NLM Catalog – обеспечивает доступ к библиографическим данным
всех материалов, содержащихся в базе данных NLM (рис. 13);
 NLM Gateway – обеспечивает расширенный доступ ко всем ресурсам
Национальной медицинской библиотеке США - U.S. National Library of Medicine (NLM);
 TOXNET – обеспечивает доступ к базе данных по токсикологии;
 Consumer Health – обеспечивает доступ к медицинской базе данных
США;
 Clinical Alerts – обеспечивает рассылку новостей из медицинской базы
данных, содержащуюся в сообщениях о результатах последних клинических
исследований;
 ClinicalTrials.gov – обеспечивает доступ к медицинской базе данных
мира и клиническим исследованиям, находящимся в стадии исследования.
Любой из этих ресурсов позволяет осуществлять поиск. Наверху экрана
расположено поисковое окошко, в котором нужно напечатать по-английски
информационный запрос, например, научный термин, фамилию автора, заглавие журнала и т. д. Под поисковым окошком находится серая полоса (bar), на
которой расположены клавиши с названиями команд. В центре экрана помещаются указания по проведению поиска, краткая характеристика PubMed, а
также различные сообщения для пользователей PubMed.
Кроме того, NLM Catalog содержит демонстрационное руководство
пользователя с видео и аудио рядами для обеспечения доступа к библиографическим данным всех материалов, содержащихся в базе данных NLM (рис.
13).
40
Рис. 12. Ресурс для мобильных электронных устройств –NLM Mobile
41
Рис. 13. Фрагмент демонстрационного руководства пользователя каталога NLM
Catalog с видео и аудио рядами для обеспечения доступа к библиографическим данным
всех материалов, содержащихся в базе данных NLM.
PubMed позволяет производить поиск различной степени сложности.
Поиск в РubMed можно осуществлять несколькими способами:
 поиск по ключевым словам (терминам);
 поиск термина по корню слова;
 с помощью логических операторов между поисковыми терминами;
 используя функцию ограничения;
 поиск по фразам;
 поиск по автору;
 поиск по заглавию журнала;
 поиск по предметным рубрикам.
Поиск по ключевым словам (терминам)
Поиск по ключевым словам, т.е. терминам, выражающим основное
смысловое содержание информационного запроса, осуществляется следующим образом: термин печатается в поисковом окошке (рис. 4, 5, 7,14), например, «люцифераза»  «luciferase», а затем нужно кликнуть мышкой на Go или
нажать Enter на клавиатуре компьютера. Чтобы стереть термин в поисковом
окошке, кликните на Clear (стереть).
42
Результаты поиска выводятся на экран (рис. 14), который имеет сверху
и снизу две одинаковые полосы (action bars), на которых представлены команды, позволяющие оперировать результатами поиска: Display, Save, Text,
Clip Add, и Order. Справа вверху поисковой системой предлагается дополнительный контекстный или уточняющий поиск, например, «firefly luciferase» 
светлячковая люцифераза. Ниже предлагаются список дополнительных статей, наиболее близко подходящих к теме поиска. Если Вас интересуют только
обзорные статьи, то необходимо кликнуть на закладку «review» в левом верхнем углу, после чего, на экран будут выведены только обзорные статьи,
например, для люциферазы в количестве 384 штуки (рис. 15).
Выбор
только
обзоров
Дополнительный поиск
реляционные
статьи
Рис. 14. Экран результата поиска
43
Рис. 15. Экран результата поиска обзорных статей
Чтобы получить результаты поиска в нужном Вам формате, кликните
на стрелочке справа от слова Summary и выберите один из следующих форматов (рис. 16):
Рис. 16. Выбор форматов просмотра результата поиска
44
Исходный формат PubMed просмотра результата поиска – Summary
(рис. 17). Summary включает следующую информацию:
• Автор(ы) (Author Name).
• Название статьи (Title). Если статья опубликована на иностранном
языке, то ее название переведено на английский и помещено в квадратные
скобки.
• Источник публикации (Source of Publication): аббревиатура названия
журнала, дата издания, том, выпуск и страницы, на которых опубликована
статья. Для иностранной публикации будет указан язык оригинала. Также
может быть указан тип публикации, например, Review – обзор литературы по
заданной теме. В случае отсутствия реферата, об этом имеется пометка.
• Уникальный номер статьи (PubMed Unique Identifier - PMID), присвоенный стaтье при индексировании для ее идентификации в базе данных
PubМed.
• Статус данного документа в PubMed, например: [Record as supplied by
publisher] Эта пометка указывает на принадлежность документа к файлам
внутри PubMed: MEDLINE, PreMEDLINE или к файлу издательских описаний.
• Ссылки (Links), дающие возможность дальнейшего поиска информации в соответствии с содержанием выбранной статьи.
