WORD. - Kodomo

Здесь будет собрана в единый текст вся самая важная информация о моём
белке, которую мне удалось добыть за этот учебный блок.
Я работала с белком, имеющим ID (идентификатор записи) PTHP_Ecoli.
Также он имеет два названия: phosphocarrier protein HPr и Histidinecontaining protein, которые отражают выполняемые ими функции и
особенности строения (назван гистидинсодержащим, т.к. гистидин играет
решающую роль в каталитической реакции белка). Из первого названия
видно, что функция белка связана с фосфорными группами. И правда, мой
белок является основным компонентом фосфотрасферазной системы клетки.
Он катализирует фосфорилирование сахарного субстрата и переносит его
через мембрану. Механизм следующий: фосфатная группа из
фосфоенолпирувата переноситься энзимом I на мой белок (HPr), фосфо-HPr
переносит группу к пермазе (энзим I,II). Активной формой, очевидно,
является фосфо-HPr. Все это происходит через активный центр – His, 15 АК
на единственной цепи моего белка. Длина цепи (ну и всего белка
соответственно) 85 АК, молекулярная масса которых составляет 9119 MW.
Вот все 85 АК, записанные в fasta-формате:
>PTHP_ECOLI phosphohistidinoprotein-hexose phosphotransferase component of
PTS system (Hpr)
MFQQEVTITAPNGLHTRPAAQFVKEAKGFTSEITVTSNGKSASAKSLFKLQ
TLGLTQGTVVTISAEGEDEQKAVEHLVKLMAELE
Здесь приведены однобуквенные обозначения аминокислот. Запись с
трехбуквенными обозначениями можно посмотреть, пройдя по ссылке
http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/PTHP_ECOLI.html.
Также следует упомянуть, что белок имеет третичную структуру, что можно
видеть на картинке, полученной с помощью программы RasMol.
Желтым показаны элементы бета-тяжей (4 ) , желтым элементы альфаспиралей (3), также в виде шариков выделен His (гистидин) и раскрашен по
атомам (красный- кислород, синий- азот, белый- водород).
Белок получен из организма Escherichia coli, где он находился в цитоплазме.
По этим ссылкам можно найти более подробную информацию о
моем белке:
1. записи про мой белок в
- UniProt http://www.uniprot.org/uniprot/P0AA04.txt
- PDB http://www.rcsb.org/pdb/files/1opd.pdb
- поисковой системе MRS http://mrs.cmbi.ru.nl/mrsweb/entry.do?db=sprot&id=pthp_ecoli&query=PTHP_Ecoli
- поисковой системе SRS http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?id+15n2i1ZRsTa+-e+[UNIPROT:%27PTHP_ECOLI%27]+-qnum+1+-enum+1
2. статьи про мой белок в PubMed
- The first step in sugar transport: crystal structure of the amino terminal domain of enzyme I of
the E. coli PEP: sugar phosphotransferase system and a model of the phosphotransfer complex
with HPr.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8805571?ordinalpos=&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pub
med.Pubmed_ResultsPanel.SmartSearch&log$=citationsensor
- Genetic dissection of specificity determinants in the interaction of HPr with enzymes II of the bacterial
phosphoenolpyruvate:sugar phosphotransferase system in Escherichia coli.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17449611?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.
Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum
- A common interface on histidine-containing phosphocarrier protein for interaction with its
partner proteins.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10764730?ordinalpos=33&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed
.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum
Можно выбрать что-нибудь по-интереснее из всех статей здесь
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
Article «The first step in sugar transport: crystal structure of the amino
terminal domain of enzyme I of the E. coli PEP: sugar phosphotransferase
system and a model of the phosphotransfer complex with HPr.»
BACKGROUND: The bacterial phosphoenolpyruvate (PEP): sugar phosphotransferase system (PTS)
transports exogenous hexose sugars through the membrane and tightly couples transport with
phosphoryl transfer from PEP to the sugar via several phosphoprotein intermediates. The phosphate
group is first transferred to enzyme I, second to the histidine-containing phosphocarrier protein HPr,
and then to one of a number of sugar-specific enzymes II. The structures of several HPrs and enzymes
IIA are known. Here we report the structure of the N-terminal half of enzyme I from Escherichia coli
(EIN).
RESULTS: The crystal structure of EIN (MW approximately 30 kDa) has been determined and refined at
2.5 A resolution. It has two distinct structural subdomains; one contains four alpha helices arranged as
two hairpins in a claw-like conformation. The other consists of a beta sandwich containing a threestranded antiparallel beta sheet and a four-stranded parallel beta sheet, together with three short alpha
helices. Plausible models of complexes between EIN and HPr can be made without assuming major
structural changes in either protein.
CONCLUSIONS: The alpha/beta subdomain of EIN is topologically similar to the phosphohistidine domain
of the enzyme pyruvate phosphate dikinase, which is phosphorylated by PEP on a histidyl residue but
does not interact with HPr. It is therefore likely that features of this subdomain are important in the
autophosphorylation of enzyme I. The helical subdomain of EIN is not found in pyruvate phosphate
dikinase; this subdomain is therefore more likely to be involved in phosphoryl transfer to HPr.
Перевод статьи «The first step in sugar transport: crystal structure of
the amino terminal domain of enzyme I of the E. coli PEP: sugar
phosphotransferase system and a model of the phosphotransfer complex with
HPr.»
«Первые шаги в изучении транспорта сахаров: кристаллическая структура
терминального домена энзима I из E.coli PEP: сахарная фосфотрасферазная
система и модель фосфотрансферазного комплекса с HPr.»
Основа: Бактериальный фосфоенолпируват (PEP): сахарная
фосфотрансферазная система, транспортирующая экзогенные сахара-гексозы
через мембрану и тесно связанная с фосфатным транспортом с PEP на сахар
при помощи нескольких фосфопротеиновых промежуточных соединений.
Фосфатная группа сначала приносится на энзим I, затем на
гистидинсодержащий HPr белок, после чего транспортируется к одному из
нескольких сахароспецифичных энзимов II. Структура некоторых HPr и
энзимов IIA уже известна. В этой же статье авторы описывают структуру Nтерминальной части энзима I бактерии Е.coli. (EIN).
Результаты: Кристаллическая структура EIN (диапазон сверхвысоких частот
примерно 30 килодальтон) была определена и очищена на разрешении 2.5 А.
Она имеет два структурноразличимых субдомена, один содержит 4 альфаспирали, организованные в две шпильки клешнеподобной конформации.
Другой состоит из трехслойной бета-структуры, содержащей трехрядный
антипараллельный бета-лист и четырехслойного параллельного листа, вместе
с тремя короткими альфа-спиралями. Правдоподобная модель комплексов
EIN c HPr может быть получена без учета основных структурных изменений
в том или ином белке.
Выводы: Альфа/бета субдомены EIN топологически схожи с
фофсогистидиновым доменом энзима пируватной фосфатной дикиназы,
которая фофорилируется PEP на гистидиновом остатке, но не
взаимодействует с HPr. Скорее всего это потому что будущее этих
субдоменов очень важно в автофосфорилировании энзима I. Спиральный
домен EIN не найден в пируватной фосфатной дикиназе: вследствие этого он
более удобен для включения в фосфатный транспорт к HPr/