авторы
Название статьи
ссылки
Уникальный номер статьи
Рис. 17. Исходный формат PubMed просмотра результата поиска –Summary
Исходный формат PubMed просмотра результата поиска – Brief, содержит следующую информацию (рис. 18):
• Автор(ы).
• Первые 30 букв названия статьи.
• Уникальный номер статьи (PMID).
45
Рис. 18. Формат PubMed просмотра результата поиска – Brief
Формат PubMed просмотра результата поиска – Abstract, содержит следующую информацию (рис. 19):
• Источник публикации.
• Название статьи.
• Aвтора (ы), а также адрес места работы первого автора на момент
публикации.
• Реферат.
• Тип публикации.
• Уникальный номер статьи (PMID).
• Статус документа в PubMed.
реферат
Рис. 19. Формат PubMed просмотра результата поиска – Abstract
46
Формат PubMed просмотра результата поиска – Abstract Plus, содержит
дополнительные возможности поиска - информацию о статьях, близких по
тематике к теме поиска (рис. 20). При подведении курсора мыши к названию
реляционной ссылки появляется дополнительная информация о выбранной
статье (рис. 20 б).
а
б
Рис. 20. Формат PubMed просмотра результата поиска – Abstract Plus
Формат PubMed просмотра результата поиска – Citation, содержит следующую информацию:
• Источник публикации.
• Название статьи.
• Автор(ы), и место работы первого автора.
• Реферат, если представлен.
• Тип публикации.
• Список предметных рубрик (MeSH Terms), присвоенных данной статье в процессе индексирования.
• Химические соединения, упомянутые в статье.
47
• Уникальный номер статьи (PMID).
• Статус документа в PubMed.
Табл. 1
Пример формата PubMed просмотра результата поиска – Citation:
The versatility of mitochondrial calcium signals: from stimulation of
cell metabolism to induction of cell death.
Rimessi A, Giorgi C, Pinton P, Rizzuto R.
Department of Experimental and Diagnostic Medicine, Section of General Pathology, Interdisciplinary Center for the Study of Inflammation and Emilia Romagna Laboratory BioPharmaNet, University of Ferrara, Ferrara, Italy.
Both the contribution of mitochondria to intracellular calcium (Ca(2+)) signalling and the
role of mitochondrial Ca(2+) uptake in shaping the cytoplasmic response and controlling mitochondrial function are areas of intense investigation. These studies rely on the appropriate
use of emerging techniques coupled with judicious data interpretation to a large extent. The
development of targeted probes based on the molecular engineering of luminescent proteins
has allowed the specific measurement of Ca(2+) concentration ([Ca(2+)]) and adenosine
trisphosphate concentration ([ATP]) in intracellular organelles or cytoplasmic subdomains.
This approach has given novel information on different aspects of mitochondrial homeostasis.
Publication Types:
 Research Support, N.I.H., Extramural
 Research Support, Non-U.S. Gov't
 Review
MeSH Terms:
 Adenosine Triphosphate/metabolism
 Animals
 Biological Transport
 Calcium/physiology*
 Cell Death*
 Cells/metabolism*
 Genes, Reporter
 Homeostasis
 Luciferases/genetics
 Luciferases/metabolism
 Mitochondria/physiology*
 Signal Transduction/physiology*
Substances:
 Adenosine Triphosphate
 Calcium
 Luciferases
Grant Support:
 1P01AG025532-01A1/AG/United States NIA
PMID: 18573473 [PubMed - indexed for MEDLINE]
PMCID: PMC2532847 [Available on 07/01/09]
48
Формат PubMed просмотра результата поиска MEDLINE  наиболее подробный формат. Всем элементам библиографического описания статьи присвоены специальные индикаторы (tags), используемые в системе для обозначения конкретных полей библиографического описания, например: AU – автор; TI – название статьи; MH – MeSH термин, и т. д. Значения индикаторов
можно проверить, кликнув на слове Help и выбрав затем Search Field
Descriptions and Tags (описание поисковых полей и индикаторов).
Табл. 2
Пример формата PubMed просмотра результата поиска – MEDLINE:
Rimessi A et al. The versatility of mitochondr...[PMID: 18573473]
PMID
OWN
STAT
DA
DCOM
PUBM
IS
VI
IP
DP
TI
-
PG
AB
-
-
-
AD
FAU
AU
FAU
-
Related
Articles, Links
18573473
NLM
MEDLINE
20080624
20080813
Print
0006-3002 (Print)
1777
7-8
2008 Jul-Aug
The versatility of mitochondrial calcium signals: from stimulation of cell
metabolism to induction of cell death.
808-16
Both the contribution of mitochondria to intracellular calcium
(Ca(2+)) signalling and the role of mitochondrial Ca(2+) uptake
in shaping the cytoplasmic response and controlling mitochondrial function are areas of intense investigation. These studies
rely on the appropriate use of emerging techniques coupled with
judicious data interpretation to a large extent. The development
of targeted probes based on the molecular engineering of luminescent proteins has allowed the specific measurement of Ca(2+)
concentration ([Ca(2+)]) and adenosine trisphosphate concentration ([ATP]) in intracellular organelles or cytoplasmic subdomains. This approach has given novel information on different
aspects of mitochondrial homeostasis.
Department of Experimental and Diagnostic Medicine, Section of
General Pathology, Interdisciplinary Center for the Study of Inflammation and Emilia Romagna Laboratory BioPharmaNet, University of Ferrara, Ferrara, Italy.
Rimessi, Alessandro
Rimessi A
Giorgi, Carlotta
49
Продолжение табл. 2
AU
FAU
AU
FAU
AU
LA
GR
PT
PT
PT
PT
PL
TA
JT
JID
RN
RN
RN
SB
MH
MH
MH
MH
MH
MH
MH
MH
MH
MH
MH
RF
PMC
MID
EDAT
MHDA
PHST
PHST
PHST
AID
AID
PST
SO
-
Giorgi C
Pinton, Paolo
Pinton P
Rizzuto, Rosario
Rizzuto R
eng
1P01AG025532-01A1/AG/United States NIA
Journal Article
Research Support, N.I.H., Extramural
Research Support, Non-U.S. Gov't
Review
Netherlands
Biochim Biophys Acta
Biochimica et biophysica acta
0217513
56-65-5 (Adenosine Triphosphate)
7440-70-2 (Calcium)
EC 1.13.12.- (Luciferases)
IM
Adenosine Triphosphate/metabolism
Animals
Biological Transport
Calcium/*physiology
*Cell Death
Cells/*metabolism
Genes, Reporter
Homeostasis
Luciferases/genetics/metabolism
Mitochondria/*physiology
Signal Transduction/*physiology
66
PMC2532847
NIHMS57651
2008/06/25 09:00
2008/08/14 09:00
2008/02/15 [received]
2008/05/22 [revised]
2008/05/23 [accepted]
S0005-2728(08)00598-7 [pii]
10.1016/j.bbabio.2008.05.449 [doi]
ppublish
Biochim Biophys Acta. 2008 Jul-Aug;1777(7-8):808-16.
Вы можете улучшить качество и результат поиска, используя функцию Advanced Search на любом этапе поиска (рис. 21). Использование
Advanced Search всегда желательно, если вы получили слишком много статей
в ответ на ваш запрос.
50
Рис. 21. Функция поиска Advanced Search
РubMed позволяет лимитировать поиск по следующим параметрам:
51
• поисковое поле документа. В отсутствие специальных указаний (by
default), поиск ведется во всех полях (Аll Fields); однако вы можете ограничить поиск одним определенным полем, например, дать задание вести поиск
только в поле заглавия (Тitle Word);
• вид документа (Рublication Types). Позволяет выбрать вид статьи,
например, обзор (review), клиническое исследование (сliniсаl triаl), письмо
(lеttеr), и т. д.;
• возраст пациента (Аgеs);
• пол пациента (Gеnder);
• язык документа (Lаnguages);
• дата ввода документа в РubMed (Entrez Dаte);
• дата опубликования статьи (Рublication Date);
Вы можете также отобрать статьи, в которых речь идет об исследованиях, проводимых на людях или животных (Humаn оr Аnimаl), или ограничить
свой поиск одним из главных разделов, составляющих базу данных РubMed:
СПИД (АIDS), Стоматология (Dеntal Jоurnals), Медсестринское Дело (Nursing
Jоurnаls) и др.
При поиске также можно воспользоваться сортировкой по дате публикации, по автору, журналу и т. д. (рис. 22).
Рис. 22. Возможность сортировки результатов поиска
При поиске также можно воспользоваться функцией «send to», например, для пересылки результатов поиска, например, по электронной почте (email) (рис. 23). Промежуточный файл хранения информации (Clipboard) целесообразно пользовать в случае, если вы хотите отобрать нужные вам статьи
из нескольких поисковых запросов и затем их одновременно напечатать.
52
Рис. 23. Функция «send to»
Над документами, помещенными в файл, можно также производить
следующие операции:
• изменять формат представления документа;
• сортировать отобранные библиографические описания в порядке алфавита авторов статей или названий журналов, а также в хронологическом
порядке по году издания;
• сохранять отобранные библиографические описания в постоянной
памяти компьютера в отдельном файле;
• заказывать копии интересующих вас статей с помощью программы
LoansomeDoc.
Максимальное количество статей, отобранных в Clipboard, не должно
превышать 500. Для того, чтобы поместить статьи в Clipboard, вы должны
отметить все интересующие вас статьи, кликнув в окошке слева, а затем
кликнуть на Сlip Аdd (добавить к Clipboard). Порядковые номера документов, помещённых в Clipboard, изменят цвет. Чтобы увидеть все документы,
помещенные в промежуточный файл хранения информации, кликните на клавише Clipboard. Если вы хотите стереть полностью содержимое файла
Clipboard, кликните на Clip Remove (удалить с Clipboard). Для частичного
удаления информации из промежуточного файла, вы должны отметить документы, которые вы хотите удалить, а затем кликнуть на Clip Remove.
Указатель фраз (Рhrase List) – дополнительная функция для успешного
поиска научной информации, с помощью этой нее РubMеd производит поиск
в указателе фраз, состоящем из сотен тысяч записей, отобранных из следующих источников:
• указателя медицинских предметных рубрик (МеSН);
• унифицированной медицинской языковой системы (United Mеdiсаl
Lаnguage Sуstем - UМLS);
• перечня названий химических соединений (Substances).
Если введенная для поиска фраза будет рассмотрена как единое понятие, и наличие ее будет проверяться во всех поисковых полях документа  в
списке предметных рубрик, в поле текста, в поле названия журнала, и т. д., и
в случае, если фраза не будет найдена, она будет разбита на отдельные слова
и поиск будет вестись по каждому слову отдельно. Важно помнить, что по-
53
рядок, в котором проверяется наличие поискового термина в различных указателях, имеет значение для результатов поиска.
Авторский указатель (Author Index), также удобный способ найти информацию. В этом случае в строке поиска вводится фамилия одного из авторов статьи.
Функция Truncation используется для поиска термина по корню слова
(Truncation), чтобы найти все варианты одного и того же слова с одинаковой
основой (корнем). Для этого нужно напечатать основу слова и звездочку (*)
после него, например, bacter*. PubMed найдет все слова с этим корнем, но с
различными окончаниями: bacteriology (бактериология), bacteria (бактерия),
bacterias (бактерии), bacterial (бактериологический), и т. д.
РubМеd позволяет использовать следующие логические операторы (Вооlеаn Ореrаtоrs) между поисковыми терминами:
 АND (и) - в случае, если два или более термина должны быть найдены в одном документе;
 ОR (или) - в случае, если хотя бы один из терминов должен быть
найден в документе;
 NОТ (не) - в случае, если только один термин должен быть найден в
документе, а второй должен обязательно отсутствовать.
Рис. 24. Список статей, полученный в результате поиска, некоторые из которых можно
«скачать» прямо с сайта РubМеd
54
а
б
в
Рис. 25. Иконки, идентифицирующие возможность (а, б) или отсутствие (в) свободного
доступа к электронному ресурсу (статье)
В списке статей, полученном в результате поиска некоторые из них
можно «скачать» прямо с сайта РubМеd (рис. 24). Рядом со статьями, находящимися в свободном доступе располагаются специальные иконки (рис. 25),
которые позволяют легко визуально определить эти бесплатные ресурсы.
Указатель медицинских предметных рубрик (MeSH Translation Table)
применяется в первую очередь с целью нахождения предметной рубрики
(MeSH Term), эквивалентной заданному поисковому термину. Если такая
рубрика находится, РubMed отбирает все документы, включающие эту предметную рубрику, а также документы, включающие данный термин в качестве
текстового слова (tехt word).
Удобно находить научные статьи с помощью указателя журналов
(Journals Table) (рис. 26). Указатель включает полные заглавия журналов и
аббревиатуры, принятые в MEDLINE, а также международные стандартные
серийные номера (ISSN). Чтобы найти статьи из конкретного журнала в
PubMed, нужно напечатать в поисковом окошке либо полное заглавие журнала, либо его аббревиатуру, принятую в MEDLINE (см. список журналов из
Index Medicus на веб-сайте NLM http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html).
PubMed проверит заглавие по указателю журналов и выберет все статьи из
данного журнала, имеющиеся в системе. Если вы не знаете точного заглавия
журнала или если вы хотите просмотреть список журналов по определенной
теме, следует обратиться к журнальному браузеру (рис. 26).
55
Рис. 26. Использование указателя журналов (Journals Table)
Браузер позволяет находить информацию о журналах в PubMed, а также
библиографические описания из этих журналов. Кликнув мышкой на надписи Journal Browser на левом поле главного поискового экрана (sidebar), вы
перейдете на поисковый экран журнального браузера.
Браузер позволяет вести поиск по следующим параметрам:
• по полному заглавию журнала;
• по его аббревиатуре;
• по Международному Стандартному Серийному Номеру (ISSN);
56
• по любому фрагменту заглавия.
Журнальный браузер допускает использование операции Truncation.
Таким образом, вы можете найти журнал, даже если не известно его точное
заглавие, а также список журналов по определенной теме. Журналы перечислены в порядке алфавита заглавий; каждая запись включает следующие элементы:
• полное заглавие журнала;
• ISSN (если журнал существует в печатном и электронном форматах,
могут быть указаны два номера: pISSN eISSN).
• сокращенное заглавие журнала.
Кликнув на ISSN, вы откроете страницу базы данных PubList, где можно
найти информацию о данном журнале: издательство, частоту выпуска и другие данные, а также ссылку к собственному вебсайту журнала, если таковой
существует. Кликнув на аббревиатуре, вы тем самым произведете поиск по
данному заглавию в основном файле PubMed. В результате будут найдены
библиографические описания всех статей из данного журнала. Количество
описаний, найденных в результате такого поиска, обычно бывает достаточно
большим - несколько сотен или тысяч записей. Однако, следует иметь в виду, что статьи будут расположены в обратно-хронологическом порядке.
Иными словами, просмотрев первые несколько страниц, вы узнаете, какие
статьи напечатаны в последних выпусках данного журнала. Кроме того, вы
можете продолжить поиск, введя дополнительные ограничения, например,
дату или период времени. Можно также добавить новые поисковые параметры, например, фамилию автора, медицинские термины и т.п. Таким образом,
вы можете найти все статьи отдельного автора или статьи на определенную
тему, напечатанные в данном журнале; просмотреть все статьи, напечатанные
в отдельном выпуске и т. д.
Под поисковым окошком на главном экране журнального браузера расположена ссылка на список журналов, имеющих свои веб-сайты с полным
текстом статей из данных журналов. Следует иметь в виду, что, как правило,
это коммерческие веб-сайты, где доступ к полному тексту статьи можно получить только за отдельную плату.
С помощью этой функции «сохранить информацию» (save) вы можете
сохранить в постоянной памяти компьютера результаты поиска. Кликнув на
Save, выберите диск для хранения файла; затем вы можете изменить название
“query”, данное файлу системой автоматически и сохранить его как html файл.
Функция «Text» позволяет представить результаты поиска в виде текста, опуская графические компоненты. Важно заметить, что PubMed Central
хранит многие статьи в двух форматах: стандартном и читаемым машиной,
которые адаптированы с Национальной медицинской библиотекой  National
Library of Medicine (NLM) DTD (http://dtd.nlm.nih.gov/). Все статьи в PubMed
Central доступны как XML-файлы, которые содержат полный текст статьи и
семантическую разметку содержания. Таким образом, и авторы и читатели
57
сегодня имеют огромные преимущества при работе с литературой, так как
большой сегмент в научного сообщества, работающего в области биологии,
благодаря существованию PubMed Central как электронного хранилища,
имеют свободный доступ к литературе.
Ссылки на различные инструкции, учебники и прочие справочные материалы по PubMed находятся на вебсайте http://nlm.gov/nnlm/online/pubmed
П3. Работа с научным архивами других библиотек
Новые инициативы NIH, во многом аналогичные PubMed Central – это
PubNet (http://www.pubnet.org/) (рис. 27) и SciVee (http://www.scivee.tv/)(рис.
28). Принципы поиска в этих базах данных сходны с PubMed.
Рис. 27. Новая инициатива NIH - PubNet (http://www.pubnet.org/)
58
Рис. 28. Новая инициатива NIH - SciVee (http://www.scivee.tv/)
Сервис SciVee был создан совместными усилиями Национального научного фонда США, Публичной научной библиотеки и Суперкомпьютерного
центра Сан-Диего. Это очень необычный ресурс, который уже называют
"YouTube для ученых". На сайт службы ученые могут загружать документы,
касающиеся проводимых ими исследований, а также видеоролики, в которых
описывают свою работу в виде короткой лекции. В SciVee также предусматривается создание сообществ по ключевым словам или для обсуждения отдельных статей. Просматривать клипы и знакомиться с текстовыми документами может любой желающий посетитель ресурса. Миссия это сервиса – популяризация науки и коллаборация ученых. С появлением видео и аудиозаписей, в которых ученые объясняют суть своей работы, отчеты об исследованиях станут просты для понимания не только специалистам, но и широкой общественности. Для того, чтобы стать участником этого сервиса, необходимо
59
записать видеоролик о научном исследовании, загрузить статью и видео, создать "SciVee", при необходимости доработать, а затем открыть доступ к вашему SciVee для общества. Детали подготовки материалов размещены на сайте: http://www.scivee.tv/upload_make_video.
В цели проектов GoPubMed (http://www.gopubmed.org/) и недавно созданный SEGOPubmed входит пополнение семантических данных (Gene Ontology-based semantic data) в абстрактах PubMed для улучшению поиска литературных источников.
Рис. 29. Пример результатов поиска в GoPubMed (http://www.gopubmed.org/)
Поскольку биомедицинские исследования проводятся все чаще благодаря установлению контактов через интернет, созданию сетевых лабораторий, но во всех этих случаях связи должны устанавливаться самими пользователями. Благодаря появлению для ученых появилась новая возможность в
организации своих научных исследований. Система GoPubMed (GO  Gene
Ontology), разработанная в Центре биоинформатики Технического Университета Дрездена (http://www.biotec.tu-dresden.de/) (рис. 29) впервые автоматически определят полную сеть коллабораций на основании миллионов публикаций по биомедицинским наукам. GoPubMed показывает сеть коллабораций
между ведущими авторами в данной области исследований. Сеть коллабораций может быть визуализирована и использована для поиска возможных экспертов и партнеров, что существенно сокращает время для определения возможных экспертов. Эта возможность является особенно важной в специализированном мире науки, где все более и более необходимо организовывать
временные и высокоспециализированные коллективы экспертов.
60
Рис. 30. Дополнительная информация к поиску в GoPubMed (http://www.gopubmed.org/):
сортировка по терминам
61
Рис. 31. Дополнительная информация к поиску в GoPubMed (http://www.gopubmed.org/):
сортировка по странам
62
Рис. 32. Дополнительная информация к поиску в GoPubMed (http://www.gopubmed.org/):
сортировка по авторам из России
Рис. 33. Дополнительная информация к поиску в GoPubMed (http://www.gopubmed.org/):
сортировка по журналам и другим ресурсам
63
Принципы поиска с помощью GoPubMed сходны с PubMed, и даже несколько расширенные. При поиске также появляется дополнительная информация (рис. 3033), которая сортирует поиск по различным разделам и подразделам соответствующей области научных знаний, методам исследований и
т. д., что позволяет конкретизировать, сузить или расширить поиск. Результаты такой статистики, сделанной мной на сайте GoPubMed.org, из которой
можно узнать, например, кто имеет больше всего работ, связанных с изучение
люциферазы, и какой журнал больше всего печатает такие работы, представлены на рисунках 3133.
Работа команды Textpresso (http://www.textpresso.org/) сфокусирована
на улучшении классификации и возможности поиска статей с помощью семантических связей в статьях, используя антологию потребителя, . В отличие
от проектов GoPubMed и SEGOPubmed здесь используются полнотекстовые
статьи.
Некоторые исследовательские группы внесли существенный вклад в
прикладную онтологию как в литературу с открытым доступом, так и закрытым.
Например,
инициатива
группы
BioCreAtIvE
(http://biocreative.sourceforge.net/) (рис. 34) стала источником множества способов, имеющих целью составления аннотация для белков и генов, используя
онтологию и вокабулярий.
Рис. 34. Сайт группы BioCreAtIvE (http://biocreative.sourceforge.net/) - источник
множества способов составления аннотаций для белков и генов
Другим превосходным ресурсом является Национальный центр биомедицинской онтологии National Center for Biomedical Ontology (NCBO)
64
(http://bioontology.org) (рис. 35), цель которого – преобразование биомедицинской информации в машиночитаемые данные. Консорциум NCBO развивает
многочисленные веб-основанные инструменты для того, чтобы сделать биомедицинскую информацию машинно считываемой, которая в дальнейшем
была бы доступна и полезна для научного сообщества. Большое внимание
центором уделяется образовательным ресурсам, которые содержат образовательные фильмы, слайды, демонстрации (рис. 36).
Рис. 35. Основные направления деятельности Национального центра биомедицинской онтологии - National Center for Biomedical Ontology (NCBO) (http://bioontology.org)
Большинство проектов, широко применяющих семантических подход,
например,
Conceptual
Open
Hypermedia
Service
(COHSE),
(http://cohse.cs.manchester.ac.uk/) функционируют как портлет, те есть служат
для связи портала с тем или иным Web-сайтом или поиска необходимой информации, так же добавляют гиперссылки к существующим веб-страницам,
позволяя пользователям выбрать термины, которые могут согласовываться со
страницей для создания связей на других страницах.
Наиболее существенный вклад в унификацию и интеграцию биомедицинских онтологий для создания единого ресурса вносит OBO Foundry
(http://bioportal.bioontology.org/), который выполняет проекты такие как
BioLit.
BioLit – это веб-сервер (http://biolit.ucsd.edu), который обеспечивает
метаданными, описывая семантический контент всех научных рецензируемых
65
статей, находящихся в открытом доступе, в основных научных архивах, таких
как PubMed Central (см. выше). Эти метаданные включают идентификаторы
баз данных и онтологию терминов, которые можно найти в пределах всего
Рис. 36. Пример образовательного видео Национального центра биомедицинской онтологии  National Center for Biomedical Ontology (NCBO) (http://bioontology.org)
текста статьи. BioLit доставляет эти метаданные в виде статей в формате XML-файлов и как обозреватель статей для веб-пользователя, который
обеспечивает контекст-специфическую функциональность метаданным. Эти
ресурсы нацелены на интеграцию традиционных научных публикаций непосредственно с существующими биологическими или другими научными базами данных, тем самым избавляя пользователя от необходимости искать на
многочисленных сайтах информацию, относящуюся к какой-либо научной
теме исследования, например, опубликованные экспериментальные результаты имеют сопоставляются с определенным каталогом биологической базы
данных. Помимо того, что с помощью BioLit можно включать полный текст
статьи или его часть непосредственно в существующие биологические базы
данных, также возможно и добавлять только что сгенерированные метаданные в статью для того, чтобы увеличить ее информативный объем, - эти зада-
66
чи решаемы благодаря возможности свободного доступа в базы данных и к
полнотекстовым статьям. Работа с электронными научными статьями и базами данных упрощается также благодаря наличию индексированных терминов, которые затем доступны в двух форматах: читаемых машиной или человеком, которые модернизируют оригинальный XML-файл. Распознаваемая
компьютером форма может быть инкорпорирована непосредственно в базу
данных или ресурсов.
BioLit заимствовал многие атрибуты перечисленных выше проектов, но
уникальность его состоит в том, что он предлагает очень удобную для поиска
базу веб-данных полнотекстовых всех исследовательских статей в PubMed
Central с автоматической расстановкой заметок из многочисленных биомедицинских онтологий и идентификаторов из многочисленных биологических
баз данных. Не загружая специальное программное обеспечение система позволяет проводить полный поиск по терминам среди существующих биомедицинских ресурсов. Особенность этих ресурсов состоит в специфичности по
отношению к литературе, связанной с науками о жизни, но в то же врем и
широта в данной области знаний. Машинносчитываемые файлы находятся в
свободном доступе и распространяются через автоматизированные средства.
Рис. 37. Белковый банк данных - Protein Data Bank (PDB) (http://www.wwpdb.org/)
67
Рис. 38.Сайт Gene Ontology
Хороший пример возможного использования BioLit - это белковый
банк данных  Protein Data Bank (PDB) (http://www.wwpdb.org/) (рис. 37), который полностью интегрирован с данными BioLit. Кроме того, существует,
например, возможность, использования одновременно двух важнейших ресурсов структурной биологии и наук о жизни – базу данных макромолекулярных структур – PDB и Gene Ontology (рис. 38) , как целого.
П4. Научные электронные библиотеки
Научная
электронная
библиотека
(http://www.elibrary.ru/defaultx.asp), созданная при поддержке Российского
фонда фундаментальных исследований (рис.39). Предоставляет доступ к полным текстам статей в российских и иностранных журналах (более 25 000
журналов, из них более 4 500 журналов с полными текстами) и базам данных
(в том числе Science Сitation Index). Для того чтобы войти на сайт с компьютеров библиотеки, необходимо зарегистрироваться.
68
Рис. 39. Сайт Научной электронной библиотеки (http://www.elibrary.ru/defaultx.asp)
69
Сайт
Библиотеки
по
естественным
наукам
РАН
(http://www.benran.ru/). Раздел «Естественные науки в Интернет» содержит
информацию об общенаучных и биологических ресурсах в Интернет (рис.
40).
Рис. 40. Сайт Библиотеки по естественным наукам РАН (http://www.benran.ru/)
Сайт Национальной Медицинской Библиотеки Национального института здоровья США (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/) с поисковой системой по ключевым словам, фамилии автора и названию журнала. Результаты поиска содержат информацию о доступе к текстам в архиве PubMed
и на сайтах издательств.
70
Рис. 41. Сайт Национальной Медицинской Библиотеки Национального института здоровья
США (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/)
Библиотеки Lund University Libraries (Швейция)  Directory of Open
Access Journals (DOAJ) (http://www.doaj.org/doaj?func=home)
Рис. 42. Библиотеки Lund University Libraries (Швейция) - Directory of Open Access Journals
(DOAJ) (http://www.doaj.org/doaj?func=home)
.
71
П5. Базы данных, поисковые системы. Сайты издательств
Табл. 3
№
п/п
Ресурс
Интернет-адрес
Публикации по медицине и биологии.
http://www.medline.ru
/medsearch/
Поиск текстов статей, книг, информации об организациях, научных
сообществах, учебных заведениях;
возможность задавать различные
условия поиска текстов.
База данных, которая Более 2 700 научных журналов и
принадлежит издакниг, с поисковой системой по
тельству Elsevier
ключевым словам, названию и выходным данным журнала, фамилии
автора. Доступны краткие аннотации к статьям (abstracts), доступ к
полным текстам в некоторых журналах. Журналы издательств
Elsevier, Cell Press (Cell, Neuron,
Current Biology и др.), Американской психологической ассоциации
(АРА), Academic Press и ряда других издательств.
http://scholar.google.c
om/
4.
Открытый доступ к
полным текстам статей в журналах издательства Blackwell
(более 850 журналов)
Журналы перечислены по алфавиту
и по предметным разделам, есть поиск статей по ключевым словам,
поиск журналов по году и номеру.
Psychophysiology; Journal of Neurochemistry; Genes, Brain and Behavior;
Journal of Neuroimaging; The Journal
of Physiology; Acta Physiologica;
Journal of Sleep Research; Sleep and
Biological Rhythms; Psychological
Science; European Journal of Neuroscience и другие журналы.
http://www3.interscien
ce.wiley.com/cgibin/home?CRETRY=1
&SRETRY=0
5.
Специализированный научный поисковый сервер
Библиотеки, архивы, базы данных,
научные институты, организации,
университеты и т.д
http://www.scirus.com
/
1.
2.
3.
Международная поисковая система
Medline на российском портале
Medline.ru.
Специализированный научный поисковый сервер Google
Описание
http://www.sciencedir
ect.com/
72
Продолжение табл. 3
6.
Частичный доступ к текстам статей в журналах
(более 1800 журналов) и
книгам издательства
Springer.
7.
Сайт издательства Elsevier
8.
Доступ к текстам статей в
журналах издательства
Oxford University Press.
9.
Страница журнала
Science.
База данных с поиском статей по
ключевым словам, поиском
названий по первым буквам, алфавитным и тематическим указателем журналов. Experimental
Brain Research; Neuroscience and
Behavioral Physiology; Neurophysiology Review; Neurochemical
Research; Neurochemical Journal;
Psychological research; Psychopharmacology; Behavior; Journal
of Nonverbal Behavior и другие
журналы
Более 2200 журналов систематизированы по алфавиту и по
предметным областям. Выбрав
журнал, по ссылке Most
downloaded articles в меню
Journal Related Information можно увидеть список пользующихся наибольшим спросом в Интернете статей из этого журнала.
Elsevier издает журналы Brain
Research, Brain Research Bulletin,
Neuroscience, Neuroscience Research, Neuroscience Letters, NeuroImage, Journal of Neuroscience
Methods, Brain and Cognition,
Neuropsychologia, Behavioral
Brain Research, Physiology&Behavior и др..
Список журналов по алфавиту и
по предметным разделам, поиск
статей по ключевым словам.
Полные тексты статей в журналах Cerebral Cortex, Brain (A
Journal of Neurology).
Бесплатная регистрация позволяет получить доступ к полным
текстам статей в выпусках журнала с 1996 года.
http://www.springer
link.com/home/mai
n.mpx
http://top25.science
direct.com
http://www.elsevier.
ru
http://www.oxfordjo
urnals.org/
http://www.science
mag.org/
73
Окончание табл. 3
10. Электронная библиотека
технической литературы
.
.
.
Полные тексты статей в
http://ieeexplore.ieee.or
журналах IEEE, IET – с 1988 g/Xplore/guesthome.jsp
года, книги IEEE с 1974 года,
сборники материалов конференций и другие публикации.
В числе журналов: Neural
Networks; Medical Imaging;
Acoustics, Speech and Signal
Processing Newsletters; Biomedical Engineering; Neural
Systems and Rehabilitation
Engineering и др. Доступ к
ресурсам с компьютеров Института и Библиотеки открыт
до февраля 2008 г.
74
ОГЛАВЛЕНИЕ
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ…………………………………………………………….
1. ИЗУЧЕНИЕ ТЕОРЕТИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА………………………….
2. НАПИСАНИЕ РЕФЕРАТА…………………………………………………
3. ВЫПОЛНЕНИЕ КУРСОВОГО ПРОЕКТА………………………………….
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК…………………………………………..
Приложение 1. ЭЛЕКТРОННЫЕ СРЕДСТВА КОММУНИКАЦИИ
ДЛЯ ОБМЕНА НАУЧНОЙ ИНФОРМАЦИЕЙ……………………………..…
П1. Работа с научными архивами библиотеки
Public Library of Science (PLoS)………………………………………………………..
П2. Поиск научной информации с использованием электронно-поисковой
системы PubMed…………………………...……………………………………………..
П3. Работа с научным архивами других библиотек…………………………...
П4. Научные электронные библиотеки…………………………………………
П5. Базы данных, поисковые системы. Сайты издательств…………………..
3
3
7
8
9
10
10
12
39
50
53